Столь же неудачным и противоречивым был Судакский десант. 5—24 января 1942 года в Судаке было высажено около 2 300 человек, из которых уцелели не более 350. Участь десанта была решена, когда против него начиная с 19 января стали действовать освободившиеся после взятия Феодосии немецкие части. Но и до этого десантники не смогли сломить сопротивление немногочисленных румынских частей. В плен немцы и румыны захватили не менее 896 десантников. У румынских войск было 260 убитых, 63 пропавших без вести и 571 раненый. Потери немцев, а также союзных им крымско-татарских формирований были незначительны. Сыграла свою роль небольшая численность десантников и неудачное место высадки, поскольку из Судака вглубь Крыма и к Севастополю идет слишком мало дорог, которые противник легко перекрыл.
Во время десантов в Керчи, Феодосии и Евпатории десантники захватили немецкие госпитали, уничтожив при этом беспомощных раненых и часть медперсонала. Один из немногих уцелевших евпаторийских десантников А. Корниенко вспоминал: «Мы ворвались в госпиталь… ножами, штыками и прикладами уничтожали немцев, выбрасывали их через окна на улицу…» В отместку немцы, вновь заняв евпаторийский и феодосийский госпитали, убили находившихся там раненых советских десантников.
15 января немцы, перебросив часть войск от Севастополя, перешли в контрнаступление, ударив в стык 44-й и 51-й армий в районе Владиславовки. В этот день штаб 44-й армии был уничтожен авианалетом, и командарм Алексей Первушин был тяжело ранен. 18 января немцы отбили Феодосию. Войска Кавказского фронта отошли за Акманайский перешеек. 28 января был образован Крымский фронт под командованием генерала Козлова. В начале февраля фронт был усилен 47-й армией генерала Константина Калганова. 27 февраля советские войска перешли в наступление на Керченском полуострове. Навстречу им нанесла удар Приморская армия, не сумевшая, однако, прорвать кольцо осады. Представителем Ставки на Крымском фронте был назначен армейский комиссар 1-го ранга Лев Мехлис, начальник ГлавПУРа.
Наступление не принесло успеха и 19 марта было прекращено. 9 апреля Крымский фронт предпринял свое последнее наступление с участием 160 танков, которое было остановлено уже через два дня.
На 1 мая 1942 года войска Германии и союзников, включая резервы и охранные дивизии, на советско-германском фронте насчитывали 3 475 тыс. человек, 22 638 орудий и минометов (калибром от 75 мм и выше, без зенитных орудий), 2 360 танков и штурмовых орудий и 1 779 боевых самолетов (1 372 немецких, 205 финских, 132 румынских и 70 итальянских). Им противостояли девять советских фронтов, 52 общевойсковых и пять саперных армий, две оперативные группы, шесть стрелковых, девять кавалерийских, один воздушно-десантный и 10 танковых корпусов, 317 стрелковых и 31 кавалерийская дивизии, 16 УРов, 123 стрелковых, морской пехоты, мотострелковых, лыжных и воздушно-десантных бригад, 85 танковых бригад. Они будто бы насчитывали 5,5 млн. человек, 43 640 орудий и минометов (калибром от 76 мм и выше, без зенитных орудий), 1 220 установок реактивной артиллерии, 4 065 танков, 3 160 боевых самолетов, не считая 375 легких ночных бомбардировщиков У-2, а также 1 200 истребителей в составе войск ПВО, и около 400 боевых самолетов Северного, Балтийского и Черноморского флотов.
Численность советских войск в 5,5 млн. человек не внушает больших сомнений. Штатная численность стрелковой дивизии была определена в марте 1942 года в 12,5 тыс. человек. Численность стрелковых бригад составляла от 4 356 до 6 тыс. человек. Значит, только в этих соединениях должно было быть порядка 4,6 млн. человек, 10 танковых корпусов и 85 танковых бригад могли насчитывать порядка 200 тыс. человек, 31 кавалерийская – порядка 100 тыс. человек, 16 УРов – порядка 50 тыс. человек. Можно предположить, что остальные части армейского и фронтового подчинения насчитывали порядка 650 тыс. человек. Тогда общую численность советских войск без резервов действительно можно оценить в 5,5 млн. человек.
Но вот резервы существенно увеличивали число бойцов. В резерве находилось 10 стрелковых и четыре кавалерийских дивизии, 15 стрелковых и мотострелковых и три танковых бригады. Кроме того, в Иране имелись три кавалерийские и горнокавалерийских дивизии, три стрелковых и горнострелковых дивизии, одна танковая бригада и один отдельный горнострелковый полк. В Забайкалье и на Дальнем Востоке насчитывалось 34 дивизии и 35 бригад. Во внутренних округах имелось 74 стрелковых и горнострелковых, 19 кавалерийских дивизий, 60 стрелковых, мотострелковых и воздушно-десантных, 23 истребительных и 85 танковых бригад. Таким образом, даже без учета войск, дислоцированных на Дальнем Востоке и в Иране, а также без дивизий НКВД, советское командование могло в самое ближайшее время усилить войска на фронте соединениями общей численностью не менее 1,5 млн. человек, что в сумме давало двукратный численный перевес над противником. У немцев же в тот момент вообще не было готовых дивизий, которые можно было бы перебросить на Восточный фронт. Были лишь союзные войска, которые могли прибыть в ближайшие 2–3 месяца.
8 мая началось немецкое контрнаступление на Керченском полуострове, получившее условное название «Охота на дроф». Его осуществляли пять немецких пехотных и одна танковая дивизия, а также две румынские пехотные дивизии и одна румынская кавбригада. Манштейн рассчитывал уничтожить главные силы обороняющихся еще во время прорыва, чтобы не дать им возможности использовать свое численное превосходство. Основные советские штабы были выведены из строя мощными авианалетами. Так, 9 мая был уничтожен КП 51-й армии. Генерал Львов был убит. Основной удар наносился на юге, а на севере Манштейном был предпринят обходный маневр. В штабе Крымского фронта немецкое наступление стало полной неожиданностью. 8 мая Мехлис пожаловался Сталину на Козлова, который будто бы не слушал его предупреждения о предстоящем немецком наступлении. Сталину такая попытка снять с себя ответственность не понравилась, и 9 мая он, не скрывая раздражения, телеграфировал Мехлису: «Вы держитесь странной позиции постороннего наблюдателя, не отвечающего за дела Крымфронта. Эта позиция очень удобна, но она насквозь гнилая. На Крымском фронте Вы не посторонний наблюдатель, а ответственный представитель Ставки, отвечающий за все успехи и неуспехи фронта и обязанный исправлять на месте ошибки командования. Вы вместе с командованием отвечаете за то, что левый фланг фронта оказался из рук вон слабым. Если «вся обстановка показывала, что с утра противник будет наступать», а вы не приняли всех мер к организации отпора, ограничившись пассивной критикой, то тем хуже для Вас. Значит, Вы все еще не поняли, что Вы посланы на Крымфронт не в качестве Госконтроля, а как ответственный представитель Ставки. Вы требуете, чтобы мы заменили Козлова кем-либо вроде Гинденбурга. Но Вы не можете не знать, что у нас нет в резерве Гинденбургов».
Главные силы Крымского фронта в беспорядке отступили к Керчи и 18 мая прекратили сопротивление.
Общие потери советских войск в мае 1942 года на Керченском полуострове составили более 300 тыс. человек, включая 170 тысяч пленных, а также 258 танков, 417 самолетов и 1 133 орудия. На Таманский полуостров до 20 мая было эвакуировано, включая раненых, 116,5 тыс. военнослужащих, а также 25 орудий, 27 минометов и 47 установок РС… Потери 11-й немецко-румынской армии не превышали 10 тыс. человек и за первые две декады мая составили 1 289 убитых, 5 708 раненых и 342 пропавших без вести.