Чуть позже начались столкновения между этими новыми странами и различными сепаратистскими отрядами, в которые Москва оказалась втянутой. Вооруженный конфликт вспыхнул между Азербайджаном и этническими армянами в Нагорном Карабахе. По соседству началась война Грузии с двумя ее автономными областями – Южной Осетией и Абхазией. В Молдове разгорелись бои между силами, лояльными новому правительству, и сепаратистами Приднестровья. Войска дислоцировавшейся в Приднестровье 14-й советской армии были вынуждены вмешаться [45] . Генерал Александр Лебедь, командующий 14-й армией, стал широко известен в России за его попытки развести воюющие стороны и защитить военные объекты и склады с вооружением. Чуть позже началась гражданская война в Таджикистане [46] .
Этнические конфликты в постсоветских республиках обострялись конфронтацией между Москвой и Эстонией с Латвией по поводу статуса русскоговорящих жителей этих стран, приехавших туда после Второй мировой войны. Обе страны приняли законы, требующие выполнения определенных, в том числе и языковых, требований для получения гражданства. В ноябре 1992 года ООН приняла резолюцию, призывающую Москву вывести все бывшие советские войска с их территории. Правительство Ельцина попыталось привязать вывод войск к своему спору с прибалтийскими странами. Если иммигранты получат гражданство – войска будут выведены, в противном случае они останутся до тех пор, пока проблема не будет решена [47] . На сентябрьской Ассамблее Организации Объединенных Наций 1993 года министр иностранных дел Козырев проявил еще большее упрямство. Он заявил об «особой ответственности» России за защиту русскоязычного населения (включая Приднестровье и Прибалтику) и потребовал от ООН признать за Россией первенство в будущих возможных миротворческих миссиях в бывших советских республиках [48] . Эти попытки не принесли никаких результатов. Постоянное давление Запада, включая угрозы не дать кредиты, жизненно необходимые для реализации программы экономических реформ, в конечном счете возымели действие. Последний солдат из состава бывших советских частей покинул Прибалтику 31 августа 1994 года [49] .
На всем пространстве бывшего Советского Союза Москва изо всех сил старалась сохранить рычаги влияния. На Кавказе оперативники русских спецслужб и оружие использовались в конфликтах и заговорах против выявленных антирусских лидеров. Во время споров с Украиной и некоторыми среднеазиатскими странами применялось экономическое давление. Вдохновленное Москвой движение за независимость Крыма противилось заявлениям Украины по поводу Черноморского флота.
К сентябрю 1995 года СНГ и страны ближнего зарубежья вошли в число приоритетов российской внешней политики и стали основной точкой ее жизненных интересов. Президент Ельцин подписал указ по поводу дальнейшей интеграции СНГ, установивший новые амбициозные цели по усилению экономических, политических и военных связей [50] . Когда он занял президентское кресло в 1999/2000 годах, Путин продолжал подчеркивать важность отношений России с бывшими советскими республиками и необходимость сохранять в руках Москвы рычаги влияния на них. Из позорного (по его мнению) изгнания России из Прибалтики в 1994 году он тоже вынес немаловажный урок.
В свое время ни одно действие правительства Ельцина не воспринималось московской политической и военной элитой как существенно улучшающее позиции России на международной арене. Конфликты являлись доминантой как внутренней, так и внешней политики. Отношения с США и Западом в целом ухудшались. В 1994 году напряженность гражданской войны в Боснии-Герцеговине усилилась, что привело к введению ЕС и США санкций против Сербии, а затем и к началу «воздушного наступления» НАТО. Российское Министерство иностранных дел и президента Ельцина проинформировали о готовящейся атаке уже после того, как решение было принято. Несмотря на то, что позже выработали предложение, по которому российские войска могли входить в миротворческий контингент НАТО в Боснии, причем под собственным командованием, русский парламент снова пришел в ярость.
Одновременно с операцией на Балканах в 1994 году НАТО приняло решение о расширении союза за счет «новых демократий» Восточной Европы. Поскольку это расширение включало в себя и бывшие советские республики Прибалтики, против этого решения выступили все российские политические фракции. В промежуток между 1994 и 1997 годами расширение НАТО стало доминирующей темой в отношениях России и Запада.
В интервью, данном газете «Московские новости» в сентябре 1995-го, бывший президент СССР Михаил Горбачев высказал общее настроение московской элиты [51] : «Запад пользуется слабостью России. Политика, проводимая Западом в Европе, на Балканах и в странах бывшего Советского Союза, – заявил он, – отмечена прямым неуважением к России, это ясно показано тем, что с Россией не проконсультировались по поводу бомбардировок [Югославии]… Все это доказывает, что некоторые западные политики с удовольствием бы видели Россию на вторых ролях в мировой политике… Вне зависимости от внутренних проблем, Россия никогда не смирится с таким унизительным положением» [52] .
Горбачев настаивал на том, что Россия «сильно нуждается в разумной политике на международной арене, политике, направленной на восстановление системы безопасности в Европе и сохранение России на заглавных ролях в мировом сообществе». Он также настоятельно советовал Западу изменить политику в бывшей сфере влияния России, предупредив, что «надменное отношение к России и ее интересам глубоко задевает русских людей, а это чревато серьезными последствиями» [53] .