9. Эвакуировать из Севастополя и Керчи на Кавказ все ценное, но ненужное для обороны.
10. Руководство обороной Севастополя возложить на командующего ЧФ тов. Октябрьского с подчинением вам. Зам. командующего ЧФ иметь в Туапсе — начальника штаба ЧФ.
11. Вам (Левченко. — М. М.) находиться в Керчи.
12. Для непосредственного руководства обороной Керченского полуострова назначить генерал-лейтенанта Батова».
После этого в умах многочисленных военачальников возникли ясность и твердость. 9 ноября Октябрьский вступил в командование Севастопольским оборонительным районом (СОР). Левченко находился в Керчи вплоть до ее падения 16 ноября. Спустя три дня командование войсками Крыма было расформировано за ненадобностью, а СОР напрямую подчинен Ставке ВГК. Вице-адмирал Левченко за провал обороны в Крыму был отдан под суд, после чего снят с должности заместителя наркома ВМФ и понижен в звании до капитана 1–го ранга. Тем же, кто отвечал за оборону Севастополя, удалось избежать подобной судьбы — тогда благодаря их энергии и организаторским способностям город удалось отстоять.
Бои у Севастополя между 1 и 21 ноября вошли в российскую историографию как отражение первого штурма города. Германские историки это штурмом не считают, предпочитая называть «попыткой взять Севастополь с ходу». Вне зависимости от определения обе стороны сходятся на том, что в период с 1 по 9 ноября главный удар наносился войсками 54-го корпуса с севера и северо-востока, но он разбился о сопротивление моряков. Одновременно в город по ялтинскому шоссе прорвались соединения Приморской армии (25, 95, 172-я стрелковые, 2, 40, 42-я кавалерийские дивизии — всего 19 894 человека, 10 танков Т-26, 152 орудия, 200 минометов), которые значительно усилили сухопутную оборону. Их преследовали дивизии немецкого 30-го корпуса (22 и 72-я). После небольшой перегруппировки 11 ноября войска Манштейна продолжили атаки, на этот раз нанося главный удар с юго-востока. В ходе десятидневных боев немцам удалось дойти до Балаклавской бухты, но прорвать советскую оборону и взять Севастополь, до центра которого оставалось всего 12 километров, они не смогли.
С точки зрения действий авиации штурм также имеет хорошо заметное деление на два этапа. Первый, продолжавшийся до 7—8 ноября, был, пожалуй, наиболее тяжелым. Главной задачей импровизированной севастопольской авиагруппы являлось нанесение ударов по подходившим к городу колоннам немецких войск. Германские самолеты поддерживали свои войска на поле боя, но немалое число их вылетов в этот период приходилось на бомбардировку портов, включая гавань Севастополя. Поскольку войска обеих сторон находились в движении и сеть постов наведения авиации была почти не развернута, истребителям люфтваффе оказалось весьма затруднительно вести борьбу за господство в воздухе. Даже несмотря на тот факт, что наступающие немецкие войска постоянно подвергались налетам советской авиации, пилоты «мессершмиттов» предпочитали летать почти исключительно на «свободную охоту». В ряде случаев они осуществляли прикрытие своих ударных машин, но непосредственно над Севастополем делали это крайне неохотно. В результате встречи между истребителями сторон происходили в основном, когда советская авиация наносила удары по вражеским аэродромам, между советскими истребителями и немецкими бомбардировщиками — при попытках немцев бомбить советские корабли в севастопольском порту. Поэтому имеет смысл рассматривать действия сторон по отдельности.
Сама организация и тактика действий советской авиации против немецких наземных войск в этот период претерпела мало изменений по сравнению с сентябрем — октябрем 41–го. Главную роль по-прежнему играли немногочисленные штурмовики Ил-2 18-го шап (полк имел две эскадрильи, одна из которых базировалась на Кавказе и принимала участие в боях на ростовском направлении) и устаревшие истребители — И-5 11-го шап и И-16 3-й эскадрильи 8-го иап. К началу боев за Севастополь 18-й шап дислоцировался на аэродроме Херсонесский маяк, где также находились истребители 32-го иап, осуществлявшие сопровождение. В ряде случаев для выполнения этой же задачи привлекались «яки» и «миги» 9-го иап, находившиеся до 2 ноября на аэродроме Бельбек, а затем также переместившиеся на Херсонес. И-5 11-го шап и У-26 95-й онбаэ летали с полевой площадки Байдары, находившейся юго-восточнее Балаклавы. После взлета они шли к аэродрому Чоргунь, где к ним пристраивались самолеты 8-го иап. Все истребители старых типов кроме И-5 оснащались направляющими для реактивных снарядов РС-82 и замками для подвески 25 и 50-кг авиабомб. Удары наносились с высот 400—600 м, с пологого пикирования, как правило, с двух заходов. На первом самолеты заходили поперек дороги и старались подбить «эрэсами» головную и замыкающую машины колонны, на втором заходе вдоль дороги бомбами и пушечно-пулеметным огнем уничтожались машины в центре колонны, а также живая сила. Как правило, соотношение между ударными и сопровождающими самолетами было 1:1. По сравнению с периодом боев над Перекопом общий состав ударных групп уменьшился. Если раньше в одну группу могло входить до 25—30 самолетов, то теперь, как правило, не больше 12—16, а со второй половины ноября — 6—8. Тем не менее в условиях отсутствия стабильного фронта и системы наблюдения за воздушной обстановкой такие налеты, как правило, оказывались внезапными и наносили немцам довольно чувствительные потери.
1 ноября советская авиация нанесла пять ударов по немецким колоннам в районе станций Альма и Бахчисарай. О силе этих ударов легко получить представление, если учесть, какие самолеты принимали в них участие: 37 И-153, 3 И-16, 10 истребителей новых типов и 6 Ил-2. По донесениям летчиков, им удалось уничтожить один танк и сжечь три автомашины. В одном из вылетов советские самолеты вели воздушный бой с «мессершмиттами». Поврежденный И-16 сел на своей территории, но, поскольку немецкие заявки на его сбитие отсутствуют, можно предположить, что причиной посадки стали неполадки в моторе.
На следующий день сила ударов возросла. В предрассветные часы 20 МБР-2 из 18, 45 и 64-й эскадрилий, базировавшихся в районе Керчи, бомбардировали находившиеся на отдыхе немецкие войска в районе станции Альма. Днем 18 вылетов совершили штурмовики Ил-2, 9 — И-5 и 28 — истребители различных типов. Советские самолеты четырежды атаковали вражеские колонны у Бахчисарая, доложив об уничтожении 20 автомашин. В единственном воздушном бою со случайно оказавшейся поблизости группой Bf-109 обер-ефрейтору Францу удалось сбить Ил-2 лейтенанта А. Ф. Борисова. Горящий штурмовик сел на занятой немцами территории, но летчика укрыли местные жители, и впоследствии ему удалось выйти к своим. Немцы также потеряли в этот день один «мессершмитт», разбившийся при приземлении на временной посадочной площадке Толкунчак в Северном Крыму. Его пилот — унтер-офицер Шмидт — не пострадал.
В ночь на 3 ноября немецкие войска на северных подступах к городу бомбили 21 МБР-2 и 18 ДБ-3. Бомбардировщик лейтенанта Беликова из вылета не вернулся, и его судьба неизвестна до сих пор. Днем состоялось всего два штурмовых удара (9 Ил-2 и 16 истребителей), в результате которых было повреждено несколько орудий и бронемашин, выведено из строя до роты пехоты. Немецкие истребители в этот день в основном действовали на керченском направлении, где потеряли в воздушных боях две машины.