Незадолго до войны, в марте 1941 г. командиром ВМБ был назначен генерал-майор (с сентября генерал-лейтенант) береговой службы Сергей Иванович Кабанов. На Ханко он прибыл 13 мая.
В целом к началу войны части ВМБ к выполнению стоящих перед ними боевых задач были подготовлены, штабы как органы боевого управления сколочены, взаимодействие частей в различных вариантах обстановки отработано.
К июню 1941 г. военно-морская база Ханко (командир генерал-майор С. И. Кабанов, военный комиссар дивизионный комиссар А. Л. Раскин, начальник штаба капитан 1-го ранга П. Г. Максимов) имела в своем составе:
Сектор береговой обороны в составе: комендант сектора майор С. С. Кобец, начальник штаба подполковник Н. С. Кузьмин. СБО ВМБ Ханко состоял из одной 305-мм и одной 180-мм железнодорожной батарей, 29-го артдивизиона, имевшего две 130-мм и четыре 45-мм батареи и 30-го артдивизиона, имевшего одну 130-мм, одну 100-мм и три 45-мм батареи.
Железнодорожная батарея № 9 (командир капитан Л. M. Тудер, с августа — Н. З. Волновский) имела три транспортера с 305-мм пушками. Дальность их огня была достаточна для взаимодействия со строящимися батареями на острове Осмуссар и мысе Тахкуна.
Железнодорожная батарея № 17 (командир старший лейтенант П. М. Жилин) имела четыре транспортера с 180-мм пушками с дальностью огня еще большей, чем у 305-мм орудий, и более высокой скорострельностью.
Прибыв на Ханко, железнодорожные батареи превратились по существу в стационарные. Если батарея № 17 имела две огневые позиции и теоретически могла менять свое расположение, то батарея № 9, установленная на бетонные основания, не могла маневрировать. К тому же огромные транспортеры высотой около 5 м было трудно маскировать.
Береговая оборона базы обеспечивалась 29-м и 30-м отдельными артиллерийскими дивизионами.
В 29-й артдивизион (командир капитан Б. М. Гранин, начальник штаба старший лейтенант В. И. Копнин) входили пять батарей. На острове Руссаре огневую позицию занимала батарея 179 (4 130-мм орудия), командир старший лейтенант И. С. Ничипорук. На мысе Уддскатан располагалась 178-я батарея (3 130-мм орудия), старший лейтенант В. А. Брагин. Оставшиеся три батареи (165, 166, 167-я) каждое из четырех 45-мм орудий предназначалось для борьбы с катерами противника. Две располагались на полуострове и одна — на острове Граншер в полутора милях к югу от Ханко — командир лейтенант М. Е. Шпилев.
30-й артдивизион (командир капитан С. Ф. Кудряшов, начальник штаба старший лейтенант С. И. Заботин) в составе 168, 169, 170, 174, 180-й батарей занимал важнейшую позицию на северо-востоке полуострова. Из пяти батарей только 180-я (капитан Колин) на острове Хесте-Бюссе, имела 130-мм орудия, и 174-я на острове Лонгшер — столько же 100-мм (старший лейтенант Н. Д. Руденко); остальные три располагали четырьмя 45-мм орудиями каждая. Расстановка батарей 30-го дивизиона ясно выражала стремление защитить от противника бухту Тверминне (Лапвик).
Состав Сектора береговой обороны ВМБ Ханко на 22 июня 1941 г.
| Номер батарей | Калибр орудий, мм | Количество орудий | Характеристика | Место расположения батарей |
| 9 | 305 | 3 | железнодорожная | 4 км к востоку от г. Ханко |
| 17 | 180 | 4 | —'— | 5 км к северо-востоку от г. Ханко |
| 29-й отдельный артдивизион | ||||
| 178 | 130 | 3 | стационарная | Южная часть п-ва Ханко, м. Уддскатан |
| 179 | 130 | 3 | —'— | о. Руссаре |
| 165 | 45 | 4 | —'— | Северо-западнее г. Ханко, м. Крокудд |
| 166 | 45 | 4 | —'— | о. Граншер |
| 167 | 45 | 4 | —'— | м. Рюссхольм, городской парк |
| 30-й отдельный артдивизион | ||||
| 180 | 130 | 3 | Стационарная | о. Хесте-Бюссе |
| 174 | 100 | 3 | —'— | о. Лонгшер |
| 168 | 45 | 4 | —'— | м. Лангес |
| 169 | 45 | 4 | —'— | о. Бреншер |
| 170 | 45 | 4 | —'— | о. Куэн |