Дело Ахундова явилось исходным для фальсификации целой серии других дел. В подписанных и неподписанных Ахундовым протоколах его допросов значится, что он назвал 260 человек участников антисоветских организаций.
В результате применявшихся пыток Ахундова принудили назвать участниками контрреволюционных организаций Али Гейдара Караева, Султана Меджида Эфендиева, Гамида Султанова, Гасана Сафарова, Фараджа-Заде, Дадаша Буниатзаде, Гейдара Везирова, Усейна Рахманова и многих других.
В связи с делом Ахундова были арестованы 32 секретаря райкомов партии, 28 председателей райисполкомов, 16 наркомов республики и их заместителей.
В суде оглашался составленный Емельяновым и направленный Багирову «Краткий обзор о ликвидации и разгроме к. р. формирований и антисоветского элемента в Азербайджанской ССР за период с 1 января 1934 года по 1 января 1939 года». В этом обзоре указывалось: «В числе репрессированных участников контрреволюционной, националистической организации изъято:
а/ бывших секретарей РК КП/б/Аз — 52;
б/ председателей РИКов — 34;
в/ директоров заводов и промыслов — 7;
г/ инженеров — 66;
д/ бывших наркомов и зам. наркомов — 20;
е/ профессоров — 8;
ж/ зав. отделами ЦК — 3;
з/ военнослужащих — 88;
и/ совпрофработников — 106».
Это данные только по одной республике. А если взять в масштабе всего СССР?
Фактически по указанию Багирова 24 июня 1937 г. Атакишиевым был арестован председатель ЦИК Азербайджанской ССР С.М. Эфендиев, член партии большевиков с 1904 г. Родился он в 1887 г. в семье священника. Эфендиев основал мусульманскую группу «Гуммет» («Энергия») при Бакинском комитете РСДРП и являлся её председателем. Эта группа была создана для работы среди трудящихся мусульман. Позже группы и отделения «Гуммет» были созданы и в других городах Азербайджана. Группа «Гуммет» была представлена вместе с Бакинской партийной организацией на VI съезде РСДРП/б/ в 1917 г. Как отмечалось в приветствии ЦК РСДРП/б/, «Гуммет» являлась первой социал-демократической организацией большевистского направления среди трудящихся мусульман.
Эфендиев — участник революции 1905–1907 гг., за революционную деятельность арестовывался органами царской власти.
Был выслан с Кавказа в Казанскую губернию. В 1909 г. участвовал в революционном студенческом движении. В 1915 г. вёл подпольную работу среди судоремонтных рабочих в Астраханской губернии. Эфендиев — один из руководителей борьбы за Советскую власть в Азербайджане. Он был делегатом VI съезда РСДРП /б/ от Бакинской партийной организации. В 1919 г. был назначен заместителем председателя Бюро коммунистических организаций народов Востока при ЦК РКП/б/. Одновременно являлся комиссаром по делам мусульман Закавказья при Народном комиссариате по делам национальностей. С 1924 г. — председатель ЦКК КП/б/ Азербайджана, с 1927 г. — заместитель, а с 1931 г. — председатель ЦИК республики. Эфендиев являлся также членом ЦИК СССР.
Как это следует из данных, полученных в результате судебного разбирательства, Эфендиев обвинял Багирова в диктаторстве, зажиме критики, преследовании старых коммунистов. Пройти мимо этого Багиров, естественно, не мог.
Эфендиева арестовали после выступления Багирова на XIII съезде Компартии Азербайджана в июне 1937 г. Обращаясь к Эфендиеву, Багиров заявил: «Вы послали в Москву так называемых своих родственников в кавычках, дав им заявление на руководство ЦК КП/б/ Азербайджана, на травлю нас […]. Эфендиев хочет, чтобы мы позволили ему открыто с оружием выступить. Ты сдохнешь, но мы не допустим, мы покончим с тобой во-время и расправимся […]».
Во время процесса Багиров признал, что Эфендиева арестовали по его указанию, до этого он писал в Москву и просил разрешение на арест Эфендиева. Как видим, такое разрешение он получил. Багиров также заявил в суде, что его «выступления фактически являлись указанием для руководства АзНКВД».
После ареста Эфендиеву предъявили обвинение в том, что он являлся «членом центра контрреволюционной националистической организации», созданной Р. Ахундовым.
Как и многих других арестованных, Эфендиева жестоко истязали. Его избивал Мусатов — боксёр, привлечённый для ведения следствия в органах АзНКВД и дослужившийся впоследствии до подполковника. Он избивал арестованных, надев боксёрские перчатки.
Каким цинизмом надо было обладать, чтобы 25 сентября 1937 г. составить акт, подписанный следователем Гвоздевым и по принуждению — Эфендиевым. Вот его текст: «Эфендиев заявляет, что, несмотря на то, что он никогда членом контрреволюционной националистической организации не был, он вынужден будет дать вымышленные показания о своём участии в этой организации, для чего просит дать несколько дней срока». Стоит ли особо комментировать этот акт? В фальсификации дела в отношении Эфендиева участвовал и Григорян. Эфендиев вынужден был оговорить себя.
В судебном заседании Военной коллегии Верховного Суда СССР 21 апреля 1938 г., продолжавшемся всего 15 минут, Эфендиев отказался от своих показаний на предварительном следствии и заявил что оговорил себя в результате жестких избиений, которым он подвергался в ходе следствия. Однако Военная коллегия Верховного Суда СССР признала его виновным в том, что с 1929 г. он являлся одним из создателей и руководителей антисоветской, троцкистской, националистической, диверсионно-террористической организации в Азербайджане; создал ряд вредительских групп и с их помощью проводил вредительскую работу во всех областях народного хозяйства; руководил организацией повстанческих групп для вооружённой борьбы с Советской властью; был агентом разведки одного из иностранных государств и вёл шпионскую работу в пользу этого государства. Эфендиева приговорили к расстрелу. В тот же день этот приговор был приведен в исполнение.
И вот такая деталь. Эфендиева обвинили и в том, что он готовил террористический акт в отношении Багирова. Как пояснил в суде Багиров, если бы Эфендиев действительно хотел его убить, то он мог это сделать в любое время., поскольку их квартиры были расположены рядом, Жертвой сталинщины, верным проводником которой был Багиров, стал и активный участник революционного движения в Закавказье Дадаш Ходжа оглы Буниатзаде. Родился он в 1888 г., с 1908 г. состоял в рядах партии большевиков. В 1918 г. был членом исполкома Совета Бакинского уезда и чрезвычайным уполномоченным по борьбе с контрреволюцией и бандитизмом, членом Бакинского Совета. В 1919 г. — на подпольной работе в Закавказье, член Кавказского краевого комитета РКП/б/. С февраля 1920 г. — член ЦК КП/б/ Азербайджана. В апреле того же года назначается членом Азербайджанского временного революционного комитета и членом Революционного штаба по руководству вооружённым восстанием. С 1928 г. Буниатзаде — председатель СНК Азербайджанской ССР, а в 1932 г. был назначен народным комиссаром земледелия ЗСФСР. Являлся членом ЦИК СССР. Он пользовался большим авторитетом у трудящихся Закавказья, был открытым и доступным для всех руководителем.
Багиров подтвердил в суде, что он «не ладил» с Буниатзаде, вёл против него «интригантскую борьбу».