Постановлением Государственного Комитета Обороны (ГКО) от 17 июля 1941 г. № 187 органы Третьего управления НКО СССР вновь были преобразованы в Особые отделы (отделения — в дивизиях) и подчинены созданному Управлению особых отделов НКВД СССР. Оперативные уполномоченные особых отделов НКВД в полках и дивизиях одновременно подчинялись соответствующим комиссарам.
В этом постановлении также говорилось:
«3. Главной задачей особых отделов на период войны считать решительную борьбу со шпионажем и предательством в частях Красной Армии и ликвидацию дезертирства непосредственно в прифронтовой полосе.
4. Дать особым отделам право ареста дезертиров, а в необходимых случаях и расстрела их на месте.
5. Обязать НКВД дать в распоряжение особых отделов необходимые вооруженные отряды из войск НКВД.
6. Обязать начальников охраны тыла иметь прямую связь с особыми отделами и оказывать им всяческую поддержку.
Председатель Государственного Комитета Обороны И. Сталин».
19 июля начальником Управления особых отделов (УОО) НКВД СССР был назначен В. С. Абакумов [18] , сохранивший при этом занимаемый им с 25 февраля 1941 г. пост заместителя наркома внутренних дел.
Помимо выполнения собственно оперативно-чекистских функций, оперативный состав особых отделов НКВД принимал участие в боевых действиях на фронте, а также в проведении операций по борьбе с парашютными десантами противника, захвату вражеских агентов, дезертиров, участников разного рода бандитско-повстанческих формирований.
Для решения этих задач в соответствии с приказом НКВД от 19 июля 1941 г. при особых отделах дивизий и корпусов были сформированы отдельные стрелковые взводы, при особых отделах армий — отдельные стрелковые роты, при особых отделах фронтов — отдельные стрелковые батальоны.
И в частях Действующей Армии, и в особых отделах военных округов при проведении оперативно-чекистских мероприятий военные чекисты также несли боевые потери. Только с 22 июня 1941 г. по 1 марта 1943 г. особые отделы НКВД СССР потеряли 3725 своих сотрудников убитыми, 3520 — ранеными и 3092 человек пропавшими без вести.
В этой связи НКВД СССР заблаговременно предпринимались меры для восполнения потерь военных чекистов: в особые отделы направлялись сотрудники территориальных органов госбезопасности, выпускники ускоренных курсов школ НКВД, призывались офицеры запаса органов госбезопасности, велся подбор кандидатов на обучение среди добровольцев, массово штурмовавших военкоматы с требованием отправить их на фронт, а также среди воинов, проявивших мужество и героизм в боях, в период их нахождения на излечении в госпиталях после полученных ранений…
С 22 июня войска Закавказского военного округа (23 августа 1941 г. он был преобразован в Закавказский фронт), заместителем начальника Третьего отдела которого продолжал службу П. И. Ивашутин, выполняли задачи по противодесантной обороне Черноморского побережья и прикрытия государственной границы СССР от Черного до Каспийского моря.
С началом Великой Отечественной войны обстановка на территории Закавказского военного округа значительно обострилась. В некоторых районах появлялись бандгруппы, стремившиеся установить связь как с активистами бывших политический партий (меньшевиков, дашнаков, мусаватистов и т. д.), так и с эмигрантскими организациями в Турции, Иране, Германии, Болгарии. Последние повсеместно использовались германской разведкой в качестве агентурного резерва, а также для попыток инспирации «повстанческого движения» в тылах советских войск.
На территориях, сопредельных округу северокавказских республик — Кабардино-Балкарии, Чечено-Ингушетии и других, — начали действовать вооруженные банды, терроризировавшие местное население и органы власти, значительный интерес к которым проявляла военная разведка вермахта, а также Турции. Появились и отдельные дезертиры из частей РККА. Некоторая часть мужского населения республик, уклоняясь от призывов в армию, уходила в горы, создавая новые бандгруппы, борьба с которыми возлагалась на органы НКВД и военную контрразведку.
В связи с тем, что многие стратегические объекты на территории округа были приняты под охрану войсками, Петр Иванович с коллегами из территориальных органов госбезопасности («территориалами») налаживал меры оперативной защиты охраняемых объектов от диверсантов противника и бандгрупп, систему получения оперативной информации и разрабатывал план оперативно-чекистского и войскового реагирования на выявленные угрозы (выброску групп десанта противника, преследования и осуществления поиска нападавших на объекты и т. д.).
При этом Петр Иванович большое внимание уделял обучению нового пополнения особых отделов, подготовку его к выполнению служебных обязанностей в специфических условиях военного времени, в чем ему помогал полученный опыт ведения чекистской работы в боевых условиях.
Деятельность Ивашутина в Действующей Армии — с сентября 1941 г. он назначен заместителем начальника Особого отдела Крымского фронта, а после его ликвидации — замначальника особого отдела Черноморской группы войск Закавказского (с сентября 1942 по февраль 1943 г.), затем — Северо-Кавказского фронта — протекала в одном, знакомом ему по предыдущей службе географическом регионе.
При отбытии в штаб фронта Петр Иванович оставил семью — жену, двойняшек и своих престарелых родителей в Тбилиси, а позже получил лишь известие, что семья его отправлена в эвакуацию, но адрес ее конечного пункта назначения так и не дошел до него. Неизвестность, мысли о семье добавляли немало тревог Ивашутину в краткие часы отдыха, когда позволяла обстановка.
Особым отделам фронтов обычно подчинялись, в зависимости от их состава, 5–10 особых отделов армий и 30–40 особотделов частей и соединений (корпусов и дивизий), в каждом полку, штрафных ротах и батальонах имелись оперуполномоченные особых отделов. Эта категория военных контрразведчиков в боевых условиях находилась непосредственно на передовой, нередко вынуждено принимая командование на себя при гибели иных командиров или офицеров, в связи с чем потери личного состава в ней были особенно велики.
После провала плана «молниеносной войны» (август — сентябрь), а затем первого поражения в ходе контрнаступления РККА в декабре 1941 г. под Москвой германские спецслужбы были вынуждены пересмотреть стратегию действий на «восточном» (советско-германском) фронте. В этой связи большее внимание стало обращаться на разведывательно-подрывную деятельность в тыловых областях и районах СССР.
Разработанная Главным управлением имперской безопасности (РСХА) в марте 1942 г. операция «Цеппелин» являлась свидетельством признания как окончательного провала стратегии «блицкрига», так и явно недостаточной эффективности разведывательно-подрывных операций абвера, отсутствия у него реальных возможностей по ее расширению. Для реализации операции «Цеппелин» в VI (разведывательном) управлении РСХА был создан специальный отдел для осуществления с помощью 4 фронтовых «зондеркоманд «Цеппелин» с новыми разведшколами для подготовки высококвалифицированных агентов, организации массовой заброски в советский тыл агентуры с разведывательными, диверсионными, пропагандистскими и организационно-повстанческими заданиями для инспирирования вооруженных антисоветских выступлений. При этом зондеркоманды «Цеппелина» должны были также взаимодействовать с фронтовыми абверкомандами и абвергруппами.