Албукерки снарядил девятнадцать кораблей и собрал около тысячи двухсот солдат, причем среди них было только шестьсот португальцев. В июне 1511 года флотилия остановилась у Малакки. Султан тотчас же прислал к Албукерки своего сановника, который сообщил, что министр, виновный в задержании португальцев, казнен и пленники скоро будут отпущены. Однако время шло, а пленники не возвращались. Тогда Албукерки еще раз потребовал немедленного освобождения португальцев, но султан не торопился сдержать свое слово, рассчитывая на то, что скоро задует встречный муссон и Албукерки, пока еще есть попутный ветер, волей-неволей поспешит сняться с якоря. Если же португальцы почему-либо задержатся в Малакке, то флотилия вице-короля достанется ему, султану Махмуду, так как Албукерки не в состоянии будет содержать на кораблях в течение нескольких месяцев такой большой отряд. Хорошо понимая трудность своего положения, Албукерки нашел иной выход: он решил как можно скорее произвести нападение на Малакку, несмотря на то, что в гарнизоне насчитывалось двадцать тысяч бойцов.
25 июня 1511 года Албукерки начал штурм города. После длительной бомбардировки с кораблей и кровавых уличных боев Малакка была взята. Но эта победа досталась португальцам недешево. Узкие улицы были залиты кровью не только защитников города, но и нападающих. Сам Албукерки едва не сложил здесь голову. Когда он был уже окружен малайцами, на выручку ему подоспели один из офицеров и несколько солдат. Султан Махмуд бежал со своими приверженцами в горы.
Захватив Малакку, Албукерки отдал приказ разграбить малайские кварталы, но кварталы, заселенные яванцами, сиамцами, китайцами и индийцами, были пощажены, так как иностранные купцы еще до падения города направили к Албукерки своих эмиссаров.
Вице-король собрал в Малакке громадную добычу для казны, не считая тех богатств, которые были награблены португальскими солдатами. Лично для себя Албукерки удержал только шесть бронзовых львов, которые должны были после смерти вице-короля украсить его гробницу в память об этой исторической победе.
После взятия Малакки Албукерки приказал построить на берегу крепость. Чтобы показать, что хозяином этой страны теперь является португальский король, он изъял из обращения малайские деньги и велел начеканить новую монету с изображением Мануэла I.
Не теряя времени, Албукерки завязал торговые отношения с Явой, Сиамом и Бирмой и отправил небольшую флотилию на поиски Молуккских островов. Португальцы исследовали весь Зондский архипелаг, Суматру, Яву, Целебес; затем, находясь недалеко от берегов Австралии, поднялись к северу и достигли островов Буру и Амбоина, входящих в группу Молуккских островов. Нагрузив свои суда гвоздикой, мускатным орехом, сандаловым деревом и жемчугом, португальцы в 1512 году вернулись в Малакку.
Таким образом, взятие Малакки повлекло за собой открытие теперь уже настоящей страны пряностей. Португальцы поспешили основать там фактории и вступить во владение этими новыми землями.
Отныне перед португальскими кораблями были открыты ворота, которые вели из Индийских морей в Океанию и в восточную Азию. Множество дотоле неизвестных народов вошли в соприкосновение с европейцами. Чужеземные нравы, полумифологические предания многих племен развернулись теперь перед изумленным Западом. С открытием португальцами Индии и Малаккского полуострова наступила новая эра, которая всем своим громадным значением обязана предприимчивости и отваге небольшого народа, чье государство едва заметно на карте мира.
В отличие от других португальских завоевателей, Албукерки был разумным политиком. Он дал возможность Малакке в кратчайший срок оправиться от разгрома. На рейде снова появились многочисленные торговые суда. Новые властители города набивали свои склады пряностями, слоновой костью, фарфором, шелковыми тканями, и о недавних трагических событиях напоминали только португальские флаги, развевавшиеся над цитаделью и факторией.
Между тем слух о завоевании Малакки распространился по всему Малабарскому побережью и достиг Ормуза. Жестокость Албукерки и удача, сопутствовавшая всем его предприятиям, внушили такой страх ормузскому шаху, что, не дожидаясь нового разгрома, он сам послал вице-королю часть дани, наложенной на Ормуз еще в 1506 году. Не придавая никакого значения этим лицемерным изъявлениям дружеских чувств, Албукерки все-таки принял послов ормузского шаха, решив при первой же возможности заняться окончательным покорением этого города.
Такая возможность представилась только в 1513 году. Задумав осуществить грандиозный план захвата Адена, Мекки, Медины и покорения Египта, Албукерки направил свою эскадру в Красное море. Однако штурм Адена не удался, и вице-король на обратном пути снова остановился у Ормуза. Прежде всего Албукерки занял и укрепил форт, построенный им в 1506 году, и ввел туда сильный гарнизон. Шах Ормуза беспрекословно подчинился всем требованиям Албукерки, и теперь португальцы полностью завладели этим важнейшим в стратегическом отношении городом.
К тому времени поступили благоприятные известия и с Мала- барского берега. Непримиримый враг португальцев каликутский саморин умер, отравленный своим братом. Новый саморин тотчас же заключил с португальцами мирный договор, позволив им построить в Каликуте крепость и факторию.
Таким образом, Португалия овладела на Востоке важнейшими опорными пунктами на всем огромном пространстве Индийского океана, от Ормуза до Малакки, и превратила Гоа в столицу своей колониальной империи.
Последние дни Албукерки были омрачены королевской опалой. Многочисленные доносы, которые посылали недруги вице-короля из Индии в Лиссабон, поколебали в конце концов у короля Мануэла доверие к Албукерки. Арестованные и высланные в 1514 году из Индии за неповиновение вице-королю Лопу Суариш ди Албиргария и Диогу Мендиш не только вышли сухими из воды, но и сумели убедить Мануэла, что Албукерки стремится основать в Индии независимое государство со столицей в Гоа. Особенно подозрительной показалась королю просьба Албукерки присвоить ему в награду за заслуги звание герцога Гоа. Воспользовавшись тем, что срок полномочий Албукерки давно уже истек, Мануэл назначил вице-королем Индии Лопу Суариша ди Албиргарию, постоянно интриговавшего против своего могущественного соперника.
Известие о назначении нового вице-короля было получено Албукерки в то время, когда он выходил из Ормузского пролива. Глубоко пораженный такой несправедливостью, основатель португальского господства в Индии продиктовал свое последнее письмо королю:
«Государь, я пишу вашему величеству не собственной рукой, потому что она очень дрожит, а это предвещает смерть… Что касается индийских дел… все улажено… Итак, я сделал то, что вы мне поручили… Я советую вам… если вы хотите прочно владеть Индией, по-прежнему действуйте так, чтобы она могла сама себя поддерживать».
Будучи уже смертельно больным, Албукерки направился из Ормуза в Гоа, где и умер 15 декабря 1515 года, не успев даже сойти с корабля.
После смерти Албукерки в Индии началась полоса неслыханных злоупотреблений и мошенничества. Начиная от очередного вице-короля и кончая простым солдатом, португальцы соперничали друг с другом в грабежах и хищениях. Нет такой жестокости, которою не запятнали бы себя португальцы в Индии.