Багиров указал, что его первая и самая тяжкая вина заключается в том, что он не разоблачил Берию, доверял ему, работал с ним. Однако Багиров сослался на то, что он и не мог разоблачить Берию, видя, как к нему относится Сталин. Багиров признал, что в своих докладах, выступлениях на собраниях, активах, съездах давал установки, на основании которых затем производились массовые аресты. Фактически поощрял разгул беззакония, направлял Сталину письма и телеграммы, в которых просил санкции на арест большого количества людей, заявил Багиров. Не отрицал он и того, что на имя Берии посылал письма с просьбой рассмотреть то или иное дело на Особом совещании, поскольку эти дела не могли быть в то время рассмотрены судом, так как обвиняемые, сначала признававшие себя виновными, и свидетели, изобличавшие их в совершении тяжких преступлений, от своих показаний отказались.
Багиров отрицал своё участие в избиении арестованных, он утверждал, что он лишь в 5–6 случаях участвовал в допросах арестованных.
Как заявил в заключение Багиров, его погубило, помимо личных отрицательных качеств характера, то, что он находился под сильным влиянием Сталина, который не терпел самых малейших возражений. Культ личности Сталина, сказал Багиров, принёс большой вред всему народу, а его, Багирова, привёл на скамью подсудимых. Однако он утверждал, что интересы советского государства никогда не предавал, изменником не был, как не был и врагом Коммунистической партии и советского народа.
Конечно, сейчас это не вызывает никаких сомнений — зловещая роль Сталина в насаждении беззакония во всей стране очевидна. Действительно, абсолютное большинство руководителей не смели ни в чём возражать Сталину. Если же кто-то и пытался сделать это, его ждала неминуемая смерть. Примеров тому достаточно. Багиров не относился к категории руководителей, которые могли бы в чём-то возразить Сталину. Напротив, произвол и беззаконие Багиров использовал в своих корыстных целях, что позволило ему расправиться с теми, кто выступал или кто, по его мнению, мог выступить против него. В ходе судебного разбирательства было убедительно доказано, что Багиров во многих случаях являлся инициатором ареста видных работников Азербайджана. Поэтому невольно приходишь к выводу, что резкая оценка своих действий, которую Багиров дал в последнем слове, явилась не следствием осознания тяжести содеянного, а стремлением произвести благоприятное впечатление на публику, попытаться убедить присутствовавших в зале судебного заседания в том, что у него сохранились какие-то общечеловеческие качества. В это трудно поверить, узнав, сколько ни в чём невиновных людей погибло по воле Багирова.
Подсудимый Борщев в своём последнем слове заявил, что не был участником заговорщицкой группы и изменником Родины, борьбу против партии и народа не вёл, о преступном прошлом Берии и Багирова не знал. С 19 лет работал в органах Ч.К. В 1920 г. совершил нехороший проступок, за что был наказан, и с тех пор работал добросовестно, до 1937 г. законность не нарушал. Борщев признал, что в творившемся беззаконии, была и его вина, но он поступал в соответствии с указаниями наркома внутренних дел республики Сумбатова. Именно Сумбатов, возвратившись из Москвы, дал установку о применении репрессий к арестованным. Работники прокуратуры против этого не возражали. Об избиениях арестованных хорошо знал Багиров, который сам участвовал в допросах арестованных. В то время не выполнить указаний Багирова было невозможно. Багиров не терпел никаких возражений, он постоянно ссылался на Сталина.
В заключение Борщев признал «полное соучастие по конкретным делам в части извращенных методов ведения следствия», но заговорщиком и изменником Родины не был. Он просил сохранить ему жизнь.
Маркарян в последнем слове отрицал свою причастность к заговорщицкой группе, считая, что его искусственно соединили с группой Багирова. Отрицал избиение арестованных. Участвовал в фальсификации дел, но «это было без какого-либо умысла». По указанию Багирова, направлял большое количество дел на рассмотрение Особого совещания. В результате необоснованно было репрессировано большое число невиновных людей. В «Алибайрамлинском деле» его участие выразилось лишь в том, что он осуществлял некоторые следственные действия. Признал себя виновным в том, что, подписывая документы о направлении дел на рассмотрение Особого совещания, не знакомился с материалами. Судебный процесс открыл ему глаза на многое, он увидел подлинное лицо Багирова, понял, насколько был политически слеп, насколько потерял бдительность. Врагом Советской власти не был. Просил при назначении наказания учесть его возраст и плохое состояние здоровья. Любой приговор в отношении его будет считать справедливым, заявил Маркарян.
Григорян в своём последнем слове отрицал близость к Берии, о чём, по его мнению, свидетельствует тот факт, что от должности министра внутренних дел Армянской ССР его освободили в то время, когда Министром внутренних дел СССР был Берия. Не был он близок и к Багирову, не знал о вражеских замыслах Берии и Багирова. Как и все, в 1937–1938 гг. был обманут, все были ориентированы на вскрытие повстанческих организаций, на разоблачение врагов народа. Именно этого требовал Багиров.
Григорян также заявил: «Сумбатов и Раев вместе с Багировым обходили кабинеты следователей и давали указания об избиении арестованных, о получении от них показаний о якобы готовившихся террористических актах в отношении Багирова».
В заключение Григорян, признав себя виновным лишь в том, что являлся орудием в руках врагов, просил сохранить ему жизнь.
Самым коротким было последнее слово Атакишиева. Он не отрицал свою причастность к ряду следственных дел, по которым были осуждены невиновные люди, подписывал по этим делам соответствующие документы, но всё это он делал, «подчиняясь сидящим на скамье подсудимых». Просил сохранить ему жизнь.
Последним суд заслушал Емельянова. Он признал вполне справедливым возмущение азербайджанского народа теми преступлениями, которые совершены Багировым и другими подсудимыми, в том числе и им, Емельяновым.
Став в 1939 г. народным комиссаром внутренних дел Азербайджанской ССР, он оказался в сложном положении. Аппарат АзНКВД к этому времени уже был «очищен» Багировым вместе с Маркаряном. Работников аппарата расставили так, как это нужно было Багирову. Не имея опыта, он оказался в плену у тех работников АзНКВД, которые фальсифицировали уголовные дела. Подсудимый признал, что «в ряде случаев оказался соучастником в расправе над невиновными советскими гражданами». Не сумел освободиться от таких работников, как Маркарян, Григорян и им подобных. В 1943 г. он предлагал освободить от должностей Маркаряна и Григоряна, но его не поддержали. Напротив, их выдвинули на более высокие должности. В 1939–1940 гг. им было допущено много ошибок. Это объясняется его неопытностью, а также вражеской работой Багирова, которому верил, слепо выполнял все его преступные распоряжения. Именно Багиров «заставлял искать несуществующих врагов». Родине и партии не изменял, он не террорист, не враг народа. Свой позор может искупить честным трудом, просил сохранить ему жизнь.
Суд внимательно выслушал последние слова подсудимых и в 16 часов 24 минуты 25 апреля 1956 г. удалился на совещание для вынесения приговора, о чём председательствующий объявил присутствовавшим в зале судебного заседания.