Для приёма граждан СССР из-за границы, направляемых водным путем, в разное время были созданы сборно-пересыльные пункты в Выборге, Мурманске, Одессе и Баку. Штатный состав каждого СПП — 6 офицеров, 3 сержанта, 10 рядовых и 2 человека вольнонаёмных {125}. Существенно раньше, еще с 1944 г., действовали и проверочно-фильтрационные пункты (ПФП) НКВД, расположенные цепочкой вдоль границы СССР. По состоянию на 23 декабря 1944 г. их было всего 15: в Молдавии — Болград и Кишинёв, в Черновицкой области — Черновцы, в Дрогобычской — Мостиска и Хыру, во Львовской — Рава-Русская и Яворув, в Волынской — Владимир Волынский, в Белоруссии — Брест, Волковыск и Гродно, в Литве — Высоко-Литовск и Пружаны, в Ленинградской области — Выборг, в Карелии — Сортавала. Лица, проходившие в них проверку, зачислялись в спецконтингент НКВД только по результатам проверки ПФП. Пропускная способность каждого проверочно-фильтрационного пункта составляла около 3 тысяч человек {126}.
Ещё в декабре 1944 г. в республиканские и областные совнаркомы за подписью Ф.И. Голикова были разосланы письма, где предлагалось выявить и учесть по каждой области и району фактические возможности по приёму репатриантов, организовать по 2–3 областных приёмо-распределительных пункта (ПРП) ёмкостью 1–3 тыс. человек и сеть районных {127}. Ответственность за ход репатриации на республиканском уровне возлагалась на специальных уполномоченных, а также на заместителей председателей республиканских СНК.
6 января 1945 г. СНК СССР принял постановление об организации приёма и устройстве репатриируемых граждан СССР {128}. В феврале — марте 1945 г. органы репатриации были созданы во всех семи затронутых оккупацией союзных республиках {129}:
| Наименов. республик | Отделы | Приёмо-распределительные пункты | ||||||||||
| При СНК республик | При облисполкоме | При уисполкоме | Республиканские | Областные | Уездные и районные | |||||||
| кол. | чел. | кол. | чел. | кол. | чел. | кол. | чел. | кол. | чел. | кол. | чел. | |
| РСФСР | 1 | 5 | 20 | 160 | — | — | — | — | 31 | 248 | 125 | 125 |
| УССР | 1 | 10 | 24 | 120 | — | — | — | — | 40 | 320 | 1 | 3 |
| БССР | 1 | 8 | 12 | 48 | — | — | — | — | 12 | 60 | — | — |
| Эст. ССР | 1 | 7 | — | — | 10 | 30 | 4 | 12 | — | — | — | — |
| Лит. ССР | 1 | 8 | — | — | 20 | 40 | 5 | 25 | — | — | 11 | 33 |
| Лат. ССР | 1 | 8 | — | — | 19 | 57 | 3 | 9 | — | — | 19 | 38 |
| Молд. ССР | 1 | 8 | — | — | 6 | 12 | 2 | 10 | — | — | 6 | 18 |
| Итого: | 7 | 54 | 56 | 328 | 55 | 139 | 14 | 56 | 83 | 628 | 152 | 217 |
Из таблицы видно, что отделы по репатриации были созданы при 7 республиканских СНК, 56 облисполкомах и при 55 уездных исполкомах. Кроме того, действовала сеть из 249 приёмо-распределительных пунктов, в том числе 14 республиканских, 83 областных и 152 уездных. Местные органы осуществляли приём репатриированных советских граждан, трудовое и хозяйственно-бытовое устройство их, а также материальное обеспечение и политическое воспитание. Практическое руководство этой работой в республиках было возложено на заместителей председателей Совнаркомов, в областях и районах (уездах) — на заместителей председателей исполкомов, в городах — на председателей исполкомов депутатов трудящихся.