1-я бригада торпедных катеров капитана 2-го ранга B. C. Черокова к началу войны состояла из двух дивизионов и насчитывала 20 катеров. Из них один отряд — 6 катеров проходил боевую подготовку в Рижском заливе, базируясь на Усть-Двинск. На Ханко оставались 14 катеров. Бригада имела свою береговую базу и вспомогательные плавсредства: быстроходный катер ЯМБ (яхта моторная — скорость хода 24 узла), три малых катера ТК-12, ТК-13 и ТК-14 со скоростью 7–9 узлов.
На Ханко базировался 8-й дивизион 2-й бригады подводных лодок — 9 лодок типа М (М-90, М-94, М-95, М-96, М-97, М-98, М-99, М-102 и М-103). Командовал дивизионом капитан 3-го ранга Е. Г. Юнаков. У дивизиона имелась береговая база. К началу войны в базе находились только четыре лодки: М-95, М-96, М-98, М-103; одна находилась в дозоре, остальные ремонтировались в Таллине.
Охрана водного района (ОВР) базы под командованием капитана 2-го ранга М. Д. Полегаева имела в своем составе всего три катера «малых охотника» МО — 311, 312, 313, буксир OP-1 и малые катера охраны рейда ОР-2 — ОР-10. Учитывая шхерные условия в расположении базы, имеющихся в составе ОВРа кораблей было мало для защиты всей акватории.
Командование базы еще в мирное время в своих докладах командованию КБФ неоднократно отмечало необходимость иметь в составе ОВРа базы сторожевые корабли, тральщики, бронекатера.
Кроме катеров, в состав ОВРа входили боновая и сетевая партии. Однако, несмотря на наличие личного состава, бонов и сетей в базе не было. В базе хранилось 400 малых германских (периода Первой мировой войны) мин, однако специальных кораблей как для постановки мин, так и для их траления не было. Всех этих средств для обороны базы с моря было явно недостаточно.
Планировалось поступление в состав базы дивизиона сторожевых кораблей типа «Вихрь» (4 единицы) и дивизиона тральщиков. В Ханко периодически заходили тральщики, сторожевые корабли и эсминцы. Однако, несмотря на стратегически выгодное расположение базы, ни эсминцы, ни тральщики на постоянное базирование, как первоначально предусматривалось приказами Наркома ВМФ, так и не прибыли.
Охрану сухопутной границы Ханко осуществлял 8-й пограничный отряд НКВД Прибалтийского пограничного округа майора А. Д. Губина. Отряд располагался вблизи пограничной железнодорожной станции Лаппохья.
В Ханко базировался и морпогранотряд Прибалтийского пограничного округа НКВД, имевший четыре катера типа МО — ПК-236, 237, 238, 239.
На полуострове дислоцировался 13-й истребительный авиационный полк 61-й истребительной авиабригады ВВС КБФ под командованием Героя Советского Союза полковника И. Г. Романенко (начальник штаба майор П. Л. Ройтберг), насчитывающий 60 самолетов (30 И-153 и 30 И-16). В июне 1941 г. на полуострове оставались штаб полка и находилась только одна 4-я эскадрилья капитана Л. Г. Белоусова — 10 «чаек» (И-153) и один И-16, остальные три эскадрильи под Ленинградом получали новые машины.
Сухопутный аэродром был расположен в районе деревни Тякктом. Запасных посадочных площадок на территории полуострова не было. На аэродроме находилась и 11-я отдельная авиационно-ремонтная мастерская.
Кроме того, базу, согласно плана обороны и прикрытия полуострова Ханко, утвержденного командующим Ленинградского военного округа генерал-лейтенантом М. М. Поповым, должна была поддерживать авиация 4-й смешанной авиадивизии, самолеты которой должны были вылететь по вызову командования базы.
На Ханко размещалась 81 отдельная авиационная эскадрилья (ОАЭ) гидросамолетов МБР-2. Командовал ею капитан В. Н. Каштанкин, начальник штаба старший лейтенант Н. Ф. Юргелевич. К началу войны она насчитывала 9 МБР-2. Эскадрилья дислоцировалась на морской аэродром в районе острова Кутерн. Запасных оборудованных аэродромов для морских самолетов на Ханко не было. Для буксировки гидросамолетов эскадрилья имела катера: ВВС-52, ВВС-53 и ВВС-55.
Гидрорайон базы имел гидрографические суда (ГИСУ) «Волна», «Веха», промерные катера и манипуляторную службу.
Находившиеся на полуострове 51, 145, 93 и 94-й строительные батальоны, 124-й инженерный батальон, 21-й дорожно-восстановительный батальон и 101-я строительная рота были подчиненные центральным управлениям в Москве, а 296-я отдельная строительная рота и 219-й саперный батальон — Ленинградскому военному округу (ЛВО). Большинство строительных частей в мирное время подчинялись особому строительному отделу — ОСО-3.
В Ханко имелись управление коменданта города (комендант старший лейтенант Орлов) с подчиненной 158-й отдельной местной стрелковой ротой, управление военной железной дороги с подчиненным ему 8-м железнодорожным батальоном.
Тыл базы возглавлял капитан 2-го ранга Н. С. Куприянов. Порт Ханко (командир интендант 1-го ранга А. В. Колесников) обеспечивал базирующиеся корабли углем, нефтью, продовольствием, водой и пр. Для угля был построен склад вместимостью 2000 т, для нефти — цистерны на 2000 т. Запас продовольствия был рассчитан на 4–6 месяцев, запас пресной воды составлял 200 т. Порт имел пять буксиров (ПХ-1, ПХ-2, ПХ-3, ПХ-4 и И-17), два мотобота (№ 42 и 46), баржи (№ 12, 14, 18, 37 и Р-55), плавкраны. Уже после начала войны в Ханко прибыли транспорты «Вахур», «Вохи» и «Хильде» для обеспечения деятельности базы.
Медико-санитарную службу базы возглавлял военврач 2-го ранга М. Г. Ройтман. На Ханко имелись два госпиталя. Военно-морской госпиталь — начальник военврач 2-го ранга Ю. В. Лукин. В расположении 8-й ОСБ находился полевой госпиталь. При базе существовал дом отдыха «Гангутец».
Кроме того, в Ханко имелись такие организации как управление помощника командира базы по гражданской части, управление милиции, военторг, рыболовецкая артель, ремстройконтора и другие мелкие строительные организации. В городе действовали почта, ЗАГС, сберегательная касса, работали школа, магазины, аптеки, кинотеатр, библиотека.
На Ханко находилась редакция базовой газеты «Боевая вахта». 8-я ОСБ имела свою газету «Защитник Родины».
Общая численность гарнизона ВМБ Ханко определялась в 25 300 бойцов и командиров различных родов оружия и войск. Вместе с гражданским населением на полуострове находилось около 30 000 человек.
В ходе войны гарнизон пополнился одной пулеметной ротой, 46-м строительным батальоном в составе 1100 бойцов, 300 запасниками, 500 эстонцами, призванными по мобилизации, и 530 бойцами, эвакуированными с острова Хиума.
Однако в обороне островов Ханко была одна, но довольно существенная проблема: граница по островам проходила таким образом, что на одном острове располагались советские войска, а на другом, через 10–15 м, — финские. Зимой, когда узкие проливы между островами покрывались льдом, обойти нашу полосу обороны для противника не составило бы особого труда: целесообразности в обороне каждого острова не было, а зимой, когда почти три четверти суток темно, финны могли легко пересечь залив вдали от этих островов и нанести удар там, где их совсем не ждали.
ВМБ Ханко больше, чем любая другая, находилась в отрыве от остальных баз флота. Все виды довольствия, в том числе и артиллерийское снабжение, шли железной дорогой из Выборга через всю южную Финляндию и морским путем из Ленинграда и Таллина. В случае войны с Финляндией доставка грузов сушей, естественно, прекращалась, морем — становилась затрудненной, а сам порт Ханко, где хранились основные запасы и осуществлялась разгрузка кораблей, мог оказаться под огнем противника.