Разрушительная идея программы Столыпина пугала даже либералов — поборников модернизации по западному типу. Е.Н.Трубецкой писал в 1906 г., что Столыпин, «содействуя образованию мелкой частной собственности, вкрапленной в общинные владения… ставит крестьянское хозяйство в совершенно невозможные условия». Он предвидел, что в политическом плане это ведет «к возбуждению одной части крестьянского населения против другой». Он предлагал не поддерживать реформу именно из-за того, что она вызовет «раздор и междуусобье в крестьянской среде».
Об опасном озлоблении крестьян в ходе реформы писали и те, кто был непосредственно связан с переселенческой программой Столыпина. Вот брошюра «Правда о переселенческом деле» (СПб., 1913). Автор ее — статский советник А.И.Комаров, прослуживший 27 лет в Сибири в лесном ведомстве. Он вышел в отставку, потому что не вынес «такого государственного расхищения или, вернее, разгрома сибирских земель и лесов, пред которым бывшее когда-то расхищение башкирских земель — сущие пустяки». Этот чиновник — противник революции, социал-демократов и эсеров. Именно поэтому он и предупреждает в своей брошюре об «обратных переселенцах», которых в 1911 г. возвращалось в европейскую Россию в количестве 60 % от тех, кто переселялся в Сибирь: «Возвращается элемент такого пошиба, которому в будущей революции, если таковая будет, предстоит сыграть страшную роль… Возвращается не тот, что всю жизнь был батраком, возвращается недавний хозяин, тот, кто никогда и помыслить не мог о том, что он и земля могут существовать раздельно, и этот человек, справедливо объятый кровной обидой за то, что его не сумели устроить, а сумели лишь разорить, — этот человек ужасен для всякого государственного строя». Это место процитировал Ленин в речи «К вопросу об аграрной политике современного правительства», которую должен был зачитать в Думе большевик-депутат (ему дали зачитать около половины текста речи).
Положение ухудшалось тем, что программу радикальной модернизации Столыпин начал на волне деградации верховной власти. Эта деградация носила явно регрессивный, антимодернизационный характер — в настроениях высших кругов, при дворе, господствовали суеверия, мистицизм, антиинтеллектуальные течения (Распутин — лишь наиболее одиозное проявление этого).
Регрессивной для России стала политика в области образования (см. А.Е.Иванов. Университетская политика царского правительства накануне революции 1905–1907 годов. — Отечественная история, 1995, № 6). Даже то, что в ней шло с Запада, в силу несоответствия русской культуре приобретало черты архаизации. Николай II был одержим идеей учредить в России типичную школу «двух коридоров», что было одной из причин крайней неприязни к нему со стороны интеллигенции. В своих заметках «Мысли, подлежащие обсуждению в Государственном совете» он пишет: «Средняя школа получит двоякое назначение: меньшая часть сохранит значение приготовительной школы для университетов, большая часть получит значение школ с законченным курсом образования для поступления на службу и на разные отрасли труда». Царь к тому же был одержим идеей уменьшить число студентов и считал, что такая реформа школы сократит прием в университеты.
Николай II требовал сокращения числа «классических» гимназий — как раз той школы, что давала образование «университетского типа». Он видел в этом средство «селекции» школьников, а потом и студентов, по сословному и материальному признакам — как залог политической благонадежности. Министр просвещения Г.Э.Зенгер в 1902 г. с большим трудом отговорил царя от приведения числа гимназий в соответствие с числом студентов в университетах, приведя как довод, что «недовольство достигло бы больших пределов». Царь был противником допуска в университеты выпускников реальных училищ, более демократических по составу, чем гимназии. Когда А.Н.Куропаткин подал предложение принимать «реалистов» на физико-математические факультеты как лучше подготовленных по этим предметам, нежели гимназисты, царь ответил отказом.
Конфликт с интеллигенцией, которая по мере ослабления официальной религиозности народа играла все более важную роль в легитимации (или подрыве легитимности) власти, после 1906 г. стал быстро углубляться. Во время студенческих волнений в конце 1910 г. Столыпин не только не обращал внимания на остатки университетской автономии, но и пытался обязать профессуру сотрудничать с полицией. Таким образом, он нанес тяжелый удар по «кадетскому» университету. Подали в отставку со своих постов ректор и проректор Московского университета, а их вообще уволили с должности профессора. В знак солидарности в отставку подали 130 профессоров и преподавателей, включая К.А.Тимирязева, В.И.Вернадского, П.Н.Лебедева, С.А.Чаплыгина.
Под «колпаком» охранки был едва ли не весь преподавательский состав университетов. В деле «О проф. Московского университета И.М.Сеченове» (1898) сказано: «Из секретных сведений особого отдела Департамента полиции усматривается, что в 1872 г. масса слушателей посещала лекции Сеченова и Боткина, которых вследствие этого Правительство изволило удалить из Медицинской академии, т. е. от того, что они своими лекциями приобрели большую популярность между студентами».
Поразительно, что во время перестройки Столыпин стал кумиром той самой части интеллигенции, которая больше всего говорила о нравственности и ненавидела КГБ. Как они могли согласовать это с таким важным наблюдением С.Ю.Витте: «В своем беспутном управлении Столыпин не придерживался никаких принципов, он развратил Россию, окончательно развратил русскую администрацию, совершенно уничтожил самостоятельность суда… Столыпин развратил прессу, развратил многие слои русского общества, наконец, он развратил и уничтожил всякое достоинство Государственной думы, обратив ее в свой департамент» (В.А.Волков, М.В.Куликова. Российская профессура «под колпаком» у власти. — Вопросы истории естествознания и техники. 1994, № 2).
Создание охранки нового типа, безнравственность которой еще больше подорвала авторитет государства, бумерангом ударило по государству. Именно Столыпин организовал провокацию, которая привела к разгону II Государственной думы 3 июня 1907 г. Охранка, скорее всего, подбросила одному депутату от социал-демократов «наказ» солдатам столичного гарнизона с призывом к вооруженному восстанию, затем устроила обыск и этот «наказ» обнаружила. 1 июня Столыпин потребовал от Думы разрешения на арест депутатов социал-демократов, но Дума даже не успела этот вопрос рассмотреть и отказать или согласиться с требованием, как ее распустили указом царя. Это вошло в историю как «переворот 3 июня».
Охранка пошла на абсолютно недопустимое, особенно в традиционном обществе, предоставление «лицензии на политическое насилие» против оппозиции. Размывание абсолютной монополии на легитимное насилие — начало гибели государства. Один из политических руководителей охранки П.И.Рачковский, по свидетельству многих историков (а главное, по сложившемуся тогда в обществе мнению), санкционировал политические убийства оппозиционных деятелей неформалами уголовного типа, которые рядились в «черносотенцев».
В России была учреждена перлюстрация писем — вскрытие писем на почте и их изучение в департаменте полиции. Страна жила в атмосфере тотального сыска (просматривалась даже почта министров и великих князей). Кадет В.А.Маклаков, выступая в Думе, говорил в 1909 г.: «Правительство в плену у охранников… У него [охранного отделения] политика определенная: раздражать общество, возмущать общество, бороться с обществом, наконец, как венец всего этого, поддерживать атмосферу беззакония и произвола». К февралю 1917 г. только в московском охранном отделении имелась картотека на 300 тысяч политически неблагонадежных.