И взаимопонимание устанавливалось быстро. Якуты, ламуты и тунгусы обращались к русским с просьбами защитить от соседей, выручить из плена сородичей. Землепроходцы вмешивались, помогали, они и сами были заинтересованы, чтобы среди новых подданных царя установился мир и порядок. И хотя родовое самоуправление сохранялось, многие местные жители в спорных ситуациях предпочитали идти на суд не к своим князьцам и тойонам, а к русским воеводам и начальникам, считая их суд более справедливым. Бывало, что служилые заступались даже за рабов. До нас дошли донесения о некоторых делах, вроде обид некоего Овсея — «хозяин его, нюрюптейский якут Декин Боков, его, Овсея, не поит и не кормит, бьет и увечит». Якуты были близки к русским и по быту, вели оседлый образ жизни, поэтому служилые и крестьяне стали охотно брать якуток в жены — они имели навыки домашнего хозяйства, да еще и мужа могли научить, как приспособить это хозяйство к здешним условиям.
Как и в Европейской России, на положение в Сибири оказывали серьезное влияние события в сопредельных державах. В Монголии в это время существовало несколько государств. На севере — 7 независимых племенных княжеств, а на юге — сильное Чохарское ханство во главе с Лигданом, объединившим под своей властью много мелких властителей. Китайская империя Мин, продолжая отбиваться от маньчжуров, попыталась опереться на монголов и заключила союз с Лигданом. Но маньчжурский владыка Абахай решил лишить императора его союзников и в 1634 г. выступил на Монголию. Из северных князей хана поддержал только один, Цокто-тайджи. В разыгравшемся сражении монголов разгромили, и Лигдан покончил жизнь самоубийством… А калмыков маньчжурская угроза подтолкнула к сплочению. Хунтайджи Батур повел борьбу за создание из разрозненных ойратских племен единой державы. В ходе этой борьбы князь племени торгоут Хо-Урлюк, не желая подчиняться Батуру, откололся и с 40 тыс. кибиток двинулся на запад. Степные передвижки и усиление калмыков резко повысили их агрессивность, что сразу почувствовали на себе жители Сибири.
В сентябре 1634 г. войско степняков нахлынуло под Тару. Пожгло деревни, угнало скот, набрало пленных. В связи с этим были усилены караулы, приведены в полную боеготовность гарнизоны Тобольска, Тюмени, Туринска. В ноябре калмыки подступили к Тюмени. Штурмовали город, были отражены, разорили окрестные деревни, поубивали крестьян и взяли большой полон. В погоню тюменский воевода выслал отряд из 300 служилых, но бой сложился неудачно для русских — 50 человек погибли. Тогда же 400 калмыков напали на Чубаров острожек. Сожгли слободу, «побили и поймали крестьян», осадили и сам острожек, гарнизон которого составляли всего 10 стрельцов под командованием десятника Лазаря Кузьмина. Они выдержали несколько атак. Но в это же время туринский воевода, еще не зная о набеге, направил гарнизону смену — десятника Ивана Долгова с 10 стрельцами. Они приехали в самый критический момент и общими силами острожек кое-как отстояли.
Обострение ситуации еще прочнее привязывало к русским местных ясачных. Часто они вместе со стрельцами и казаками защищали свои земли, ходили на перехват врага. И, когда, например, было принято решение перевести 200 служилых из Тюмени в Томск, татары трех ближайших волостей направили царю челобитную: «Только, государь, послать с Тюмени в Томский город 200 человек конных казаков — и нам на старых своих юртах жить и на зверя ходить промышлять не сметь, разбрестись будет всем по лесам… Государь, пожалуй, вели нести службу ратным людям, от калмацких людей и Кучумовых внучат оберегати».
Отделившаяся от других племен масса кочевников Хо-Урлюка прошла Северный Казахстан, переправилась через Яик и появилась на берегах Волги. Калмыки нашли общий язык с обитавшей между Волгой и Яиком Ногайской Ордой — понявшей, что драться с пришельцами себе дороже выйдет, так что лучше договориться. И калмыки вместе с ногаями начали набеги на российские владения. Для противодействия им и организации обороны в Астрахань был назначен воеводой молодой, но талантливый стольник Алексей Никитич Трубецкой, уже зарекомендовавший себя в 1629–1631 гг. в Тобольске защитой края от калмыцких рейдов.
А в Монголии продолжались драки. После разгрома Лигдана Абахай счел себя уже в состоянии состязаться на равных с империей Мин. И в противовес ей провозгласил начало новой империи — Цин (Светлая). Организовать сопротивление еще пробовал сын Лигдана. Но его единственный союзник Цокто-тайджи действовал крайне легкомысленно. Вместо концентрации сил против Абахая отправился с завоевательным походом в Тибет, где и погиб, побежденный тибетскими и кукунорскими князьями. Поэтому ханского наследника маньчжуры легко разбили и убили. И в 16З6 г. созвали курултай, куда прибыли 49 монгольских князей. Съезд признал империю Цин и подчинение Абахаю, объявив его ханом Монголии. Но далеко не все племена прислали своих представителей на курултай и признали его решения, и как раз это привело к окончательному расколу монгольского этноса: на Внутреннюю Монголию — покорившуюся маньчжурам, Внешнюю — сохранившую независимость, и бурят — избравших подданство русскому царю.
Тем временем по соседству возникла могучая Джунгарская держава калмыков. Во главе государства и войска стоял хунтайджи, видное место занимала знать, тайши и нойоны, большим влиянием пользовались ламы. Пленных обращали в рабство и продавали в Китай или использовали их труд в хозяйстве. Эта держава охватила Западную Монголию, Джунгарию, Илийский край, часть Восточного Казахстана. В походы выставлялось до 100 тыс. воинов, в войске была введена строгая дисциплина, нарушителей жестоко карали. И доходило до того, что русские воеводы опасались пускать калмыцких послов к царю. «Чтоб колмаки к Москве пути не узнали, потому что они люди многие и воинские, а прибыли в них нет никакой, и торговать с ними нечем». Возникали нешуточные опасения, как бы новое государство не стало для России вторым Крымом. Но случилось иначе — Сибирь продолжали тревожить лишь отдельные отряды и банды, а острие своей экспансии хунтайджи Батур повернул на юго-запад, против Средней Азии и казахов. В степях закипели рубки, но угроза для русских земель отодвинулась.
И, несмотря на набеги, Сибирь жила, хозяйствовала. Развивалась культурная и духовная жизнь. Третьим архиепископом Тобольска стал весьма образованный Нектарий — он знал латынь, греческий язык, изучал философию и риторику. При нем в Сибири стали создаваться первые школы. Архиепископский дьяк Савва Есипов составил «Есипову летопись» — она быстро завоевала общероссийскую известность и разошлась по стране во множестве списков, став принадлежностью многих монастырских и частных библиотек. В 16Зб г. по видениям вдовы Марии и крестьянина Евфимия и по благословению Нектария в селе Абалак начала строиться церковь Знамения Пресвятой Богородицы. Храмовую икону для нее написал лучший художник Сибири протодьякон тобольского Софийского собора Матвей. Абалацкая икона Божьей Матери вскоре была признана чудотворной и стала общесибирской святыней.
На посту начальника Якутского острога в 1636 г. атамана Галкина сменил Парфен Ходырев. Он усилил свой гарнизон, добившись перевода части казаков из Енисейска, и повел дальнейшие исследования здешних краев. Зимним путем, на конях была отправлена экспедиция С. Харитонова, преодолевшая Верхоянский хребет и добравшаяся до р. Яны. Другой отряд, 46 человек под командованием казачьего десятника Елисея Бузы, спустился по Лене и морем пошел на запад, до р. Оленек. Оттуда сухим путем казаки вернулись на Лену и объединились с экспедицией промышленника Друганки. Построили 2 коча и отплыли к Яне. Но достигли только Омолоя, попали в шторм и потерпели крушение. Бросили на берегу разбитые кочи, значительную часть товаров и припасов, смастерили нарты и продолжили путь по суше. Перевалили кряж Кулар и дошли до верховьев Яны, где стали собирать ясак. Местные якуты собрали против них войско. Казакам и промышленникам пришлось 6 недель просидеть в осаде, двое погибли. Но в конце концов «тех якутов войною смирили и под государеву руку привели и ясаку с них взяли вновь». Спустившись по Яне, опять построили кочи и вышли в море. Пристали в устье р. Чендын, захватили в аманаты 3 юкагирских князьцов и собирали ясак 3 года.