9 мая 1829 года «Рафаил» был определен для усиления между Синопом, Трапезондом и Батумом вместе со шлюпом «Диана», бригом «Пегас», бригантиной «Елизавета» и шхуной «Гонец». При этом Стройникову было предписано: «По соединению с теми судами принять начальство над ними, определить каждому судну пункт крейсерства и содержать в самой тесной блокаде все места между Синопом, Трапезондом и Батумом лежащие, стараясь прекратить между ними всякое сообщение; в случае недостатка воды и провизии, посылать суда за первою в Сухум-кале, а за второю в Севастополь, но с тем, чтобы они немедленно возвращались к своим постам, и чтобы более одного судна не было уволено в одно время». 10 мая в 5 часов пополуночи «Рафаил» снялся с Сизопольского рейда для следования по назначению.
20 мая флот под началом адмирала Грейга крейсировал между Пендераклиеи и Босфором. Именно тогда от датского посла в Турции барона Гибша (который представлял интересы России) была получена депеша о захвате турецким флотом у Пендераклии фрегата «Рафаил». Сообщение было столь невероятным, что в него вначале не поверили. Да, «Рафаил» находился в отдельном плавании, да, могло иметь место столкновение фрегата с турками, но в то, что наш фрегат мог спустить флаг перед противником, не мог поверить никто. Смущало и место, где был пленен фрегат. По всем расчетам, у Пендераклии «Рафаил» просто не мог находиться, так как должен был направляться совсем в другую часть Черного моря, где появление линейных сил турецкого флота почти исключалось. В ответном письме адмирал Грейг попросил Гибша, чтобы Стройников, старший офицер фрегата капитан-лейтенант Киселев и поручик корпуса флотских штурманов Поляков представили подробное объяснение об обстоятельствах сдачи ими фрегата. Затем больше месяца о «Рафаиле» больше не было никаких сведений.
А 24 июня на флот доставили Высочайший указ от 4 июня 1829 года относительно пленения «Рафаила». В императорском указе адмиралу Грейгу после слов восхищения подвигом экипажа и командира брига «Меркурий» содержались гневные выражения в адрес капитана 2-го ранга Строиникова: «Вместе с донесением вашим о блистательном подвиге брига “Меркурий”, мужественно вступившего в бой с двумя неприятельскими линейными кораблями, предпочитая очевидную погибель бесчестию плена, получил я прилагаемый при сем рапорт командира фрегата “Рафаил” капитана 2-го ранга Строиникова. Вы увидите из сей бумаги, какими обстоятельствами офицер этот оправдывает позорное пленение судна, ему вверенного, выставляя экипаж оного воспротивившимся всякой обороне; он считает это достаточным для прикрытия собственного постыдного малодушия, коим обесславлен в сем случае флаг Российский. Разделяя справедливое негодование, внушенное без сомнения всему Черноморскому флоту поступками, столь недостойными оного, повелеваю вам учредить немедленно комиссию, под личным председательством вашим, для разбора изложенных капитаном Стройниковым обстоятельств, побудивших его к сдаче фрегата. Заключение, которое комиссиею сделано будет, вы имеете представить на Мое усмотрение. Уповая на помощь Всевышнего, пребываю в надежде, что неустрашимый флот Черноморский, горя желанием смыть бесславие фрегата “Рафаил”, не оставит его в руках неприятеля. Но когда он будет возвращен во власть нашу, то почитая фрегат сей впредь недостойным носить флаг русский и служить наряду с прочими судами нашего флота, повелеваю вам предать оный огню».
Адмирал Грейг в приказе по флоту объявил о воле императора Николая I, выраженную в указе от 4 июня, и обязал всех командиров кораблей, и в особенности фрегатов, в случае встречи с неприятельским флотом обратить главное внимание на овладение бывшим фрегатом «Рафаил», чтобы сжечь его, истребив тем самым самую память о нем. С этих пор ни одно новое судно русского флота не должно было носить это имя.
В конце июля на Черноморском флоте были получены переправленные бароном Гишем рапорта Стройникова, Киселева и Полякова. Во всех трех объяснительных было в принципе написано одно и то же. А потому ограничимся рапортом командира «Рафаила», который представляет для нас особый интерес. Итак, что же писал о сдаче в плен своего фрегата капитан 2-го ранга Стройников?
«Фрегат “Рафаил” снялся с Сизопольского рейда утром 10 мая, при маловетрии между S и W нашел шквал с дождем от WNW, почему в предосторожность были закреплены все паруса и фрегат оставлен под одним зарифленным фор-марселем и фока-стакселем, ходу было 7,5 узлов, под ветром находился отряд капитана 1-го ранга Скаловского. В 11 часов пополуночи ветер установился, и тогда были поставлены все паруса и взят курс на Амасеру; этим курсом шли до 5 часов вечера 11 числа; в это же время, находясь, по счислению, в 40 милях от Пендераклии, привели на OtN; в 9 часов ветер перешел к N, и вскоре потом к NO, что вынудило поворотить на правый галс; между тем ветер, усиливаясь постепенно, развел в короткое время большое волнение.
Лежа под зарифленными марселями, фоком и фор-стеньги-стакселем, фрегат имел ходу от 1,5 до 2 узлов, дрейфу 4 румба, течение было по направлению ветра, к проливу. 12 числа, на рассвете, находясь, по счислению, в 45 милях от ближайшего Анатолийского берега усмотрели на N, в расстоянии около 5 миль, сначала одно, а потом несколько судов; вскоре открылось, что то был авангард турецкого флота, состоявший из 3 кораблей, 2 фрегатов и 1 корвета, которые шли полным ветром под зарифленными марселями. Немедленно были поставлены все паруса и взято направление на WNW; фрегат имел ходу 5,5 узлов. Спустя немного усмотрены на NO 58 градусов, в расстоянии 6,5 миль, еще 3 корабля, 5 корветов и 2 брига. В 5 часов суда, составлявшие авангард турецкого флота, поставили все паруса и устремились за фрегатом; в 8 часов ветер сделался тише, но волнение не уменьшилось; в это время авангард неприятеля начал спускаться на пересечку фрегата, который, чтобы не быть окруженным и в намерении продлить время до ночи, переменял курсы, смотря по надобности; последний был SW. Неприятель, имея превосходный ход, при постепенно затихавшем ветре заметно приближался. В 11 часов был составлен совет из всех офицеров, которые положили обороняться до последней крайности и, в случае нужды, приблизиться к неприятелю и взорвать фрегат; но нижние чины, узнав о намерении офицеров, объявили, что сжечь фрегат не позволят. До 2 часов пополудни “Рафаил” имел ходу около 2,5 узлов; сделавшийся же в это время штиль и продолжающаяся зыбь лишили его, Стройникова, и последних способов к защищению и нанесению вреда неприятелю. В исходе 4 часа авангард неприятеля пересек все направления и окружил “Рафаил”: два корабля шли прямо на него, правее их находился 110-пушечный корабль и фрегат, а с левой стороны — фрегат и корвет; остальная часть турецкого флота была назади в расстоянии около 5 кабельтовых; ходу было не более одной четверти узла. Вскоре один из кораблей, подняв флаг, начал палить, и след засим надобно было ожидать нападения и от прочих; ко всему этому большая часть команды от качки не могла быть при своих местах. Тогда, видя себя окруженным неприятельским флотом, и, будучи в столь гибельном положении, он, Стройников, не мог предпринять никаких мер, как только послать парламентеров на ближайший адмиральский корабль с предложением сдать фрегат с тем, чтобы команда в непродолжительном времени была возвращена в Россию. Вследствие такого намерения, приказав поднять переговорный флаг, отправил парламентерами капитан-лейтенанта Киселева и морской артиллерии унтер-офицера Панкевича; задержав их, турки прислали своих чиновников, которые, объявив согласие адмирала на предложение его, Стройникова, изъявили желание, чтобы он со всеми офицерами отправился на адмиральский корабль, что и было исполнено; на фрегате остался с командою только один мичман Измайлов».