Войны вспыхивали еще несколько раз (в 1414, 1419, 1422 и 1431–1435 годах). В итоге орден, по условиям Мельненского мира 1422 года, окончательно и без каких бы то ни было условий вернул Литве Жемайтию. Мирный договор, заключенный в Брест-Куявском (1435), помимо прочего, содержал оговорку, освобождавшую подданных ордена от обязанности повиноваться ему, если орден начнет новую войну.
Война против Тевтонского ордена сопровождалась пропагандистскими и политическими акциями. Орденские рыцари, пользуясь своей популярностью и авторитетом, обвиняли польского правителя в том, что он является «ложным христианином». Польская дипломатия старалась противодействовать подобным обвинениям, а также стремилась воспрепятствовать заключению опасных для Польши союзов. В 1412 году в Любовле состоялась встреча Ягайло и Витовта с Сигизмундом Люксембургским, на которой между ними были восстановлены мирные отношения. Польская сторона отказалась в пользу Сигизмунда от причитавшихся ей выплат со стороны ордена, в обмен на что получила в заклад спишские города, остававшиеся под польской властью до XVIII столетия.
Большое значение имел перенос спора Польши и Литвы с орденом на заседания церковного собора в Констанце (1414–1418). Доводы Тевтонского ордена на соборе представил доминиканец Иоганн Фалькенберг Польскую точку зрения изложили профессора Краковской академии, среди которых был Павел Влодковиц, автор трактата «О власти императора и папы над неверными». В нем он осудил войну как средство обращения в истинную веру, что было напрямую направлено против ордена. Тем не менее папские легаты, выступавшие посредниками при заключении перемирия, приняли в 1419 году решение в пользу ордена. Поддержка, оказанная ордену папой, привела к союзу польской Церкви со сторонниками так называемого конциляризма, выступавшими за главенство Вселенских соборов над папами.
В споре с Тевтонским орденом аргументы морального и идеологического порядка соседствовали с политическими. Обращение язычников силой и военным путем вполне соответствовало тогдашнему пониманию права и морали. Поляки сами нападали на язычников-ятвягов и истребляли их. Мнение Павла Влодковица о праве любого народа, даже языческого, жить на своей земле разделялось далеко не всеми. Гораздо более весомым доводом являлся успех мирной христианизации Литвы.
После ряда поражений в государстве Тевтонского ордена началась внутренняя борьба между поборниками сохранения мира и сторонниками новой войны. Великий магистр Пауль фон Руссдорф, стремясь заручиться поддержкой сословий для проведения мирной политики, согласился на съезд представителей рыцарства и городов. На этом собрании сословия создали в 1440 году Прусский союз. Он стал преемником традиций тайного пропольского Ящеричного союза (1397), однако в отличие от последнего был легальным. Основную роль в союзе играли Торунь и Хелмно, а также рыцарство Хелминской земли. На своих новых съездах члены союза потребовали пресечения злоупотреблений орденских комтуров, наказания виновных в насилии, создания трибунала для разрешения споров между орденом и его подданными и ослабления налогового бремени.
Власти ордена не были в состоянии провести столь радикальные и сомнительные реформы, а недостаток средств вынуждал их ужесточать политику по отношению к непокорным подданным. После многолетней борьбы прусские сословия так и не дождались выполнения своих требований, напротив — основные усилия великих магистров были направлены на внутренний раскол Прусского союза и его последующую ликвидацию. Орден обратился с жалобой на Прусский союз в папский суд, а после отсрочки вынесения приговора дело перешло в суд императора. Прусский союз представил там документ, в котором перечислялись некие «злоупотребления» и нарушения орденом «законности», и сослался на так называемое «право подданных на неповиновение». Эти доводы не были приняты во внимание, и в декабре 1453 года императорский приговор предписал ликвидировать союз и предать смертной казни его вождей.
Руководители Прусского союза, входившие в его тайный совет, ожидали такого решения и готовили восстание против ордена. Они вели переговоры с польским королем Казимиром Ягеллончиком и епископом Краковским Збигневом Олесницким. В Краков несколько раз прибывали посольства союза, а в Торунь постоянно наведывались польские посланцы.
Желание прусских сословий присоединить Пруссию к Польше было вызвано не только недовольством налоговой политикой ордена. Еще большее значение имел вопрос о государственном устройстве. Орденское государство отличалось высокой степенью централизации, а члены ордена не были намерены допускать представителей сословий к участию в управлении. Прусские сословия ратовали за присоединение к польскому государству, обладавшему более привлекательным для них внутренним устройством. За этим стремлением не скрывалось никаких национальных мотивов. Правда, немалая часть рыцарства Хелминской земли и Гданьского Поморья была польского происхождения, но в его среде было много немцев и даже онемеченных пруссов. Что же касается населения крупных городов, то оно в подавляющем своем большинстве было немецким.
В феврале 1454 года тайный совет Прусского союза отказал ордену в повиновении. В Пруссии начался бунт. Большую часть замков захватили члены союза. В Краков отправилось посольство бунтовщиков, принятое Казимиром Ягеллончиком. Польский король воспользовался ситуацией и издал акт об инкорпорации Поморья и Пруссии в Польское королевство и гарантировал прусским сословиям многочисленные привилегии. В результате вспыхнула так называемая Тринадцатилетняя вой на (1454–1466). Ее начало оказалось неудачным для Польши, так как не отличавшийся высокой дисциплиной сброд из всеобщего ополчения Великой Польши был разгромлен под Коницем отрядами ордена (1454). Тогда же гарнизон Мариенбурга отразил нападение войск Прусского союза. Ордену удалось вернуть часть потерянных замков и городов. Продолжение Польшей и Прусским союзом войны стало возможным лишь благодаря созданию поляками наемной армии и усилиям горожан Гданьска, Эльблонга и Торуни по сбору финансовых средств. В 1457 году эти города получили от Казимира Ягеллончика жалованную грамоту, гарантировавшую им ряд новых свобод, и на протяжении всей войны продолжали упорно бороться против ордена. Однако на западной и восточной окраинах орденского государства влияние предателей из Прусского союза было слабее и Тевтонский орден сумел сохранить там свою власть.
Исход войны решило сражение, выигранное новой польской армией под началом Петра Лунина под Свенцином (1462), а также победа гданьского и эльблонгского флотов над флотом Тевтонского ордена в Вислинском заливе (1463). В 1466 году орден потерял Хойницы и лишился возможности получать помощь с Запада. Тогда же был подписан Торуньский мир.
Разумеется, Польша оказалась не в силах добиться аннексии всей территории орденского государства. Полякам удалось отторгнуть у ордена Гданьское Поморье, Мариенбург и Королевскую Пруссию, Хелминскую и Михаловскую земли, а кроме того, территорию Варминского епископства. Оставшаяся часть государства Тевтонского ордена, так называемая Орденская Пруссия, со столицей в Кенигсберге вынуждена была признать вассальную зависимость от Польши. Поляки получили право вступать в орден, а великий магистр как вассал польского короля становился членом королевского совета.