Таким образом, организационная неразбериха, устаревшее понимание цели и задач партизанских действий в тылу противника, отсутствие специальных минно-взрывных средств, неправильный выбор способов действий партизанских отрядов, их нацеливание на разгром противника в открытом вооруженном столкновении привели к тому, что в первом периоде основной формой действий партизан в тылу противника был открытый бой с боевыми и тыловыми частями и подразделениями, немецкими гарнизонами и комендатурами.
Резко негативное отношение высшего военно-политического руководства страны к судьбе военнослужащих, попавших в плен, нежелание принять эффективные меры к их освобождению позволили немецкому командованию содержать в лагерях на оккупированной советской территории многие сотни тысяч солдат, офицеров и генералов Красной Армии. Задача освобождения своих военнопленных в нарушение традиций русской армии вообще не рассматривалась как задача вооруженных сил.
Действиями партизанских отрядов и диверсионных групп по-прежнему руководили республиканские и областные комитеты партии, политуправления, разведуправления и особые отделы фронтов. Начальник политуправления Юго-Западного фронта в записке, направленной в Главное политуправление РККА в апреле 1942 года отмечал: «…работой среди частей Красной Армии и партизанских отрядов, действующих в тылу противника, в настоящее время занимаются несколько самостоятельных органов и организаций. Так, например, ЦК КП(б) Украины, разведотдел Юго-Западного фронта, НКВД, партизанский отдел политуправления Юго-Западного фронта. Единого центра по руководству указанной работой не имеется». Централизация руководства стала жгучей необходимостью. И через 11 месяцев после вторжения немецких войск Постановлением ГКО от 30 мая 1942 года при Ставке ВГК был образован Центральный штаб партизанского движения (ЦШПД) в качестве специального военно-боевого органа ВКП(б) по руководству и координации боевой деятельности партизан.
Постановлением были также образованы некоторые республиканские и областные штабы партизанского движения.
Появление ЦШПД сделало возможным планирование партизанских действий, осуществление взаимодействия на оперативном уровне с республиканскими и областными штабами партизанского движения и фронтами, позволило организовать целенаправленную работу по установлению связи с партизанскими формированиями, вырабатывать и доводить до партизанских командиров рекомендации по тактике действий, подсказывать наиболее эффективные способы и приемы ведения диверсионной работы, снабжать партизан оружием, боеприпасами, медикаментами, готовить кадры, осуществлять взаимодействие партизанских формирований с советскими войсками. Наличие в составе ЦШПД оперативного управления позволяло организовать подготовку и осуществление боевого применения партизанских формирований в оперативном масштабе, полнее и теснее координировать деятельность республиканских и областных штабов партизанского движения.
В конце августа – начале сентября 1942 года было проведено совещание руководящих работников Наркомата обороны и ЦШПД с представителями подпольных партийных органов, командирами и комиссарами крупных партизанских формирований. Итоги совещания и важнейшие направления борьбы в тылу врага были сформулированы в приказе Наркома обороны И. В. Сталина от 5 сентября 1942 года «О задачах партизанского движения». Приказ в корне менял предвоенные взгляды на роль, место и формы партизанской войны. Уже сам факт, что задачи партизанского движения определялись не партийным документом, а приказом наркома обороны, говорил о том, что партизанские действия вновь рассматривались как один из видов боевых действий вооруженных сил в тылу противника, которому отводилась стратегическая роль в вооруженной борьбе. В нем утверждалось, что разгром германских армий может быть осуществлен только одновременными боевыми действиями на фронте и мощными непрерывными ударами партизанских отрядов по врагу с тыла. Приказ нацеливал партизанские отряды прежде всего на нарушение работы железнодорожного транспорта противника с использованием диверсионных способов и приемов борьбы, ведение непрерывной разведывательной работы в интересах Красной Армии.
6 сентября 1942 года была учреждена должность Главнокомандующего партизанским движением, на которую был назначен член Политбюро ЦК ВКП(б) Маршал Советского Союза К. Е. Ворошилов. Им было внесено предложение о создании в тылу немецких войск регулярной партизанской армии. Организация, подготовка и ведение партизанских действий по замыслу маршала должны были стать составной частью военных действий РККА в оперативном и стратегическом масштабе. Однако уже 11 ноября пост Главнокомандующего был упразднен, а ЦШПД в качестве военно-оперативного органа партии подчинен непосредственно Ставке ВГК. 7 марта 1943 года Постановлением ГКО ЦШПД был расформирован, но в мае того же года вновь восстановлен. По мнению П. К. Пономаренко, подобная непоследовательность по отношению к высшему органу управления партизанским движением была связана с сильным влиянием на некоторых членов ГКО тогдашнего руководства НКВД в лице Л. П. Берии, который всячески противился руководству партизанским движением каким-либо органом управления вне его ведомства. Тем не менее центральный орган руководства вооруженной борьбой в тылу противника при Ставке ВГК был создан, что стало важным фактором, влиявшим на размах и организованность партизанского движения, появление и развитие всех форм партизанских действий в тактическом, оперативном и стратегическом масштабе.
Существенную роль в выборе содержания и форм партизанского движения сыграло материально-техническое обеспечение партизанских формирований. Рост партизанского движения, многогранная боевая деятельность партизанских отрядов, появившихся партизанских соединений, возрастание их потребности в оружии, боеприпасах, средствах связи, минно-взрывных и других средствах вызвали необходимость создания 20 июня 1942 года отдела материально-технического снабжения ЦШПД. Если до образования Центрального штаба и других штабов партизанского движения партизаны снабжались вооружением за счет выделения оружия военными советами фронтов и армий, трофеев и сбора его на местах прошедших боев, то теперь началось централизованное и планомерное снабжение оружием, боеприпасами, минно-подрывной техникой, вещевым, медицинским имуществом и продовольствием.
Наибольшую трудность при выполнении задач по нарушению работы железнодорожного транспорта противника вызывало отсутствие специальных минно-взрывных средств. В связи с этим ЦШПД возбудил ходатайство перед Государственным Комитетом Обороны о создании специальных мин для партизан. Разработка новых конструкций минно-подрывной техники была поручена Главному военно-инженерному управлению (ГВИУ). Опыт боевых действий показал, что наиболее подходящими для партизан являются противопоездная мина мгновенного и замедленного действия ПМС, магнитная мина системы УФАН, рычажная мина РМ, автотранспортная мина АС, малая магнитная мина МММ, мины замедленного действия МЗД. Минно-взрывное вооружение позволяло партизанам добиваться эффективных результатов, не вступая в открытое непосредственное боевое соприкосновение с противником.