По вступлении на престол императрицы Екатерины II Сенат снова становится высшим учреждением в империи, ибо Совет прекращает свою деятельность. Однако роль Сената в общей системе государственного управления существенно изменяется: Екатерина сильно уронила ее ввиду того недоверия, с которым она относилась к тогдашнему Сенату. Сенату были возвращены некоторые функции, однако реальное его значение было далеко от его значения в петровские времена. Екатерина неоднократно составляла проекты реформы Сената (сохранились проекты 1775, 1788 и 1794 годов), но осуществлены они не были.
В царствование Павла Петровича, несмотря на все его несочувствие екатерининской системе, положение Сената среди государственных учреждений осталось почти совершенно таким же, каким оно было при Екатерине.
Основной характер Сената, как и других центральных учреждений, окончательно намечается в царствование Александра Павловича. Почти немедленно по вступлении на престол император Александр приступил к реформе Сената, сознавая всю необходимость положить конец тому унизительному положению, до которого было доведено верховное учреждение империи.
Указ этот, в котором ясно было выражено намерение императора поднять значение Сената, произвел сильнейшее впечатление не только на Сенат, но и на образованную публику вообще. В силу целого ряда условий вновь дарованные Сенату права не могли сколько-нибудь поднять его значение. По составу своему Сенат остался собранием далеко не первых сановников империи. Непосредственных сношений Сената с верховною властью создано не было.
К XIX веку Сенат окончательно превратился в высший орган суда и надзора. В таком виде, практически без изменений, Сенат существовал до 5 декабря 1917 года, когда очередным декретом Советской власти он был упразднен. Деятельность специальных органов Сената возобновлялась в ходе Гражданской войны на востоке и юге России.
Государственный совет в России впервые был учрежден в 1801 году. Предшественником Госсовета был Непременный совет, утвержденный 30 марта (11 апреля) 1801 года, который неофициально также именовался Государственным советом. Образование Государственного совета было одним из элементов программы преобразования системы власти в России. Указ императора Александра I об учреждении Непременного Совета от 30 марта 1801 года гласил: «… учредить… для рассмотрения и уважения дел государственных… Совет Непременной…» В Наказе для новообразованного Непременного Совета были определены его функции: «… Совет… не имеет никакого действия внешнего и силы, кроме силы соображения…» Однако уже в 1810 году он стал высшим законосовещательным учреждением Российской империи. Все законы и законодательные акты перед утверждением императором должны были обязательно обсуждаться в Госсовете.
Деятельность, полномочия и устройство Совета определялись специальным нормативным документом – «Образование Государственного совета». Этот орган призван был осуществлять также и кодификационную деятельность. Члены Совета назначались императором. Постоянным председателем Государственного совета объявлялся монарх.
Согласно «Образованию», юридическую силу имело мнение большинства членов Совета. Хотя на практике это правило соблюдалось не всегда: царь рассматривал не только мнение меньшинства, но и мнения отдельных членов Совета, выбирая наиболее близкое ему. По «Образованию», законами могли становиться лишь законопроекты, обсуждавшиеся в Государственном совете и утвержденные монархом, что также не соблюдалось в действительности.
Государственный совет состоял из равного числа назначаемых императором членов и избираемых членов. Выборные члены Государственного совета избирались: от губернских земских собраний – по 1 человеку на 3 года; от губернских и областных дворянских обществ – 18 человек; от Православной Российской Церкви – 6 человек, избиравшихся Синодом по представлению епархиальных архиереев; от Совета и местных комитетов торговли и мануфактур, биржевых комитетов и купеческих управ – 12 человек; от Петербургской Академи наук и университетов – 6 человек; от Финляндского Сейма – 2 человека. В 1914 году Государственный совет состоял из 188 человек.
Члены Государственного совета (за исключением членов от губернских земских собраний) избирались на 9 лет; каждые 3 года обновлялась треть состава. В Государственный совет не могли быть избраны лица, не имевшие права участвовать в выборах в Государственную Думу, лица моложе 40 лет или не окончившие курса в средних учебных заведениях.
С течением времени компетенция Совета теряла четкие очертания. Происходило наделение Государственного совета финансовыми, судебными и административными функциями, не свойственными его первоначальному назначению. Одновременно сокращались функции в законотворческой сфере. В 1812–1813 годы и в 1825 году происходило заметное усиление роли Совета. Однако это были кратковременные периоды. В целом же первая половина XIX века была ознаменована борьбой двух тенденций в политике: одна – за усиление влияния Совета в государственных делах, другая – противоположная.
С 1811 года Государственный совет стал рассматривать финансовые дела. За 1823–1825 годы было принято несколько указов, согласно которым Совет наделялся полномочиями рассматривать сметы о доходах и расходах двух столиц, ежегодно вносимые Министерством внутренних дел в департамент государственной экономии. Судебные вопросы стали рассматриваться Советом уже с 1812 года. Указом от 5 апреля 1812 года Совет получал чрезвычайные полномочия на время отсутствия монарха, подчиняя себе министерства.
Важной вехой в истории Совета стала замена «Образования Государственного совета» 1810 году новым «Учреждением Государственного совета» 1842 года. Поводом к разработке «Учреждения» послужило намечавшееся общее переиздание «Свода законов Российской империи». В новом «Учреждении» определялся круг вопросов для обязательного рассмотрения на Общем собрании после обсуждения в департаментах. Это дела, по которым: 1) в департаменте возникали разногласия; 2) отменялись решения Сената или большинства сенаторов; 3) члены департамента были не согласны с министром.
Несмотря на многие новшества, содержащиеся в «Учреждении Государственного совета» 1842 года, в своей основе он повторял главный принцип «Образования Государственного совета» 1810 года: Совет – высший в империи орган с законосовещательными функциями. С 1842 года дополнения уставов и учреждений стали самостоятельным нормативным актом, называвшимся «мнения Государственного совета».
Манифест 20 февраля 1906 года и новая редакция Основных законов Российской империи от 23 апреля 1906 года учреждали Государственный совет как законодательный орган – верхнюю палату первого российского парламента, наряду с нижней палатой – Государственной Думой. Статья 106-я Основных государственных законов определяла, что «Государственный совет и Государственная Дума пользуются равными в делах законодательства правами»; в реальности у Думы были определенные полномочия, которыми не обладал Совет. Половина членов Государственного совета назначалась императором, другая половина – избиралась. Члены по выборам пользовались депутатской неприкосновенностью, в то время как члены по назначению оставались в первую очередь должностными лицами.