Как следует из показаний допрошенного в суде свидетеля А.Н. Курилова — бывшего секретаря партийного комитета судоремонтного завода имени Парижской Коммуны. Его исключили из партии, а затем и арестовали вслед за тем, как он, Курилов, на партийной конференции выступил с критикой работы Бакинского комитета партии. Естественно, Багиров не мог терпеть такое критику партийного комитета, им возглавляемого.
Курилова арестовали 28 октября 1937 г., предъявив обвинение во вредительстве, в подготовке восстания и террористического акта в отношении Багирова, который должен быть осуществлён во время спуска со стапелей теплохода «Багиров». Курилова заставили «признаться» в совершении указанных преступлений «обычным» способом — нещадным избиением.
Характеризуя Багирова как человека жестокого и коварного, Курилов привёл такой факт. В мае 1937 г. на районной партийной конференции пропагандист Азизов выступил с критикой работы бывшего начальника политотдела Каспийского пароходства Гасана Рахманова (к тому времени — секретаря Нахичеванского обкома партии). Багиров возмутился выступлением Азизова и заявил, что Гасан Рахманов является преданнейшим коммунистом. По требованию Багирова, Азизова удалили с партийной конференции и через несколько дней исключили из партии, а затем, как водилось, и арестовали. Через несколько месяцев был арестован и Гасан Рахманов — с ведома и разрешения Багирова.
В ходе расследования дела и в суде Багиров показывал, что в Каспийском пароходстве фактов диверсионных актов не было. В своих же выступлениях он утверждал как раз обратное. На основании чего говорилось о диверсионных актах в пароходстве? Было установлено, что многие корабли Каспийского пароходства были настолько старыми и изношенными, что нередко случались аварии. Эти пароходы даже гибли. А преподносились подобные случаи как следствия диверсионных актов. Но если это так, то должны были быть и диверсанты. И их находили, притом в немалом количестве. Невиновных людей арестовывали, принуждали оговаривать себя и других в совершении невероятных преступлений, затем расстреливали, либо приговаривали к лишению свободы на длительные сроки.
По делу Каспийского пароходства были арестованы его руководящие работники, в том числе его начальники (в разное время) Меняйлов и Лукин, начальник механико-судовой службы Милов, уже упоминавшийся Гасан Рахманов и другие. Многие из них были расстреляны, другие — лишены свободы на длительные сроки.
Как показал в суде Багиров, названные и другие работники пароходства без его санкции не могли быть арестованы. Он также пояснил, что направлял Сталину телеграмму с просьбой дать разрешение на арест Гасана Рахманова, являвшегося к тому времени секретарём Нахичеванского обкома партии. Такое разрешение Багиров получил. Кроме того, Сталин предложил ему выехать в Нахичевань и «всё там расчистить». Что-что, а «расчищать» Багиров умел.
Активное участие в расследовании, а фактически в фальсификации, дел на работников Каспийского пароходства приняли Григорян и Борщев. Так, Борщев подписал ордер на арест заместителя начальника политотдела пароходства Кузовенко, утвердил постановления о предъявлении начальнику Каспийского пароходства Меняйлову и работнику этого пароходства Савиных дополнительных обвинений в террористической деятельности и во вредительстве. Бортевым были арестованы работники судоремонтного завода имени Парижской Коммуны (включая его директора Шнейдера).
Григорян допрашивал Гасана Рахманова, страдавшего астмой. Это заболевание использовалось в целях принудить Рахманова признаться в преступлениях, которых он не совершал. Как показал Григорян, Рахманова обвиняли в подготовке террористического акта в отношении Багирова. Хотя он, Григорян, и не верил в то, что Рахманов мог совершить указанное преступление, однако вменил в вину Рахманову именно такое обвинение. Так было заведено в то время, когда органы НКВД арестовывали только «врагов народа».
О том, как велось следствие в отношении Рахманова и других арестованных, рассказал допрошенный в суде бывший помощник прокурора Каспийского бассейна Н.М. Миносян, которого тоже арестовали по делу работников Каспийского пароходства. Ему, как и другим, предъявлялось обвинение в принадлежности к контрреволюционной организации, якобы существовавшей в пароходстве и ставившей своей целью осуществление террористических актов в отношении Багирова и других руководителей республики. Обвинительное заключение по деду Миносяна было утверждено Маркаряном.
Все 7–8 человек, содержавшиеся в одной с ним камере, были избиты. Допросы начинались, как правило, с полуночи до 6 часов утра. «По существу следствия никакого не было, а только сплошные истязания самыми бесчеловечными способами», — показал Миносян. Его тоже жестоко избивали в ответ на отказ «разоблачить» других и подписать заранее составленный протокол допроса. В этом протоколе указывалось, что Миносян является участником террористической организации, существующей в Каспийском пароходстве, которая намеревалась «убить руководителя большевиков Азербайджана», то есть Багирова. В этом Миносяна обвиняли на основании показаний, выбитых у Гасана Рахманова.
Была дана очная ставка с Рахмановым, которая проходила в присутствии Григоряна и других руководящих работников воднотранспортного отдела АзНКВД. Рахманов был весь избитый, почерневший. «Это был полусумасшедший человек, он то смеялся, то грустно смотрел на присутствующих. Рахманов фактически был уже уничтожен», — показал Миносян.
Когда они остались вдвоем с Рахмановым и следователем для оформления протокола очной ставки, он спросил, зачем Рахманов оговаривает честных людей. Тот заплакал и показал на своё изуродованное тело. Сказал, что его страшно били, в том числе и «очкастый», то есть Багиров. Извинился за то, что вынужден был оговорить и его, Миносяна. О том, что Багиров часто в ночное время приезжал в НКВД АзССР на допросы арестованных ответственных работников, знали все, в том числе и арестованные.
Об истязании Гасана Рахманова Григоряном, также показал допрошенный по делу бывший сотрудник АзНКВД С.М. Аксенов-Щербицкий. Именно в результате избиения Григоряном Рахманов признался в том, что он был руководителем националистической организации в Каспийском пароходстве и дал «изобличительные» показания на ещё не арестованных к тому времени работников пароходства.
Другой сотрудник АзНКВД — Булычев рассказал о том, в каком состоянии находился Г. Рахманов. Когда он его увидел впервые, Рахманов «был уже буквально развалиной, обрюзгшим, полуослепшим человеком». Во всём его поведении чувствовалась какая-то отрешенность от жизни, у него было полное безразличие к себе, ко всему его окружавшему. На допросах он подписывал все, что ему говорили Григорян и следователь Кудин, делал это механически, не вдумываясь в существо своих действий. Именно Григорян обвинил Г. Рахманова в подготовке террористического акта в отношении Багирова.
Обвинительное заключение по делу Г. Рахманова и ещё 22-х человек, обвинявшихся в принадлежности к контрреволюционной диверсионной вредительской террористической организации, утвердил Маркарян. Как и в других случаях, с материалами дела он не знакомился. К обвинительному заключению по этому делу был приложен список на 209 человек, которые якобы являлись участниками антисоветской организации.