Понимая особенности обстановки, М. И. Потапов все свое внимание и энергию сосредоточил на управлении войсками, действующими на черниговском направлении. С 1 по 6 сентября бои в полосе 5-й армии характеризовались упорным стремлением выбить 260-ю пехотную дивизию противника в районе Вибли. Но все попытки ликвидировать плацдарм окончились неудачей: «В течение 6 дней русские тщетно пытались отбросить нашу дивизию снова за Десну. Наши неутомимые саперы смогли за 48 часов восстановить мост на Десне, так что снабжение боеприпасами и продовольствием вновь открылось. Истребители, „Штуки“ и САУ „Штурмгешюц“ так насели на русских, что они отошли в юго-западном направлении» [61] .
Тем временем в 20 километрах восточнее Вибли, в районе Салтыковой Девицы, был образован еще один плацдарм. На левый берег реки началась переправа четырех немецких пехотных дивизий XXXXIII армейского корпуса, нацелившихся в глубокий тыл 5-й армии с северо-востока. Но самое страшное произошло на левом фланге армии, на стыке с окуниновской группой А. А. Власова. 6 сентября началось стремительное продвижение 98-й пехотной дивизии немцев с Окуниновского плацдарма в лесистой местности в междуречье Днепра и Десны. Дивизия была разбита на две боевые группы. Первую составляли 290-й пехотный полк с III дивизионом 198-го артиллерийского полка. Целью этой боевой группы были переправы через Десну. В ходе наступления боевая группа оттеснила 228-ю стрелковую дивизию на рубеж Днепра. Однако переправу у Максима (30 километров на северо-восток от Окуниново) советской дивизии удалось удержать. Вторая боевая группа состояла из 289-го пехотного полка и II дивизиона 198-го артиллерийского полка. Двигаясь на север, 6 сентября эта группа заняла Сапонову Гуту, тесня слабые подразделения 215-й стрелковой дивизии. Одновременно 262-я пехотная дивизия прорвалась с Окуниновского плацдарма прямо на восток и переправилась через Десну в районе Моровск. Это окончательно разорвало и без того слабый стык 5-й и 37-й армий.
Командарму 5-й было разрешено отвести свои центральные 200-ю, 193-ю и 195-ю стрелковые дивизии на восток, «не далее рубежа Довжик, Мнево». Отход этот состоялся в ночь на 7 сентября. С востока к правому флангу армии подходила 135-я стрелковая дивизия, предназначенная для контрудара у Вибли. Однако эти планы были сломаны. Развернувшись 6 сентября в районе Куликовка, эта дивизия в упорных боях пыталась сдержать переправившиеся у Салтыкова Девица авангарды трех немецких 131-й, 293-й и 112-й пехотных дивизий. Понеся большие потери, 135-я дивизия вынуждена была отходить на юг. Угроза окружения 5-й армии, доселе теоретическая, стала понемногу приобретать реальные черты. Соединения 31-го стрелкового корпуса оказались на западном берегу не переходимой вброд реки Десна, большинство переправ через которую уже находилось в руках немецких войск. Единственной устойчиво работающей переправой был мост, наведенный на южной окраине Чернигова и находившийся в руках 9-го механизированного корпуса. Для парирования кризиса М. И. Потапов вывел в резерв 195-ю стрелковую дивизию с целью нанесения контрудара по 98-й пехотной дивизии.
7 сентября 200-я, 193-я и 195-я стрелковые дивизии отошли на рубеж Довжик — Мнево. Немецкая 17-я пехотная дивизия захватывает Чернигов. М. И. Потапов по приказу командующего фронтом предпринимает еще две попытки активными контрударами отбросить наседающего на флангах противника. 135-й стрелковой дивизии, усиленной полком и воздушно-десантной бригадой, дается приказ «восстановить положение на правом фланге 5 А с выходом на р. Десна». На левом фланге 5-й армии аналогичную задачу получает 195-я стрелковая дивизия для контрудара «в направлении Сорокошичи». Вечером 7 сентября штаб Юго-Западного фронта направляет С. М. Буденному и Б. М. Шапошникову донесение, в котором запрашивает разрешение на отвод 5-й армии за Десну. 8 сентября эта просьба была удовлетворена, и в ночь на 9 сентября войска 5-й армии успевают частью сил отойти за реку. За их спиной смыкаются клещи 282-го полка 98-й пехотной дивизии и 95-го полка 17-й пехотной дивизии 2-й армии в районе Ковпыты. Одновременно 228-я стрелковая дивизия была выбита с переправы у Максима.
За Десну отошла вся корпусная артиллерия и штаб армии. Остальные части были прижаты к заболоченной пойме Десны. Лучше всего их состояние показывают оперативные сводки Юго-Западного фронта. Утром 10 числа: «62-я и 45-я стрелковые дивизии, с боями пробиваясь к р. Десна, потеряв всю материальную часть и обозы, что требует проверки, переправляются мелкими группами через р. Десна вплавь в районе Шестовицы [в 10 километрах к юго-востоку от Чернигова]. 215-я, 195-я, 193-я стрелковые дивизии вели бой в районе Смолино — Козероги, пробиваясь к переправам. К 3.00 10.9 части указанных дивизий еще не переправились» [62] . Реальную помощь прижатым к Десне дивизиям смогли оказать только корабли Пинской флотилии. Черниговский отряд флотилии в составе монитора «Смоленск», трех катеров и взвода морской пехоты днем 10 сентября прорвался в Шестовицы. Огнем кораблей немцы были оттеснены от правого берега, что позволило частям окруженных дивизий выйти к переправе. Ответным огнем был поражен в боевую рубку сторожевой катер № 9. Корабль сгорел. Вечером 10 сентября положение дивизий во фронтовой оперсводке описывалось так: «45-я и 62-я стрелковые дивизии продолжают отдельными группами при помощи подручных переправочных средств и вплавь переправляться на вост. берег р. Десна. Матчасть артиллерии и трактора подорваны и уничтожены. […] 193-я, 195-я и 215-я дивизии под командой генерал-майора Несмелова продолжают вести бой в окружении в районе Слабино — Козероги, пробиваясь к переправе на р. Десна» [63] . 11 сентября корабли Пинской флотилии были отправлены на выручку 215-й, 195-й и 193-й стрелковых дивизий с приказом после отхода войск с Десны взорвать корабли. Прикрывая отход 193-й и 195-й стрелковых дивизий, корабли группы вели непрерывный огонь по частям противника на правом берегу Десны. Основной ударной силой был монитор «Смоленск».
В результате боев с окруженными частями 31-го стрелкового корпуса 98-й пехотной дивизией были захвачены в плен 4600 человек, трофеями дивизии стали 58 орудий, 27 противотанковых пушек, 1 зенитная пушка, 147 станковых пулеметов, 34 полевые кухни, трактора, автомашины различных типов. Во всяком случае, такие данные приводятся в официальной истории соединения [64] .
В лучшем, но все равно не блестящем положении оказались 9-й механизированный корпус, 1-й воздушно-десантный корпус, 1-я противотанковая бригада и 135-я стрелковая дивизия. Эти соединения насчитывали на 10 сентября всего около 1000 активных штыков. Им пришлось с севера прикрывать переправу отходивших войск, сражаясь против наступающих с севера дивизий XXXXIII корпуса.