Впрочем, эта история получила неожиданную развязку. В 2010 году, когда президентом уже стал Медведев, бывший владелец Гуцериев был прощен, смог вернуться и выкупить компанию обратно. За него заступились друзья: бывший министр экономики, возглавивший Сбербанк, Герман Греф и олигарх Владимир Евтушенков.
Освоившись в совете директоров «Роснефти», Сечин рассорился с президентом компании Сергеем Богданчиковым и в 2010 году избавился от него, посадив туда подконтрольного себе человека.
Постепенно Сечин становился самым влиятельным человеком в российской промышленности и в российском правительстве. В этом он очевидно обошел даже своего тезку Игоря Ивановича Шувалова (хотя формально Шувалов был выше по должности: первый вице-премьер, а Сечин просто вице-премьер).
Коллеги по правительству говорили про него, что у Сечина нет экономического мышления, что он не любит частный бизнес и считает, что все должно принадлежать государству.
В качестве вице-премьера Сечин начал все активнее проявлять внимание к «Газпрому». Именно «Газпром» после новогодней газовой войны 2006 года с Украиной стал главным внешнеполитическим инструментом Кремля. Путин руководил компанией лично, а Сечин, в качестве куратора, был обязан ему помогать. Председатель правления «Газпрома» Алексей Миллер ужасно раздражал Сечина тем, что ничего не делал. Во время зарубежных визитов Сечин жаловался журналистам, что он, мол, уже договорился о том или ином соглашении, но подписать ничего невозможно, потому что Миллер спит.
Подобных усилий Сечина, наверное, хватило бы, чтобы свалить любого другого руководителя, но Миллер тоже был старым товарищем Путина, тоже работал в мэрии Петербурга в 1990-е годы. К тому же его стиль совершенно не мешал Путину принимать все решения самостоятельно. Путин ведь воспринимал «Газпром» не как корпорацию, а как политический инструмент, зачастую не заботясь об экономической стороне действий.
Став вице-премьером, Сечин продолжил борьбу с «неправильными» олигархами, но на новом уровне. В 2009 году произошла самая серьезная в постсоветской России техногенная катастрофа — авария на Саяно-Шушенской ГЭС. Сечин приехал на место лично разбираться в произошедшем, по словам очевидцев, сам, не жалея времени, разговаривал с родственниками погибших. А потом на одном из совещаний произнес крылатую фразу: показав в сторону толпы местных жителей, которые хоронили родных, Сечин сказал: «Дайте им все». Это означало, что компания-владелец электростанции должна была взять на себя полную ответственность за выплату компенсаций пострадавшим.
А затем Сечин возглавил комиссию по ликвидации последствий аварии и, удивительным образом, пришел к выводу, что во всем виноват его давний противник Анатолий Чубайс, архитектор еще ельцинской приватизации, которую Сечин считал несправедливой. Именно Чубайс по заданию Путина разрабатывал реформу российской электроэнергетики и успешно завершил ее, полностью ликвидировав электроэнергетическую госмонополию РАО ЕЭС в 2008 году. Когда компания прекратила свое существование, Игорь Сечин принялся за обратный процесс: он возглавил крупный осколок прежней госкорпорации, «Интер РАО», и начал собирать ее обратно, поворачивая вспять либеральную реформу Чубайса.
Председателем совета директоров расформированной корпорации РАО ЕЭС при Чубайсе был Александр Волошин, бывший глава администрации президента и, соответственно, бывший начальник и давний враг Сечина.
В 2003 году фактически именно Сечин добился отставки Волошина. Но после кризиса 2008 года усилившийся Сечин вступил с Семьей в непримиримое сражение и сумел одолеть Волошина, Дерипаску, Юмашевых и даже Медведева.
Внешне это выглядело как корпоративный конфликт в компании «Норникель», крупнейшей металлургической корпорации мира. Вплоть до 2008 года ее основными акционерами были Владимир Потанин, бывший российский вице-премьер ельцинской поры, автор схемы залоговых аукционов, и его давний партнер Михаил Прохоров. Накануне кризиса партнеры решили развестись, Прохоров продал свою долю Олегу Дерипаске, алюминиевому королю и зятю Валентина Юмашева, который приходился, соответственно, зятем Борису Ельцину. Основатель компании Владимир Потанин потерял контроль над ней, а новым председателем совета директоров стал Волошин, представлявший интересы Дерипаски. Как раз в этот момент Потанин обратился к Сечину как к единственной силе, которая могла защитить его от вновь набирающей силы Семьи.
И Сечин помог: сначала он помог сделать гендиректором компании тогдашнего главу «Ростуризма». Не слишком профильное назначение, но кандидат был другом президента Путина еще с петербургских времен, чем никто из боссов «Норникеля» похвастаться не мог: ни Потанин, ни Дерипаска, ни Волошин. Затем в 2010 году Сечин и Потанин предприняли ловкий маневр и выкинули Волошина из совета директоров. То была горячая фаза войны. Волошина поддерживал президент Медведев, но и это дало лишь временный эффект.
На внеочередном совете директоров Волошина восстановили. Но три месяца спустя вообще вывели из совета директоров. Война была проиграна — оказалось, что Сечин просто более терпелив и вынослив. Даже сообща вся так называемая «семейная группировка» — Медведев, Волошин, Дерипаска, Юмашевы — не смогла его одолеть. Это поражение в бизнесе было очень болезненным, ибо демонстрировало, что президент Медведев отнюдь не авторитет. И не то что не первое лицо государства, а, возможно, даже не второе — только третье после Путина и Сечина.
Самое скандальное публичное столкновение между Медведевым и Сечиным произошло осенью 2010 года. Внешне Сечин к этому скандалу никакого отношения не имел: вызов президенту бросил вовсе не он, а ветеран российской политики, бессменный мэр Москвы Лужков. Однако опытный политик Лужков никогда не осмелился бы пойти против президента, если бы не был уверен, что его не накажут. Сечин убеждал Лужкова, что его аппаратный вес столь велик, что он вообще-то не обязан с Медведевым считаться. Если что — Путин не позволит его и пальцем тронуть.
Сечин в присутствии Медведева всегда вел себя корректно и в соответствии с протоколом, но был рад унизить его чужими руками. Тем более что Юрий Лужков считал, что Медведев ему не ровня. Он стал мэром Москвы еще в 1992 году. В 1993 году он решительно поддержал Ельцина в борьбе с Верховным Советом. В 1999 году он был уверен в том, что станет президентом, но сошел с дистанции под давлением черного пиара. Хозяин столицы с 18-летним стажем полагал, что Медведев ему не ровня и он совершенно не обязан с ним миндальничать.
Сам Лужков вспоминает, что конфликты с Медведевым у него начались еще в 2005 году, когда тот был главой президентской администрации. По его словам, поводом было решение Кремля повысить зарплаты медсестрам по всей стране. Лужков, узнав об этом, решил параллельно повысить зарплаты еще и всем московским врачам — иначе, уверяет он, возникла бы серьезная диспропорция. А Медведев обиделся. «Что вы делаете? Вы эффект государственного решения обнулили!» — якобы кричал он.
Следующий конфликт, о котором вспоминает Лужков, случился, уже когда Медведев стал президентом. В ноябре 2008 года мэр Москвы давал интервью легендарному телеведущему Владимиру Познеру, в котором сказал, что, по его мнению, столичный градоначальник должен избираться гражданами, а не назначаться президентом. (Сейчас, впрочем, он оговаривается, что в 2004 году после Беслана якобы был за отмену губернаторских выборов и, когда Путин с ним советовался, поддержал его решение.)