Подобные объективные и субъективные обстоятельства служили причиной многочисленных жалоб со стороны бывших советских военнослужащих и лиц, угнанных на принудительные работы в Германию. Подавляющее их число были патриотами и честными людьми, по воле обстоятельств оказавшимися во вражеском тылу или оккупации. Они не обвиняли органы Смерш и оперативных работников в том, что вновь находились в лагерном бараке, они просили об одном — о справедливости.
Их пронизанные острой болью и исполненные надеждой письма, написанные на клочке бумаги из ученической тетради или куске картона, не могли оставить равнодушным даже очерствевшее сердце. Они были поразительно похожи. Эти письма — крик души — объединяла вера в то, что чудовищное клеймо «враг народа» будет снято с них: рядовых и офицеров, женщин и мужчин, и они снова станут полноправными гражданами своей страны.
Так, бывшая военфельдшер М. Пузанова в письме к Верховному главнокомандующему И. Сталину писала: «Дорогой Иосиф Виссарионович! Обращаюсь к Вам как к отцу родному, помогите мне. Я жена бригадврача Смирнова Вениамина Александровича, обращаюсь к Вам со следующей просьбой…» Далее Пузанова излагала обстоятельства, при которых ее часть оказалась в окружении, а она в плену и то, что «после освобождения частями Красной армии я без предъявления обвинения уже 7 месяцев нахожусь в спецлагере». В заключение письма Пузанова просила: «Ускорить разбор моего дела — если я виновата, то предать суду, если нет — направить на фронт или туда, где я могу быть полезна».
12 августа 1943 г. ее письмо поступило в особый сектор ЦК ВКП(б), а 14-го было переадресовано в секретариат НКВД и оттуда направлено в ГУКР НКО Смерш. Работу по нему взял на личный контроль заместитель Абакумова генерал П. Мешик и предписал Карташову взять на контроль ход проверки письма Пузановой. В силу ряда причин она затянулась. 4 декабря 1943 г. Мешик в своем запросе № 64718 потребовал от начальника отдела контрразведки подольского спецлагеря НКВД «ускорить исполнение нашего № 02532». 17 декабря 1943 г. тот доложил ему: «Пузанова М. П. в порядке фильтрации нами проверена и направлена работать на завод № 684 г. Подольска».
30 сентября 1944 г. из спецлагеря № 283 на имя Сталина поступило письмо от бывшего советского военнослужащего Г. Сычева. Тот отрицал свое сотрудничество с гитлеровцами и обвинял лагерную администрацию, отдел Смерш в том, что они «в течение 13 месяцев ни разу не допросили, и я не получил никакого ответа на мои рапорта».
Спустя месяц и 12 дней заместитель начальника ОКР Смерш спецлагеря № 283 подполковник Шухман докладывал Карташову о результатах проверки жалобы Сычева. В частности, в ходе ее проведения выяснилось: в 1937 г. тот был судим за контрреволюционную деятельность и в течение пяти лет отбывал наказание. Это, казалось бы, могло послужить еще одним веским доказательством «предательской деятельности Сычева во время войны». Но контрразведчики на этом не стали акцентировать своего внимания и сосредоточились на перепроверке материалов, полученных на него при фильтрации на СПП и послуживших основанием для обвинения в измене Родине. Они установили, что после мобилизации в Красную армию Сычев попал в окружение и остался на оккупированной территории. За время оккупации, как показала проведенная ими проверка, «прямых свидетельств преступной деятельности Сычева и никаких официальных документов на этот счет получено не было. В процессе углубленной агентурной разработки также не поступило данных о его связи с противником». Окончательный вывод полковника Шухмана был таков: «Оснований для ареста Сычева не имеется».
Подобных обращений в отделы и управления Смерш были сотни и тысячи. Их проверке уделялось самое пристальное внимание. В Главном управлении велось специальное дело № 1 «Заявлений, поступивших в правительственные инстанции». На особом учете находились заявления, направлявшиеся на имя Сталина и в ЦК ВКП(б). В этих целях во 2-м отделе ГУКР НКО Смерш велись «Списки лиц, содержащихся в спецлагерях НКВД, от коих поступили заявления в правительственные инстанции с просьбой ускорить их проверку».
Только с 1 июня по 1 августа 1944 г. на центральный учет в Главном управлении было взято 205 таких заявлений. Спустя месяц Карташов докладывал Абакумову:
«Все заявления взяты на контроль. По каждому из них проводилась соответствующая проверка и расследование. Абсолютное большинство заявителей отделами Смерш лагерей были своевременно проверены и включены в списки для направления в районные комиссариаты».
По мере того как линия фронта сокращалась, высвобождавшиеся опытные руководители и сотрудники направлялись на укрепление отделов СПП, ПФП и ПФЛ. По согласованию с Управлением уполномоченного Совета народного комиссариата СССР по делам репатриации, 1-м Управлением НКГБ СССР и Управлением НКВД СССР по делам военнопленных и интернированных и ГУКР НКО Смерш СССР был принят ряд решений, направленных на улучшение взаимодействия ведомств и повышение оперативности в обмене информацией. Это диктовалось не только необходимостью совершенствования фильтрационной работы, но и теми общественно-политическими изменениями, которые произошли на фронтах войны к концу 1944 г.
Союзники СССР по антигитлеровской коалиции — США, Великобритания и Франция — наконец начали активные боевые действия против фашистских войск в Западной Европе. В результате успешных наступательных операций из гитлеровских концентрационных и трудовых лагерей на свободу вышли сотни тысяч советских граждан. Началось их долгое, полное нелегких испытаний возвращение на родину.
В сентябре 1944 г. на приемные пункты фильтрации в Одессу и Мурманск морским путем из Франции и Великобритании были доставлены первые несколько сотен репатриантов. К 31 октября их число достигло 40 026. Спустя полгода общая цифра репатриантов, прибывших в СССР из Франции, Великобритании, Финляндии и еще семи стран, освобожденных союзниками от фашистов, составила 1 млн 448 тыс. 933 человека.
Подавляющее число репатриантов (927 783) после проверки контрразведчиками возвратились домой, 394 936 человек убыли на пополнение частей действующей армии и только 126 114 были направлены для углубленной проверки в спецлагеря НКВД.
Всего к концу 1945 г. через приемные пункты фильтрации в Одессе и Мурманске, а также СПП, ПФП и ПФЛ управлений Смерш фронтов, позже — групп советских войск, прошли 5 млн 290 тыс. 183 человека.
В 1945 г. на данном участке деятельности органов Смерш появился ряд новых особенностей. Они были обусловлены нарастающими политическими противоречиями между союзниками по антигитлеровской коалиции СССР, с одной стороны, и США, Великобританией и Францией — с другой. Первые порывы ветров будущей холодной войны, зарождавшиеся во властных кабинетах Вашингтона, Лондона, Парижа и Москвы, быстро загасили огонь боевого товарищества. Все чаще от советской разведки, а также в процессе проведения фильтрационной работы среди репатриантов контрразведчики Смерш получали данные о том, что спецслужбы союзников ведут двойную игру. Под различными прикрытиями американские, британские и французские разведчики осуществляли активную вербовочную и пропагандистскую работу среди советских граждан, склоняя их к сотрудничеству и отказу к возвращению на родину.