После раздела добычи, взятой в Пуэрто-Бельо, на долю каждого флибустьера пришлось по 100 пиастров.
Свой следующий поход Коксон и его друзья решили предпринять против Панамы. Когда в утром 15 апреля 1680 года 331 пират высадился на Панамском перешейке, их генералом был Питер Харрис. Весь отряд был разделен на 7 команд. Люди капитана Шарпа шли впереди под красным флагом с белыми и зелеными полосами; следом шагали флибустьеры Ричарда Сокинса под красным флагом с желтыми полосами; отряд Питера Харриса состоял из экипажей двух кораблей, и каждый из них нес свой флаг – зеленого цвета, но с разными изображениями. Пятый и шестой отряды под командованием Коксона имели красные флаги, а арьергард под командованием Кука нес красный флаг с желтой полосой и с изображением руки и меча.
Первые дни похода прошли спокойно. Однако утром 20 апреля, в то время, когда пираты готовились к продолжению марша вдоль р. Санта-Мария, между Коксоном и Харрисом вспыхнула ссора. Причины ее неизвестны. Разругавшись с Харрисом, Коксон выстрелил из ружья в сторону своего противника, но промахнулся. Тот приготовился к тому, чтобы ответить, когда их товарищ Шарп вмешался и разнял их.
Утром 25 апреля флибустьеры напали на городок Санта-Марию. Испанцы потеряли 26 человек убитыми и 16 ранеными. Кроме того, уже после окончания сражения индейцы истребили еще около 50 испанцев, и они продолжили бы бойню, если бы не вмешательство пиратов, которым удалось спасти от истребления около 260 испанцев. Добыча, взятая в Санта-Марии, оказалась мизерной. Разочарованный результатами похода, капитан Коксон сообщил о своем намерение вернуться на карибское побережье. Чтобы удержать Коксона, Харрис и Сокинс предложили ему стать главнокомандующим. Он дал свое согласие в пятницу 26 апреля.
Затем пираты оставили руины Санта-Марии и двинулись по р. Бока-Чика к Тихому океану. 29 апреля Коксон вышел в море. 30 го он отправился на остров Плантайнес, где флибустьеры захватили испанскую барку; на нее пересели капитаны Шарп и Кук с приблизительно 130 людьми. 1 мая, во второй половине дня, лодки под командованием Коксона, Харриса и Сокинса, а также барка Шарпа погнались за другим испанским судном: эта вторая барка была взята Харрисом, который пересел на нее с 30 людьми. Отделившись от Шарпа в ходе преследования, Коксон приказал другим капитанам идти к острову Чепильо, где было назначено рандеву.
Утром 2 мая на пути к Чепильо Коксон, Харрис и Сокинс наткнулись на испанскую баркалону. На этот раз Коксон был первым, кто ее настиг. Произошел обмен выстрелами: один из людей Коксона был убит, а двое других ранены.
Во второй половине дня все лодки и барка Харриса прибыли к Чепильо, где пираты захватили около 15 негров и мулатов. Опасаясь, что сбежавшая баркалона может поднять в Панаме тревогу, Коксон решил отправиться туда до рассвета. Но когда флибустьеры прибыли к порту Панамы, их ожидала неприятная неожиданность. Предупрежденный о намерении флибустьеров, президент Панамы дон Антонио Меркадо приказал вооружить 5 судов и 3 небольших военных корабля; они уже стояли на якоре у острова Перико, когда Коксон и его люди появились там утром 3 мая. Заметив пиратов, 3 судна подняли якоря и бросились прямо на них. Ими руководил «адмирал Южного моря» дон Хасинто де Бараона, командовавший галеоном «Сантиссима Тринидад» с 86 басками; у капитана Франсиско де Перальты был второй корабль с экипажем из 77 свободных негров; третий корабль с 65 мулатами и метисами находился под командованием Диего де Карвахаля. Коксон мог противопоставить им 5 лодок, которыми командовали он сам и капитаны Харрис, Сокинс и Спрингер, располагавшие лишь 36 людьми, а также наименьшую из своих 2 пирог, в которой разместились 32 человека.
Бой оказался кровавым. Люди Сокинса, паля из мушкетов, заставили отступить судно Карвахаля. Тем временем Коксон и другие захватили адмиральский корабль, убив две трети его экипажа, включая самого Бараону и его кормчего. Флибустьеры понесли не менее тяжелые потери; капитан Харрис был ранен в обе ноги. Забрав его и других раненых, Коксон сел на адмиральский корабль, затем послал 2 лодки помочь Сокинсу в его сражении против третьего испанского корабля, которым командовал Перальта. Сокинс трижды пытался взять его на абордаж и добился успеха лишь после того, как на испанском судне взорвались бочки с порохом. Из 68 флибустьеров, участвовавших в этом сражении, погибло 18 человек и 22 были ранены. Развивая успех, пираты приблизились к острову Перико и без боя овладели стоявшими там 5 судами. Флибустьеры оставили себе 3 судна, предав огню два других; сожжены были и 2 захваченных ранее вооруженных корабля.
5 мая капитан Харрис умер от большой потери крови. Когда все пиратские лодки и суда собрались у острова Перико, состоялся общий совет братства. Некоторые разбойники стали открыто обвинять генерала в том, что ему не хватило мужества во время боя против испанцев. Обидевшись, Коксон убедил примерно 60 человек сопровождать его на обратном пути к Антильским островам. К концу мая они прибыли к Бока-Чике, где бросили свой корабль; затем пересекли Панамский перешеек и вышли на карибское побережье.
На испанском призе Коксон отправился на Ямайку, но у мыса Негрил наткнулся на корабль «Хантер», который как раз вез губернатора Карлайла в Англию. Узнав, что это тот самый пират, ордер на арест которого он выдал незадолго до своего отплытия, Карлайл приказал капитану «Хантера» преследовать разбойника. Все же Коксону удалось уйти в открытое море.
Тем временем сэр Генри Морган, исполнявший обязанности губернатора Ямайки, продлил ордер своего предшественника на арест Коксона. Он приказал опубликовать прокламацию, запрещавшую всем жителям Ямайки общаться с людьми вне закона.
Оказавшись отрезанным от Ямайки, Коксон не мог вернуться туда в течение двух лет. До конца 1680 года он крейсировал у берегов Панамского перешейка, потом поднялся по р. Дарьен, чтобы ограбить небольшие испанские поселения. Вероятно, на обратном пути он присоединился к другим пиратам, которые договорились о встрече на островах Сан-Блас. Коксон взял тогда под свое командование 10 пушечный корабль с экипажем из 100 человек. В компании с ним находились его соотечественники, а также французские капитаны и голландский пират Янки. На общем собрании флибустьеры решили совершить поход против Картаго – главного города провинции Коста-Рика, но осуществить этот проект не удалось.
До конца года крейсировал во Флоридском проливе и между Багамскими островами. Он, видимо, зашел на остров Нью-Провиденс, где губернатор Роберт Кларк выдал ему каперское поручение против испанцев. Имея это поручение, Коксон объединился с капитаном Лауренсом де Граффом и 3 другими английскими и французскими пиратами. В конце 1681 и в начале 1682 года они находились в водах Флориды и ограбили там 7 испанских судов.
24 мая 1682 года из Англии в Порт-Ройял прибыл сэр Томас Линч, вторично назначенный губернатором Ямайки. Несколькими днями позже, получив заверение губернатора, что против него не будет возбуждено уголовное дело, Коксон привел свое судно в Порт-Ройял.
Вскоре, получив из Лондона приказы, запрещающие английским подданным добывать кампешевое дерево на испанской территории, Линч поручил Коксону и 2 другим капитанам вернуть на Ямайку тех, кто занимался этим промыслом в Гондурасе. По пути в Гондурасский залив в октябре 1682 года Коксон столкнулся с мятежом своих людей, которые составили заговор, чтобы захватить судно и вернуться на пиратскую стезю. Он оказал им отчаянное сопротивление, собственноручно убив одного или двух мятежников и выбросив десяток других за борт. В Порт-Ройял он пришел в начале ноября с 3 бунтовщиками, закованными в цепи. Эти люди были признаны виновными в мятеже, и один из них был повешен по приказу губернатора Линча.