Отец Котовского получал 50 рублей жалованья в месяц. У него был собственный дом с виноградником, садом и огородом. Но в 1889 году семью постигло несчастье. Родив пятого ребенка — дочь Марию, скончалась от послеродовой горячки Акулина Романовна. Иван Николаевич тяжело переживал смерть любимой жены.
Отец нередко брал Гришу на завод. Мальчику там нравилось. Гриша любил бывать в машинном отделении, слушать гул машин.
Как и большинство мальчишек, Гриша часто лазил по крышам и чердакам. Когда ему было семь лет, он однажды сорвался с крыши. Его принесли домой без чувств. После этого случая Гриша стал заикаться. Уже в зрелом возрасте он преодолел заикание, но оно возвращалось, когда Григорий Иванович сильно волновался.
Гриша любил музыку и сам на трубе подбирал любимые мелодии.
В Ганчештах Григорий окончил народное двухклассное училище, где не отличался ни образцовой успеваемостью, ни примерным поведением. Будучи с детства очень сильным, он нередко поколачивал сверстников.
В 1895 году отец Григория Котовского умер от туберкулеза легких. Пятеро детей стали сиротами. Но о них позаботился крестный Котовского князь Григорий Мирзоян Манук-бей. Он был внуком известного армянского дипломата Манук-бея Мирзояна, в доме которого в Бухаресте 11 июля 1812 года был подписан Бухарестский мир между Россией и Турцией, отдававший Бессарабию во владение Российской империи. Тогда еще, заметим, Манук-бей состоял не на русской, а на турецкой службе, будучи великим драгоманом Порты (представителем всего православного населения Оттоманской империи перед султаном) и министром финансов. За успехи в сфере государственных финансов Манук Мирзоян в 1808 году получил от султана титулы бея и молдавского князя. Он был одним из богатейших людей империи и построил себе в Бухаресте великолепный дворец, в котором и происходило подписание Бухарестского мира. Но сразу после этого был не без оснований обвинен султаном в том, что за крупную взятку способствовал заключению мира на выгодных для России условиях. Доказательством справедливости турецких подозрений является послание Александра I Манук-бею: «Господин Манук-бей! Многократные доказательства вашей преданности России и большие усердия в службе в интересах империи нашей, о чем не замедлили главнокомандующие моей армией на берегах Дуная обратить наше особое к вам внимание. В воздании ваших заслуг и в знак моей благосклонности к вам всемилостивейше жалую вас кавалером ордена Святого Владимира третьей степени, коего знак сего к вам доставляя». Неудивительно, что Манук-бей предпочел остаться в Бессарабии, бросив роскошный дворец в Бухаресте, и перейти в российское подданство.
За заслуги в подписании Бухарестского мирного договора Мануку Мирзояну был пожалован чин действительного статского советника и камергера, дающий потомственное российское дворянство, а также княжеский титул, примерно эквивалентный его турецкому титулу бея. Император Александр I также даровал Манук-бею обширный лесной массив в Кодрах. Там князь построил замок во французском стиле с зимним садом, сторожевыми башнями и парком и начал производить вина и коньяки по французским технологиям, по качеству не уступавшие французским образцам. Вот на этом винокуренном заводе князей Манук-беев и работал механиком отец Котовского Иван Николаевич. Вопреки позднейшим утверждениям Григория Ивановича о своем бедняцком происхождении, Котовские жили небедно, пользовались покровительством Манук-бея. Напомним, что последний год жизни Иван Николаевич не мог работать из-за прогрессирующей чахотки, а князь не только платил ему полное жалованье, но и тратил немалые деньги на дорогостоящее лечение.
Григорий Мирзоян Манук-бей был одним из богатейших землевладельцев Бессарабии. Ему принадлежало более пяти тысяч десятин плодороднейших земель. В имении был огромный тенистый парк, фруктовые сады, виноградники — все, чем издавна славится бессарабская земля.
Чуть в стороне от Ганчешт, на пригорке, окруженном дубовой рощей, высился белый дворец Манук-бея. На территории поместья находились также маленький охотничий замок, белая столовая и помещения для слуг. На третьем этаже дворца располагались солярий и фонтан с золотыми рыбками и экзотическими растениями. В доме крестного Григорий Котовский в детстве бывал часто.
Казалось бы, по законам жанра, здесь должна была бы родиться романтическая легенда о том, что Григорий Котовский на самом деле был не крестником, а внебрачным сыном бездетного Манук-бея. Обычно в романах и пьесах о легендарных разбойниках именно так и происходит. Но после революции подобные версии были непопулярны, так как приветствовалось только рабоче-крестьянское происхождение. Кстати, с крестным у Котовского совпадало не только имя, но и отчество. Отцом покровителя будущего «последнего гайдука» был сын Манук-бея Мурад, в России крестившийся в Ивана.
Был ли род Котовских когда-то дворянским, мы, наверное, не узнаем никогда. После того как обширные территории Речи Посполитой в результате трех разделов оказались в составе Российской империи, новые власти озаботились большой долей польского дворянства (шляхетства) среди населения. В отдельных уездах Северо-Западной Белоруссии и Литвы шляхта, то есть неподатное сословие, составляла до 15–20 процентов всего населения. На Украине доля шляхты была меньше, но многие шляхтичи по своему реальному положению почти не отличались от крестьян. Они не имели крепостных и сами обрабатывали свои небольшие земельные наделы.
Российское правительство стремилось уменьшить численность шляхты, преследуя при этом в первую очередь политические, а не фискальные цели (дворянство было неподатным сословием). Подтверждения шляхетства требовали в первую очередь у католиков, полагая, что польские дворяне настроены враждебно к империи. Если шляхтич не мог подтвердить шляхетство (а далеко не у всех сохранились дипломы о пожаловании), то его переводили в мещанина или в крестьянина-однодворца и вынуждали платить налоги. Если же шляхтич переходил в православие, проблемы с подтверждением шляхетства обычно не возникало, даже если у таких дворян не было крепостных. Правда, нередко новообращенным в православие полякам предоставляли землю или должность за пределами западных губерний. Отец же Котовского был православным, поэтому маловероятно, что он или его предки принадлежали к раскассированной шляхте. Скорее всего, он действительно был выходцем из мещанского сословия. Хотя, конечно, и раскассированный в мещане бывший шляхтич-католик позднее мог перейти в православие.
Стоит отметить, что в «Списке дворян, внесенных в дворянскую родословную книгу Подольской губернии на 1897 год», в шестой части, куда вносили дворян, пожалованных дворянством за службу, есть Котовские, но они вряд ли имеют отношение к отцу Григория Ивановича. Это — Иван, сын Андрея и внук Иосифа Войцехова, внесенный в книгу указом от 19 декабря 1844 года, и Феликс и Антон Викентий, сыновья Ивана Андреева, внесенные в книгу указом от 21 марта 1849 года. Были Котовские-дворяне и в других губерниях, например, Киевской, но сам Котовский утверждал, что его предки были дворянами именно Подольской губернии.
Как прошло детство нашего героя? Котовский вспоминал, что «был слабым мальчиком, нервным и впечатлительным. Страдая детскими страхами, часто ночью, сорвавшись с постели, бежал к матери (Акулине Романовне), бледный и перепуганный, и ложился с ней. Пяти лет упал с крыши и с тех пор стал заикой. В ранних годах потерял мать…» После падения с крыши Котовский страдал не только заиканием, но и эпилепсией.