Другой отряд под командованием полковника Н. А. Веревкина, имевший в своем составе 1637 человек, 10 пушек, 7 мортир и 2 ракетных станка, выступил в поход 22 мая из форта Перовского. Преодолев за девятнадцать дней нелегкий путь по пустыне, он 10 июня подошел к Туркестану и обложил город. Но создать плотное кольцо блокады не удалось, и 12 июня Мурза-Давлет с 330 лучшими воинами внезапным стремительным ударом вырвался из крепости и ушел в Ташкент. Правда, в этот же день оставшиеся защитники Туркестана капитулировали.
19 сентября 1864 года оба отряда соединились под Чимкентом, и через три дня эта крепость капитулировала. Русские захватили 8 тысяч пленных, 23 пушки, 8 мортир, множество стрелкового и холодного оружия, 4 знамени и 11 бунчуков.
После потери Чимкента остатки кокандских войск отошли к Ташкенту. Попытка Черняева взять эту крепость штурмом с ходу успеха не имела. Потеряв 18 человек убитыми и 60 ранеными, русский отряд вынужден был вернуться в Туркестан.
Кокандский хан, воспользовавшись временным успехом, собрал около 10 тысяч воинов, в конце ноября 1864 года начал поход на Туркестан по левому берегу реки Сырдарьи. В 20 верстах от города 4 декабря кокандцы наткнулись на сотню казаков. Приняв бой, казаки оказались в полном окружении. Соорудив укрепления из мешков и трупов лошадей, они перешли к круговой обороне. Бой продолжался несколько дней. В полдень 6 декабря четыре десятка казаков, большинство из которых были ранеными, в пешем строю со штыками наперевес пошли на прорыв. Вырваться удалось немногим. За три дня боев сотня потеряла убитыми офицера и 52 казака. Поход кокандцев на Туркестан был сорван.
В конце апреля 1865 года Черняев организовал экспедицию на Ташкент. В его распоряжении было около двух тысяч человек при 12 орудиях. Ташкент был окружен мощной крепостной стеной, а его гарнизон насчитывал 15 тысяч человек при 63 орудиях.
Внимательно изучив стены и подступы к ним, Черняев решил нанести внезапный удар со стороны Кокандских ворот. Штурм начался в два часа ночи 15 июня. Русские незаметно подошли к стенам, взобрались на них по штурмовым лестницам и внезапно набросились на спящего врага. Бой продолжался почти двое суток, и к исходу 17 июня Ташкент пал. За взятие Ташкента генерал М. Г. Черняев, единственный за все годы войны в Средней Азии, был награжден Золотой саблей, украшенной бриллиантами и надписью «За штурм Ташкента».
Правда, из-за интриг двора вскоре после этого генерал Черняев был отозван из Средней Азии и отправлен в отставку. Обиженный, он в знак протеста выдержал экзамен на нотариуса в одну из петербургских контор, и в течение полугода он исправно ходил на службу с орденом Святого Георгия 3-й степени на шее. Александр II, узнав об этом, распорядился немедленно вернуть его на военную службу в прежнем чине, но в Среднюю Азию больше не посылать. Так печально закончилась боевая деятельность одного из самых активных военачальников русской армии во время ее действий в Средней Азии.
А между тем война в Средней Азии продолжала набирать силу, вовлекая в свой круговорот все большее число противников России. Весной 1866 года бухарский эмир, решив овладеть Ташкентом, двинул туда 43-тысячное войско. Русские вышли навстречу врагу, имея всего 3 тысячи человек личного состава и 20 орудий. Встреча произошла 8 мая при селении Ирджар, и противник артиллерийским огнем был рассеян. После этого русские войска 24 мая заняли Ходжент, 20 июля взяли приступом Ура-Тюбе, а 18 октября внезапным штурмом овладели крепостью Джизак. Потеряв последнюю, бухарцы отступили к Самарканду и начали переговоры о мире, которые продолжались весь 1867 год. За это время русское правительство осуществило административное переустройство новых земель. 14 июля высочайшим указом был образован Туркестанский военный округ, командующим которым был назначен генерал-лейтенант К. П. Кауфман. Это был боевой генерал, который более двадцати лет прослужил на Кавказе и за боевые отличия был награжден многими орденами, в том числе орденом Святого Георгия 4-й степени.
В конце апреля 1868 года, по приказу Кауфмана отряд из четырех тысяч человек при 10 орудиях начал наступление на Самарканд. Бухарский эмир противопоставил ему 60-тысячное войско. Но русские в очередной раз артиллерийским огнем обратили азиатов в бегство. Значительная часть бухарцев устремилась к Самарканду, но население города захлопнуло перед ними ворота. А спустя несколько часов они гостеприимно распахнули их перед русскими, которые без боя овладели одной из сильнейших крепостей края.
Оставив в Самарканде небольшой гарнизон, Кауфман с главными силами устремился на юг. 18 мая он разгромил бухарцев при Ката-Кургане, а 2 июня в ожесточенном сражении на Зарабулакских высотах окончательно добил армию бухарского эмира. В последнем сражении русские войска впервые массово применили новые игольчатые винтовки системы Карле против противника, действовавшего плотными массами. В результате этого азиаты из 35 тысяч человек, участвовавших в сражении, потеряли 10 тысяч убитыми и ранеными. Потери русского отряда составили всего 63 человека. Эмир, потрясенный серией военных неудач, запросил пощады. Он признал над собой протекторат России и уступил ей Самарканд и все прилегавшие к нему обширные земли.
Порадоваться этой победе Кауфману не довелось. В день зарабулакской победы пришло известие, что в тылу русских войск восстал Самарканд, в который тайком вошли отряды горцев-шахрисябцев. Пятидесятитысячный отряд повстанцев атаковал самаркандскую цитадель, в которой укрылось 700 русских во главе с майором Штемпелем. Неравный бой продолжался шесть дней, а на седьмой горсточка храбрецов была деблокирована подоспевшими на помощь русскими частями. Среди защитников самаркандской цитадели был и известный русский художник-баталист Василий Васильевич Верещагин, награжденный в числе трех наиболее отличившихся героев орденом Святого Георгия 4-й степени. Узнав о приближении свежих сил, шахрисябцы, бросив самаркандцев, скрылись в горах.
Когда в начале 1869 года представитель Генерального штаба штаб-ротмистр М. Д. Скобелев прибыл в Ташкент, его лично принял генерал К. П. Кауфман и дал первые напутствия в отношении службы в Средней Азии. Затем, по существовавшей в то время традиции, он пригласил столичного гостя на ужин, на котором присутствовали все высшие офицеры Ташкентского гарнизона, а также несколько гражданских чиновников. Именно тогда Михаил Дмитриевич впервые познакомился с В. В. Верещагиным, завязав с ним дружбу на долгие годы.
Вначале Скобелев состоял при штабе округа. Он выполнял отдельные поручения командующего, изучал местные способы ведения боя. Иногда во главе небольшого отряда казаков он выезжал в разведку и несколько раз даже участвовал в стычках с мелкими отрядами противника.
И тут произошел случай, который заставил Скобелева уехать из Туркестана. Об этом оставил воспоминания В. В. Верещагин в своей книге «Михаил Дмитриевич Скобелев. Воспоминания о Русско-турецкой войне 1877–1878 гг.».
Он писал: «Скобелев был годом моложе меня. Он перешел на службу в Туркестан в бытность мою там, но в каком именно месяце, не помню. Много слышав о его известном деде, я ничего не знал ни о его отце, ни о нем самом, пока не стряслась над ним история, наделавшая в свое время немало шума в кругу офицеров Туркестанского края. Как теперь помню первое знакомство с ним в это время, в 1870 году (ошибка, это произошло в 1869 году. – Авт.), в единственном ресторане города Ташкента: некто Жирарде, очень милый француз, учивший детей тогдашнего генерал-губернатора Кауфмана, подвел ко мне юного, стройного гусарского штаб-ротмистра.