Третья категория репатриантов — военнопленные и гражданские, служившие в строевых немецких спецформированиях, власовцы, полицейские и другие «подозрительные лица» — направлялись, как и военнопленные офицеры, в спецлагеря НКВД. Большинство этих репатриантов подлежали по закону за переход на сторону противника в военное время и прямое сотрудничество с фашистами самому суровому наказанию, вплоть до смертной казни. Однако на практике все те, кому посчастливилось благополучно добраться в задраенных наглухо товарных вагонах до отдалённых районов Сибири и Дальнего Востока, отделались в большинстве случаев 6-летним спецпоселением и не привлекались к уголовной ответственности.
Дела на наиболее активных участников и организаторов немецких военных формирований, руководящий и командный состав РОА, национальных легионов и других подобных организаций, сотрудников гестапо, немецких карательных и разведывательных органов из числа советских военнопленных рассматривались, как правило, внесудебными органами — тройками, состоявшими из представителей НКВД, НКГБ и СМЕРШ. Они выносили приговоры о смертной казни, каторжных работах, длительных сроках заключения в тюрьмы или лагеря ГУЛАГа.
Что касается репатриантов из числа гражданских, то после регистрации и проверки органами НКВД (СМЕРШ) во фронтовых СПП и пограничных проверочно-фильтрационных пунктах, проведения всех хозяйственных, медико-санитарных и других мероприятий мужчины призывного возраста направлялись в запасные части фронтов, а все остальные отправлялись к месту постоянного жительства, но с запретом поселения в Москве, Ленинграде и Киеве.
Подавляющее большинство репатриантов возвращалось домой по железной дороге. Перевозились «остарбайтеры» и военнопленные тяжёлыми эшелонами в 30–35 вагонов «товарного парка, оборудованных для людских перевозок». В среднем в одном вагоне находилось около 35 репатриантов под охраной, без права контактов с вольным населением, на скудном рационе. Все репатрианты имели на руках справки о прохождении ими проверки (регистрации) органами НКВД (СМЕРШ).
Мероприятия по проведению репатриации советских граждан в войсках осуществлялись под руководством Военных советов фронтов. Приёмом и хозяйственно-трудовым устройством репатриируемых занимались Совнаркомы союзных республик. Для работы по проведению репатриации, помимо органов репатриации, на фронтах были привлечены все службы войск.
Основная масса репатриантов проходила проверку и фильтрацию во фронтовых и армейских СПП и проверочно-фильтрационных пунктах НКВД, а часть военнопленных — в запасных воинских частях. Выявленные «преступные элементы» и «внушавшие подозрения» направлялись для более тщательной проверки в спецлагеря НКВД, переименованные в феврале 1945 г. в проверочно-фильтрационные лагеря (ПФЛ) НКВД.
Репатриация советских людей из-за рубежа стала объективным и закономерным шагом. Большинство наших соотечественников, оказавшись за рубежом в силу обстоятельств, не утратили высоких чувств патриотизма и искренне стремились возвратиться на Родину к своим семьям, родным и близким. В то же время, несмотря на достигнутые в Ялте и Галле договорённости по репатриации, союзники всячески противодействовали процессу возвращения советских граждан в СССР. Особенно это проявилось с началом холодной войны. Стало очевидно, что союзники намеренно нарушают достигнутые соглашения по репатриации, преследуя свои политические цели по созданию новой волны эмиграции из Советского Союза. Такая открыто враждебная СССР политика, грубо нарушавшая все существовавшие правительственные и военные соглашения в области репатриации, являлась отражением общей враждебности Советскому государству миссии, которую проводили США, Англия и Франция после окончания войны.
Трудности обстановки в работе по репатриации советских граждан не дали возможности вернуть их всех на Родину, но тем не менее эта работа шла непрерывно в течение всего периода исследования путём репатриации из каждой союзной зоны одиночек и отдельных групп граждан. Основную массу невозвращенцев составили граждане Прибалтийских республик и западных областей Украины и Белоруссии.
Значительная часть советских граждан предпочли остаться за рубежом, чувствуя в той или иной степени свою вину перед Родиной. Одни потому, что попали в плен, другие потому, что служили в немецких или национальных формированиях, ряд лиц в период оккупации работали на немцев, ушли с немцами. Все они боялись ответственности даже за то, что своевременно не вернулись на Родину.
Исходя из международных договорённостей, советское руководство в свою очередь разработало правовую базу, на основе которой решались все вопросы, связанные с содержанием и репатриацией из СССР граждан иностранных государств, в том числе военнопленных немецкой армии и армии её союзников и интернированных лиц.
Советский Союз в основном выполнил все принятые на себя международные обязательства по репатриации иностранных граждан. Практически в течение 1945–1946 гг. Советское правительство возвратило на родину всех иностранных граждан, освобождённых из немецкого плена, включая граждан бывших сателлитов Германии, а к 1951 г. основную часть военнопленных, находившихся на территории СССР. Оставшиеся военнопленные, отнесённые к категории нацистских и военных преступников (около 50 тыс. человек) и осуждённые в СССР на длительные сроки тюремного заключения, в соответствии с решениями Советского правительства в 1951–1956 гг. были досрочно освобождены и возвращены в те страны, подданными которых они являлись до момента пленения.
Репатриация солдат и офицеров из состава вражеской армии велась в сложной международной обстановке, в условиях начавшейся холодной войны, когда вопрос об их возвращении стал предметом острых политических дискуссий. Многие военнопленные из армий Германии и её союзников погибли в советских лагерях и в пути следования на родину, так и не увидев родных и близких. Судьба некоторых из них остаётся неизвестной до сегодняшнего дня.
Изучение документов и материалов, относящихся к процессам репатриации, проверки и фильтрации советских граждан в исследуемый период, позволяет сделать вывод, что многие действия партийно-государственного руководства СССР по отношению к репатриантам носили характер необоснованных политических репрессий, которым подверглись бывшие военнопленные, взрослые гражданские репатрианты, а также все обнаруженные на освобождённой от противника территории советские военнослужащие-«окруженцы», за исключением тех, кто поступил на службу в немецкие вооружённые силы, в полицию, карательные и разведывательные органы Германии.
Многие бывшие военнопленные и гражданские репатрианты из числа депортированных немецкими оккупационными властями были необоснованно осуждены в судебном или внесудебном порядке к лишению свободы, ссылке и высылке на основании статей УК РСФСР, предусмотренных разделом «Преступления государственные». Все эти лица были подвергнуты репрессиям и отбыли срок заключения за политические преступления. Однако согласно выданным на руки документам они считались осуждёнными за служебные проступки, следовательно, не могли считаться жертвами политических репрессий.
Полномасштабная работа по реабилитации жертв войны началась только в последние годы. О стремлении государственной власти восстановить историческую справедливость и законные права российских граждан, попавших в плен или угнанных фашистами на принудительные работы в годы Великой Отечественной войны и репатриированных в исследуемый период на Родину, свидетельствуют принятые Законы «О реабилитации жертв политических репрессий», «О ветеранах», «О государственных пенсиях», Постановление правительства Российской Федерации «Об утверждении Положения и порядке выплат компенсаций лицам, подвергшимся нацистским преследованиям».