Тем временем Л-15 продолжала свой поход в одиночку и прибыла в Сан-Франциско 16 октября 1942 года. Вот что можно прочесть об этом все в том же отчете ее командира: «До подхода к стенке военно-морской базы Сан-Франциско в Валеджо в 10 часов на ПЛ прибыл капитан 3-го ранга Запорошенко и старший лейтенант Гусев, которым я сказал о гибели ПЛ Л-16. С 10 часов до 13 часов к борту ПЛ подходило много катеров от адмирала, командующего западным побережьем Америки — все офицеры интересовались, где находится ПЛ Л-16. они говорили, что американский эсминец 00 250 “Гашгепз” и самолеты ее ищут и не могут обнаружить. В 18 часов на борт прибыл генеральный консул СССР в Сан-Франциско товарищ Я.М. Ломакин, которому я доложил о гибели ПЛ Л-16, дал информацию для передачи НКВМФ СССР Народному комиссару ВМФ Союза ССР адмиралу Н.Г. Кузнецову, раньше я Наркому донести не мог, хотя делал попытку днем и ночью вызвать Петропавловск-на-Камчатке, Владивосток, Датч-Харбор и Сан-Франциско, для связи ответа от их радиостанций не получил. После доклада товарищу Ломакину, последний сообщил о гибели Л-16 товарищу Литвинову (М.М. Литвинов — посол СССР в США в 1941–1943 годах. — В.Ш.) и сообщил об этом же американскому морскому командованию… На переходе Датч-Харбор — Сан-Франциско наши радисты слушали радиостанции Владивостока и Петропавловска-на-Камчатке. Их радиограммы и радиосигналы были нашими радистами приняты полностью. Материальная часть связи работала отлично. Наши радисты работали на передачу: давали радиограмму Петропавловску-на-Камчатке, но квитанция на нее не была получена. Наша радиограмма Петропавловском-на-Камчатке не принята ввиду того, что радиостанция на нашей ПЛ (в состав связного оборудования подводной лодки Л-15 входили радиопередатчики “Окунь”, “Щука” и радиоприемопередатчик (радиофон) “Рейд”) маломощная. Для связи были сделаны вызовы радиостанции Сан-Франциско. Наши сигналы были ей приняты, как по нашем приходе было выяснено, но американцы на них не отвечали, причина чего нам неизвестна. Замечаний по связи не было. Слышимость наших радиостанций Владивостока и Петропавловска-на-Камчатке была хорошая…. В порту Сан-Франциско мы по плану должны были стоять пять дней, простояли девять дней с 16 по 25 октября 1942 года — по причине гибели ПЛ Л-16. Наша ПЛ была готова выйти в море на пятые сутки, то есть 20 октября 1942 года».
Вопрос о том, чья именно подводная лодка потопила Л-16, стал предметом длительной дискуссии военных и историков, продолжавшейся в течение нескольких десятилетий и после окончания Второй мировой войны. «Анализ сообщений морского министерства США в годы войны, мемуарной литературы японских подводников в послевоенный период, а также ряд других обстоятельств дает основание полагать, что Л-16, скорее всего, была “ошибочно” торпедирована американской подводной лодкой», — говорится на этот счет в официальном военно-историческом очерке А.Г. Макарова и А.И. Демьянчука о Тихоокеанском флоте «30 лет на боевом посту», вышедшем в свет во Владивостоке в 1962 году. «Конечно, Л-16 могла погибнуть и от торпеды японской или даже немецкой (!) подводной лодки, но все же очень много фактов свидетельствует против американских подводников», — спустя два года, в 1964, сообщал своим читателям автор монографии «Атакуют подводники» кандидат исторических наук В.И. Дмитриев. Подобной же точки зрения в годы холодной войны между СССР и США придерживались и другие советские авторы. Основанием для таких утверждений было мнение одного из непосредственных свидетелей трагедии, командира Л-15 В.И. Комаров, который в своем многократно цитировавшемся выше отчете писал по этому поводу следующее: «Я предполагаю, что Л-16 была утоплена американской так ПЛ, как я ясно видел перископы, одинаковые с перископами американских ПЛ. В период нахождения Л-15 в Датч-Харборе ее командиром и офицерами были осмотрены 2 американские подводные лодки… Предполагаю, что ПЛ Л-16 была атакована американской ПЛ, ибо перископы были такие же, как на американских ПЛ, которые я хорошо видел в Датч-Харборе». В дальнейшем тексте отчета В.И. Комарова мы встречаем еще одно подтверждение его версии гибели Л-16: «25.11.1942 года… Перед отходом на ПЛ в штабе мне офицер связи от командира ВМБ Гуантанамо… говоривший хорошо по-русски, но он говорил, что он — болгарин… сказал, “что ПЛ Л-16 была потоплена американской ПЛ”, так как не было договоренности между штабом военно-морских баз Датч-Харбор и Сан-Франциско».
Историк Игорь Боечин «цитирует» фрагменты донесения В.И. Комарова следующим образом: «…Силуэт подводной лодки, которая всплыла (!!!) и открыла по нам огонь (!!!) после потопления Л-16, был похож на рубку, виденную в Датч-Харборе…. В Гуантанамо один из американских офицеров сказал мне, что американская лодка потопила Л-16 по ошибке, не зная о ее проходе». И хотя в годы «холодной войны» «американская» версия гибели Л-16 получила широкое распространение, однако поддерживавшие и «творчески развивавшие» ее официальные советские авторы не смогли привести никаких серьезных доказательств, что Л-16 была потоплена именно S-31. В качестве таковых приводилось, например, наблюдение, что Л-16 была потоплена подводной лодкой, которая вышла на атаку «со стороны американского материка»! Писать такое мог только человек, абсолютно ничего не смыслящий в военно-морском деле и страшно далекий от него.
Спустя 20 лет после трагедии В.И. Комаров сообщал своим читателям примерно то же, что и сразу после гибели «ленинца»: «Я предполагал и докладывал товарищу Ломакину, что Л-16 была потоплена одной из подводных лодок США типа “S”, базирующихся на Датч-Харборе. Стоя там, мне пришлось побывать на одной из них. За сутки до нашего выхода, 4 октября, американская S-31 вышла в море в неизвестном направлении… Перископы с толстыми верхними головками, по которым (нами) был открыт артиллерийский огонь, очень походили на виденные мной в Датч-Харборе». «Командование военно-морской базы Сан-Франциско и многие офицеры проявляли интерес к обстоятельствам гибели нашей лодки. Некоторые из них недвусмысленно намекали на то, что потопить Л-16 могла по ошибке и их лодка», — писал впоследствии по этому поводу в своих воспоминаниях Г.И. Щедрин, но, чувствуя шаткость всех «доказательств» «американской» версии гибели Л-16, он тем не менее сделал «безупречный логичный вывод»: «Кем бы ни была потоплена советская подводная лодка Л-16 — японцами ли, с которыми мы тогда не воевали, или нашими союзниками — американцами, — в обоих случаях совершена величайшая подлость». Позволим здесь лишь напомнить, что в описываемое нами время шла Вторая мировая война, и гибель Л-16, какой бы тяжелой для всех нас ни являлась, была гибелью боевого корабля воюющей стороны на театре военных действий…
Вместе с тем, уже в том же 1942 году были получены подтверждения того, что Л-16 стала жертвой японских подводников. Так, 30 декабря 1942 года президент США Франклин Д. Рузвельт направил председателю Совета Министров СССР И.В. Сталину телеграмму, в котором говорилось следующее: «Я обратил внимание на радиосообщение из Токио о том, что 12 октября в Тихом океане японская подводная лодка потопила подводную лодку союзной нации. Вероятно, это сообщение касается Вашей подводной лодки Л-16, потопленной противником 11 октября в то время, когда она находилась на пути в Соединенные Штаты с Аляски, и я посылаю Вам выражение сожаления по поводу потери Вашего корабля и его доблестной команды и выражаю мою высокую оценку вклада, который вносит в дело союзников также Ваш доблестный Военно-Морской Флот в дополнение к героическим победам Вашей армии».