Отвезти отчет Совета Ямайки в Англию взялся сам граф Карлайл. Утром 27 мая (6 июня) 1680 года он, его жена леди Кэтрин и их челядь отплыли из Порт-Ройяла на борту корабля «Иксчейндж». Следом за ними в море вышли «Хантер» и многие другие корабли. Управление Ямайкой «снова перешло к сэру Генри Моргану как вице-губернатору и генерал-лейтенанту».
После отъезда графа Карлайла сэр Генри начал активно расширять свои земельные владения на острове. 22 июня (2 июля) Эдвард Хант и его жена Урсула продали Моргану за 70 фунтов стерлингов 300 акров земли в приходе Сент-Мэри, к северу и к западу от реки Негро, а 9 (19) октября сэр Генри купил у Роджера Эллетсона и его жены Анны семь участков земли, прилегавших к его прежнему приобретению. За 690 акров он заплатил 600 фунтов стерлингов.
Не забывал сэр Генри и о преследовании наиболее одиозных флибустьеров, отказывавшихся сотрудничать с ямайской администрацией. 1 (11) июля 1680 года он выдал полицейскому старшине ордера на арест нескольких пиратских вожаков, которые в феврале указанного года повторили его прежний «подвиг» — взяли и ограбили Портобело. Через несколько дней Морган сообщил об этом в отчете министрам торговли и плантаций, а также в письме лорду Сандерленду. Кроме того, сэр Генри рассказал о появлении вблизи острова французского корсара, которого он пытался захватить, но безуспешно. «При первой же возможности я отправлю жалобу французскому губернатору Эспаньолы, у которого французские приватиры обычно получают свои каперские свидетельства, — писал он. — Нас не меньше беспокоят и приватиры, приписанные к нашему острову. Строгие приказы об их аресте были выданы лордом Карлайлом перед его отъездом, а затем и мною, и некоторые из их людей были схвачены и сейчас сидят в тюрьме в ожидании суда; остальные напуганы и, не имея смелости войти в какой-либо из наших портов, будут держаться в стороне до тех пор, пока не найдут себе [безопасное] место для поселения. Я весьма опасаюсь, что это может привести к потере островом многих людей, и предотвратить сие можно только с помощью постоянного присутствия здесь небольшого маневренного фрегата, который патрулировал бы прибрежные воды вокруг острова и нападал на приватиров. Их количество увеличивается за счет нуждающихся и несчастных, и они поощряются беспечностью и малодушием испанцев, несмотря на многочисленность последних. Ничто не может быть более фатальным для этой колонии, чем соблазнительно заманчивые смелость и успех приватиров, привлекающие к себе белых сервентов, а также всех несчастных и отчаянных людей. Я не жалею усилий, чтобы подавить это растущее зло, выдав недавно специальное поручение для суда над несколькими беглыми белыми, застрелившими человека из отряда, посланного на их задержание. Эти приватиры отпугивают испанцев от торговли с нами, которая в противном случае была бы значительной».
Осенью Совету Ямайки снова пришлось вернуться к скандальному делу капитана Мингема. 5 (15) ноября Морган и 13 членов совета заслушали прибывший из метрополии приказ короля Карла «об освобождении Фрэнсиса Мингема из тюрьмы». Во исполнение высочайшего повеления сэр Генри распорядился немедленно освободить арестованного. При этом майор Эдвард Йомен, полицейский старшина, поклялся, что Фрэнсис Мингем был арестован за свои действия в суде, но что он не получал прямых указаний сэра Генри Моргана на арест и заключение Мингема в тюрьму. Тюремщики Роберт Стели и Гарри Саунд, со своей стороны, поклялись, что не получали от Моргана приказов удерживать капитана Мингема под стражей. Сам Мингем признал, что в тюрьме ему была оказана необходимая медицинская помощь, и отказался от прежнего утверждения, что заплатил за пребывание в тюрьме 16 фунтов стерлингов. Члены совета пришли к выводу, что «все неприятности Фрэнсиса Мингема на Ямайке были вызваны скорее его собственными неблагоразумием и злобной жаждой мести, чем желанием сэра Генри Моргана во что бы то ни стало задавить его».
На следующий день члены совета подписали коллективное письмо, адресованное министрам торговли и плантаций, в котором сообщили о выполнении приказа по освобождению капитана Мингема. В то же время они заявили, что перенос судебного разбирательства из колонии в метрополию и принятие там окончательного решения по судебным делам являются плохим прецедентом, поскольку могут полностью уничтожить систему правосудия на Ямайке и привести к упадку торговли — особенно в условиях значительной удаленности острова от Англии, затрудняющей оперативное исправление ошибок в судопроизводстве и опровержение заведомо ложных свидетельств.
12 (22) ноября сэр Генри подготовил отчет о текущих делах для лорда Сандерленда. Он рассказал о прибытии в Порт-Рой-ял королевского фрегата «Норвич», командир которого, капитан Хейвуд, сообщил ему о заключении мира между французами и испанцами. Поскольку условия мирного договора были ему неизвестны, Морган просил лорда Сандерленда прислать их копию. «Прошло двенадцать дней с тех пор, как сюда прибыл из Испании мистер Джон Крокер, купец, с лицензией от короля Испании, чтобы торговать в Америке неграми с англичанами, французами и голландцами, — пишет далее Морган. — Он уверенно заявил, что вскоре у нас будет свободная торговля с Испанией в соответствии со статьями недавнего договора. Это быстро сделает сей остров весьма значительным, ибо все наличные деньги, которые имеются у нас, поступили сюда благодаря частной торговле с ними. Недавно сюда прибыл пустой кеч лишь с двумя людьми на борту. Они заявили под присягой, что отправились из Новой Англии в Гвинею, где погрузили негров, слоновую кость и золотой песок, после чего отплыли к Невису. По пути они зашли на остров Сен-Мартен, управляемый французами, чтобы взять дрова и воду, и были сначала встречены в гавани с большим дружелюбием, но позже неожиданно захвачены, а их корабль разгружен. Шкипер и его помощники остались там, чтобы вернуть утраченное, но согласились, чтобы эти двое рискнули тайком добраться до нашего острова, и когда я подробнее узнаю всю историю этого шкипера, я перешлю ее Вашей светлости. Здесь все спокойно; благодатный сезон дождей обещает весьма обильный урожай».
Продолжая усердно трудиться на ниве административного управления, Морган 27 января (6 февраля) 1681 года продиктовал своему секретарю новый отчет о ямайских делах — на этот раз в министерство торговли и плантаций. В нем сэр Генри опять упомянул о прибытии в Порт-Ройял капитана Крокера, получившего от севильской Торговой палаты двухлетнюю лицензию на покупку и продажу африканских невольников в Вест-Индии. «Теперь он ожидает корабли Королевской Африканской компании с неграми, — сообщается в отчете, — намереваясь отплыть на следующей неделе в Картахену. Один корабль уже прибыл, а другой мы ожидаем с часа на час, ибо он заходил на Барбадос лишь за свежей провизией. Нет сомнений, что Ямайка много выиграет от этой торговли с испанцами… Около 20 декабря сюда прибыло четыре небольших фрегата… под командованием четырех флиссингенцев, адмиралом у них — капитан Корнелиус Реерс, подчиняющийся герцогу Бранден-бургскому и имеющий репрессальные грамоты для действий против испанцев. Они хотели получить пропуск для входа в гавань и переоснащения, приведя с собой два приза — один, нагруженный испанским вином с Канарских островов, второй — с жиром, а также небольшой галеот с солью и бренди. Они заверили, что у герцога союз с Англией, надеясь получить разрешение на продажу своих призов и на вырученные деньги приобрести все необходимые припасы для их нынешней экспедиции. В ответ я отдал распоряжения секретарю острова и офицеру флота выяснить, в чем каждый из кораблей испытывает нужду, на что они доложили мне о их потребностях, оценивавшихся примерно в 800 ф. ст. За сим я разрешил им продать их призы, что они и сделали, и приказал, чтобы трофейный корабль, нагруженный вином, отплыл на днях из нашего порта в Европу вместе с несколькими английскими кораблями. Все четыре фрегата ушли отсюда в субботу, направившись в восточном направлении, чтобы крейсировать и выискивать добычу сначала возле Эспаньолы, а затем у Мейна. Когда они находились здесь, их больше радовала не возможность обновить припасы, а испуг испанца, вызванный опасением, что они могут его перехватить. Они наверняка так и поступили бы (искушение было весьма велико), если бы я решительно не выступил на его защиту… Через несколько дней он получит пропуск, чтобы идти в Картахену. Бранденбуржцы заверили меня, что король Дании собирается весьма скоро отправить еще большие силы с таким же поручением, как у них, дабы получить удовлетворение от испанцев, которые не пожелали дать его в Европе. За неимением копий некоторых договоров с союзниками Англии я теряюсь в догадках, как управлять дальше. Сейчас я действую по согласованию с Советом, полагаясь на наше благоразумие и рассудительность, но я прошу как можно скорее прислать мне инструкции по данному вопросу…