Уровень боеготовности частей был сравнительно высоким, но далеко не идеальным. Наиболее боеготовым являлся 32-й иап, сформированный еще в начале 1938 г. при переводе флотских ВВС на полковую структуру. 1-я эскадрилья полка была частично перевооружена на новые истребители МиГ-3 (в эскадрилье 12 МиГ-3 и 8 И-16), являясь единственным подразделением ВВС ЧФ на новой технике. 2-я эскадрилья частично являлась спецподразделением СПБ (5 ТБ-3 и 4 И-16) и базировалась в Евпатории, частично — обычной дневной эскадрильей перехватчиков (11 И-16), осуществлявших ПВО главной базы с аэродрома Бельбек. Часть 3-й эскадрильи (10 И-153) базировалась там же, но специализировалась на перехвате вражеских самолетов ночью. 4 и 5-я эскадрильи являлись учебными, и на 35 экипажей имели всего 11 пилотов с подготовкой 1–й линии, остальные поступили из летных училищ весной 1941 г.
8-й иап сформировали только в конце 1939 г. В 1940 — начале 1941 гг. ему пришлось пережить еще два крупных организационных изменения. Вначале из состава полка была выделена 5-я эскадрилья, которой присвоили номер 93-й отдельной и передали в распоряжение командира Керченской военно-морской базы (ВМБ). Новую 5-ю эскадрилью взамен ее стали формировать только в феврале 1941 г., причем в качестве техники первоначально фигурировали семь устаревших и сильно изношенных И-15бис. 29.3.1941 вышел приказ наркома ВМФ, согласно которому на каждом флоте предстояло сформировать по одному учебно-резервному полку, где осуществлялось бы накопление обученных летчиков для развертывания новых авиачастей. Костяком — летчиками-инструкторами полка — предстояло стать летным экипажам трех эскадрилий 8-го иап и 40-го бап. В результате с 1.6.1941 3-я эскадрилья стала истребительной эскадрильей 3-го урап, но приказ о формировании нового подразделения взамен поступил уже только после начала войны. Остальные подразделения назвать полностью боеготовыми тоже не получается. В 1-й эскадрилье на И-16 из 16 пилотов 13 относились ко 2-й линии и в большинстве закончили училища весной 1940 г. Еще хуже было во 2-й эскадрилье, где 12 из 18 пилотов прибыли в полк в конце 1940 г. Всего же на 9 эскадрилий двух истребительных полков имелось 49 пилотов 1–й линии (30,5%; из них 35 в 32-м иап), столько же 2-й линии и 63 (39%) летчика-ученика, летавших только в простых условиях. Подавляющее большинство из них окончили аэроклубы, а затем ускоренный 5-месячный клуб Серпуховской военной школы пилотов. К моменту, когда они попали в полки, в среднем они имели по 7 часов (!!!) самостоятельного налета на самолетах И-15бис. За ними в ВВС ЧФ закрепилась кличка «крестьяне», поскольку своим поведением за штурвалом боевого самолета некоторые из них действительно мало отличались от хлеборобов. Третий полк 62-й иабр — 9-й иап базировался на аэродромах в районе Очакова и по странному стечению обстоятельств в 1941 г. в боевых действиях в Крыму принял лишь весьма ограниченное участие.
Оба истребительных авиаполка были оперативно подчинены начальнику базового района ПВО главной базы (ГБ) ЧФ — Севастополя, а тот, в свою очередь, начальнику ПВО флота. Последний имел в своем непосредственном подчинении три полка и шесть отдельных дивизионов зенитной артиллерии (всего 49 батарей), батальон и две роты ВНОС (служба воздушного наблюдения, оповещения и связи), а также отдельную радиороту установок РУС-1. Наиболее хорошо был прикрыт зенитной артиллерией Севастополь. На 22.6.1941 его защищали 61-й зенап, 26 и 56-й озенадн — всего 14 зенитных батарей (8 85-мм, 36 76-мм и 16 37-мм орудий, 46 зенитных пулеметов) и 27 прожекторов. Остальные базы и аэродромы были прикрыты очень слабо. По 8 76-мм пушек и 6 пулеметов прикрывали Евпаторию и Феодосию, 12 76-мм пушек, 6 пулеметов и 5 прожекторов — Керчь. 9-й стрелковый корпус своей зенитной артиллерии вообще не имел. Именно слабость зенитной артиллерии являлась одной из главных причин чрезмерной нагрузки, выпавшей на советскую истребительную авиацию, с одной стороны, и большие потери сухопутных войск от ударов с воздуха — с другой. Три роты батальона ВНОС создавали кольцо воздушного наблюдения вокруг Севастополя, которое на северо-западном направлении усиливалось радиоротой, развернувшей два комплекта установок РУС-1 на крымском побережье Каркинитского залива. Эти установки не являлись радарами и позволяли установить только сам факт пролета вражеского самолета между излучателем и приемником. К концу 41–го от их использования отказались.
Несколько лучшим по сравнению с истребителями было положение в полках ударной авиации. 40-й бап вел свою историю с весны 1938 г. и к моменту начала войны являлся крепко сколоченной частью. Только 1-я эскадрилья являлась учебной. Увы, первые современные бомбардировщики типа Пе-2 в количестве пяти прибыли в полк в первый день войны. Кроме того, как мы уже отмечали, накануне войны полк лишился 3-й эскадрильи. 2-й мтап сформировали только весной 1940 г. и к июню 41–го 4 и 5-я его эскадрильи все еще числились в разряде учебных. Всего же из 110 экипажей 63-й бабр к 1-й линии относились 33 (30%), 2-й — 42 (38%) и учебным — 35 (32%).
Помимо практически полного отсутствия новой техники и большого количества необученных летчиков, с точки зрения последующего повествования, ВВС ЧФ имели и иные проблемы. К ним следует отнести, во-первых, крайнюю разношерстность авиационной техники, особенно в истребительной авиации. Как правило, каждый из авиаполков располагал самолетами всех типов, которые только имелись на вооружении советской авиации. Даже многие эскадрильи имели по два типа самолетов. Особенно заметным это стало после начала войны, когда на флот стали прибывать истребители новых типов. Командование ВВС ЧФ не стремилось концентрировать технику одного типа в отдельных полках, равномерно «размазывая» ее по всем частям. Это создавало большие трудности не только в снабжении самолетов запасными частями, но и создавало трудности в боевом применении, поскольку самолеты разных эскадрилий даже одной части не всегда могли взаимодействовать друг с другом из-за разности в летных ТТХ машин.
Во-вторых, большинство стационарных аэродромов морской авиации находилось в районе Севастополя и Феодосии, откуда тяжело было достигнуть районов вскоре развернувшихся боевых действий. Бомбардировщикам приходилось летать без сопровождения истребителей, что часто приводило к неоправданным потерям. В результате для истребителей пришлось оборудовать временные полевые аэродромы в северной части Крыма, что, конечно же, облегчалось условиями выжженной солнцем и гладкой, как стол, степью, но вовсе не отменяло сложностей по доставке боеприпасов и горючего.
В-третьих, до начала войны черноморские летчики совершенно не отрабатывали штурмовых действий по наземным целям, не говоря уже того, что в составе ВВС ЧФ не было ни одного специального штурмового подразделения. В боевой подготовке ударной авиации наибольшее внимание уделялось бомбардировочным ударам с горизонтального полета по кораблям в море и ВМБ противника, истребителей — ведению воздушного боя. Большинство из последних не имело ни бомбодержателей, ни узлов подвески для реактивных снарядов, которых среди летного состава до начала войны никто в глаза не видел.
Справедливости ради следует признать, что в плане Гитлера по нападению на СССР (план «Барбаросса», директива OKW №21 от 18.12.1940) ни Крым, ни Севастополь вообще никак не фигурировали. Объяснялось это просто — Гитлер планировал нанести удар не по каким-то отдельным экономическим районам или стратегическим позициям, а по Советской России в целом, заставив развалиться ее как государство. Конкретно группа армий «Юг», наступавшая в полосе от Припятских болот до побережья Черного моря, имела задачу окружить и уничтожить советские войска на территории Правобережной Украины, не допустив их отхода за Днепр. Считалось, что после реализации этого замысла ничто не помешает немцам занять Донбасс и выйти к Северному Кавказу. Дальнейшие операции планировались в зависимости от развития военной и политической обстановки.