Огонь испанской батареи, установленной на другом холме, внес сумятицу в ряды защитников цитадели. Многие колонисты, укрывшиеся за стенами форта, готовы были сложить оружие и капитулировать. Тогда шевалье заставил их принести новую присягу на верность королю Франции. Кроме того, еще один отряд численностью до 50 солдат был выслан ночью на захват вражеской батареи (правда, заблудившись в лесу, он вынужден был вернуться ни с чем). Наконец, чтобы ввести испанцев в заблуждение относительно сил, имевшихся в его распоряжении, Фонтенэ приказал устроить ложный салют из всех пушек и мушкетов, каким в ту эпоху обычно встречали прибытие подкреплений. Но эта хитрость не сработала, поскольку еще один перебежчик рассказал испанцам об истинном положении вещей в форте. Он также сообщил, что многие колонисты горят желанием побыстрее сдаться и даже готовы расправиться с шевалье де Фонтенэ и его братом.
Действительно, один из недовольных, некий Ноэль Бедель, явился с группой сообщников к губернатору и заявил, что, по их мнению, дальнейшее сопротивление бессмысленно. В ответ шевалье выхватил пистолет и выстрелил в Беделя со словами: «А, предатель! Если я и сдам крепость, то тебе не придется порадоваться при виде врага». Затем он набросился на других малодушных колонистов, потребовав от них убрать свое оружие и немедленно вернуться на боевые посты. Поджав хвосты, представители общественности покорно ретировались.
Подобная решительность губернатора лишь на короткое время усмирила тех, кто готов был взбунтоваться. На следующий день волнения усилились, а ночью кто-то подло произвел три мушкетных выстрела из-за угла в Тома де Фонтенэ, когда тот совершал обход постов. Хотя молодой человек не пострадал, один из стрелявших сбежал к испанцам и заявил им, что убил брата губернатора.
Испанский военачальник отправил к шевалье своего барабанщика, чтобы проверить, правду ли сказал ему перебежчик, а заодно вручить Фонтенэ письмо, в котором предлагал ему сдаться на почетных условиях. Он пообещал беспрепятственно отпустить всех французов на родину, а англичан пригласил перейти на испанскую службу. Фонтенэ ответил, что не может изменить своему долгу и, «имея приказ своего короля о защите этого форта, будет решительно сражаться до самой смерти».
Военные действия возобновились. На следующую ночь Габриэль де Рохас велел Хуану де Морфе взять 150 лансерос и аркебузиров, вернуться в гавань и проверить состояние дел на кораблях. Две испанские ланчи, посланные Морфой на рейд Бастера, захватили там фрегат неприятеля и привели его в Кайонскую гавань.
Утром 17 января сильный испанский отряд двинулся по пляжу в сторону форта. Одновременно батарея, установленная на холме, продолжила систематический обстрел башни и четырех бастионов пиратской цитадели.
18 января в 10 часов утра шевалье де Фонтенэ, опасаясь бунта, вынужден был прислать в испанский лагерь парламентера, который сообщил о готовности французов сдаться. Для обсуждения условий капитуляции в форт был отправлен капитан Томас де Кастро. В воскресенье 19 января между Рохасом и Фонтенэ было подписано соглашение, по которому французы обязались навсегда покинуть форт и остров, а испанцы — предоставить в их распоряжение 2 фрегата, 30 рабов и двухмесячный запас провизии.
В понедельник 20 января Хуан де Морфа и Бальтасар Кальдерой во главе 200 солдат прибыли к воротам форта и торжественно вошли внутрь, неся знамена его католического величества. Фонтенэ сдал форт, после чего примерно с 330 колонистами, их семьями, рабами и 25 солдатами гарнизона, которым разрешили взять с собой заряженное оружие, проследовал на берег. Ему вручили паспорт, действительный в течение трех месяцев; имея на руках этот документ, он мог в случае непогоды или недостатка провизии зайти в любой испанский порт в Вест-Индии и получить необходимую помощь, после чего идти во Францию.
Дон Габриэль де Рохас оставил заложниками брата губернатора, Тома де Фонтенэ, и одного капитана, разрешив всем прочим французам и англичанам — а их насчитывалось более 500 человек — покинуть остров на двух разбитых судах, севших на мель напротив форта. Поскольку ремонт этих парусников затянулся, испанцы начали нервничать, а затем заявили людям шевалье, что «если через три дня они не поставят паруса, то всех их предадут мечу». Французам пришлось поднапрячься, чтобы успеть подготовить суда к выходу в море до истечения срока ультиматума.
Тортуга досталась испанцам малой кровью: согласно их отчетам, они потеряли всего двух людей, в то время как французы — от 25 до 30 человек. В руки победителей попала вся артиллерия Тортуги: 44 пушки в форте и около 70 пушек — на двух редутах, 60 центнеров пороха, много военного снаряжения, запас продовольствия, некоторое количество индейцев-рабов, похищенных шайкой Мартэна в Кампече в 1652 году, а также 2 корабля неопределенного типа, 1 фрегат и 8 барок (по другим данным, испанцы обнаружили на Тортуге 200 негров-рабов и 250 индейцев-рабов; но в описи, датированной 26 июня 1654 года, упоминается лишь о 73 пленных рабах; прочие, скорее всего, убежали в лес). Наконец, на слркбу к испанцам перешли сто солдат гарнизона Тортуги и несколько ирландцев-католиков. Чистая прибыль от этого предприятия составила 20 тыс дукатов. Очевидно, добыча могла быть более солидной, если бы в самом начале операции испанцы не упустили несколько голландских торговых судов, поспешно бежавших в открытое море. С другой стороны, испанцам повезло, что за двенадцать дней до их прибытия Тортугу покинули 2 фрегата с 200 флибустьеров на борту. Их уход существенно ослабил оборону острова.
В Санто-Доминго возвращение экспедиции Рохаса встретили праздничным салютом и колокольным звоном. Как с иронией заметил дю Тертр, всеобщая радость была столь велика, «словно они завоевали целое королевство».
Тот же автор сообщает, что одним из двух фрегатов, эвакуировавших население Тортуги, командовали убийцы Левассёра — капитаны Тибо и Мартэн. На борту их судна разместились в основном женщины и дети. Когда запасы провизии истощились, друзья-убийцы с помощью нескольких солдат высадили беспомощных пассажиров на островах Кайман, где все они могли погибнуть от голода, если бы по счастливой случайности их не обнаружило и не спасло проходившее мимо голландское судно.
Для удержания Тортуги губернатор Санто-Доминго решил оставить там гарнизон из 150 пехотинцев под командованием капитана Бальтасара Кальдерона-и-Эспиносы. Хуан де Морфа (ирландец по происхождению), управлявший островом после изгнания Фонтенэ, не внушал испанцам особого доверия и вскоре был отозван.
Поскольку не все пираты и контрабандисты знали о захвате Тортуги испанцами, последние за восемнадцать месяцев своего пребывания там захватили на рейде около 10 французских, английских и голландских судов. По данным дю Тертра, вскоре после утверждения испанцев на острове туда пришли «два бедных французских судна, которые одно за другим доставили товары и провизию своим соотечественникам и, не зная, что их ожидает, свободно вошли в порт, словно их здесь должны были встретить; но как только испанцы увидели их на якоре, а большую часть их людей на земле, они обрушились на них, как грифы на жертву…»
Известно, что мальтийский рыцарь не смирился с потерей острова. Обосновавшись на северном побережье Эспаньолы, в Пор-Марго, он терпеливо дожидался там освобождения младшего брата. Последний, будучи «дворянином с хорошими манерами, ловким, доброго нрава и весьма проворным», добился расположения «почтенного старика, который был губернатором острова и полюбил его, словно собственного сына». Через пять-шесть месяцев испанцы отпустили Тома де Фонтенэ на свободу, и он смог вернуться к своему старшему брату.