В 1592 году состоялся инквизиционный сейм, на котором были раскрыты замыслы короля передать польскую корону Габсбургам. Сигизмунд был унижен, а его попытки в 1594–1598 годах установить в Швеции свое правление закончились катастрофой. Все эти события способствовали дальнейшей децентрализации власти в стране. Проблема заключалась в том, что перемещение центра тяжести в провинциальные органы сословного представительства (сеймики) усиливало влияние местных интересов на польскую внутреннюю политику и затрудняло создание института, который бы взял на себя реальные функции центрального органа власти, а объединенные вокруг короля и канцлера политические силы вели ожесточенную борьбу исключительно за сохранение собственного влияния. В хаосе соперничества затерялись голоса, высказывавшиеся за необходимость упорядочить принципы проведения сеймов; на задний план отошли также проблемы внешней политики. На рубеже XVI–XVII веков, прежде чем внутреннее противостояние достигло своей кульминации в сандомирском мятеже 1606 года, неожиданно стало ясно, что Речи Посполитой со всех сторон угрожает опасность.
В Ливонии шведы сумели за два года свести на нет все усилия Батория, а основные военные силы Речи Посполитой были в тот момент сосредоточены на Дунае. Когда Замойскому, а потом и Ходкевичу удалось овладеть ситуацией, для завершения кампании не хватило денег. Не помогла и победа Ходкевича над Карлом IX под Кирхгольмом (Саласпилс) 27 сентября 1605 года, когда три с половиной тысячи польских кавалеристов разгромили четырнадцатитысячную шведскую армию. Военные удачи только усыпляли бдительность поляков, давали им ощущение собственного превосходства. Тем временем, несмотря на победу над господарем Валахии Михаем Храбрым под Буковом (Румыния) 20 ноября 1600 года, потерпели крах усилия Замойского, который стремился в 1599–1600 годах подчинить Молдавию, возведя на молдавский трон представителей рода Могилы.
Турция сумела быстро восстановить свою гегемонию в этом регионе, показав, сколь бесплодны все усилия по созданию направленной против нее лиги христианских государств. Противоречия между имперскими, польскими и местными балканскими интересами были гораздо сильнее, чем стремление объединиться перед лицом турецкой угрозы. В самой же Речи Посполитой миф Крестового похода превращался в одну из иллюзий, которая мешала пониманию важнейших проблем. В 1563 году ради мнимых преимуществ в решении ливонского вопроса Польша позволила курфюрсту Бранденбургскому взять в управление герцогство Пруссия.
Следует сказать несколько слов о важнейшем для польской истории религиозном вопросе.
Процессы полонизации на украинско-белорусских землях сопровождались в значительной степени принятием католицизма. Это справедливо в первую очередь по отношению к тем слоям общества, которые стремились перейти в шляхетское сословие. В XVI веке появились протестанты.
Эхо выступлений Лютера и религиозные «новшества» быстро достигли Польши благодаря немецкому населению городов и молодежи, обучавшейся в немецких университетах. Лютеранство получает распространение уже после 1520 года, а в 1522 году издается королевский эдикт, направленный против реформирования костелов. После 1540 года популярность завоевывает кальвинизм, в первую очередь в шляхетской среде. Наиболее широкое распространение кальвинизм получил в Литве, где он пользовался покровительством могущественного рода Радзивиллов. Переходя в протестантизм, шляхта переделывала католические церкви в протестантские, а местное население фактически не могло выбирать вероисповедание. Быстрое распространение Реформации только отчасти было связано с кризисом религиозных убеждений. Гораздо чаще от католицизма отворачивались по причине его глубочайшего упадка. Высшее духовенство вело светский образ жизни, с небрежением относясь к своим церковным обязанностям. Шляхта неодобрительно смотрела на налоговые льготы Католической церкви. Всем вероисповеданиям в начале XVI века был присущ антиклерикализм; многие представители епископата, бывшие в большей степени гуманистами и политиками, чем духовными лицами, способствовали своим образом жизни и взглядами распространению протестантских тенденций. Шляхетская реформация, в свою очередь, была явлением поверхностным, не имела под собой серьезного теологического фундамента. И именно это считается причиной того, почему многие представители шляхты возвращались в лоно католицизма.
Такие протестанты, как Рафал Лещинский, Иероним Оссолинский или Миколай Сеницкий, были в середине XVI века предводителями посольской избы, выступавшей за реформирование Речи Посполитой. Они боролись и за создание независимой от Рима национальной Церкви.
Заключенное в 1570 году в Сандомире соглашение кальвинистов, лютеран и «чешских братьев» носило оборонительный характер и было нацелено против Контрреформации. Без сомнения, самым значительным успехом польских протестантов стал акт Варшавской конфедерации (1573), гарантировавший религиозный мир в Речи Посполитой. Шляхта была заинтересована в том, чтобы религиозные споры не привели к гражданской войне. Однако уже во времена Батория и особенно Сигизмунда III католики пользовались очевидной поддержкой королевской власти, а протестанты дискриминировались.
В конечном итоге протестантизм оказал незначительное влияние на формирование польской религиозности. Процесс становления польского католицизма продолжался довольно долго. Протестантская Реформация и католическая Контрреформация влияли на изменение шляхетского самосознания. Католики и протестанты пользовались одним и тем же языком, боролись за аналогичные права, одинаково использовали свое привилегированное положение. Однако у католицизма, как показало время, способность консолидировать общество оказалась сильнее.
На смену поколению равнодушных к религиозным проблемам епископов на рубеже XVI–XVII веков пришли люди не менее вовлеченные в политику и государственные дела, но уже с иным стилем деятельности. Их предшественником можно считать епископа Вармии кардинала Станислава Гозия. Именно Гозий в 1564 году пригласил в Польшу иезуитов, оказавших значительное влияние на религиозную жизнь и культуру следующего столетия.
Иначе складывались отношения с православием. С усилением процессов полонизации имущие слои православного населения переходили в кальвинизм или католицизм. На присоединении Православной церкви настаивал Рим; эта идея общественных предпосылок не имела. В 1596 году в Бресте был заключен акт унии и возникла Униатская церковь, которая сохраняла греческий обряд, но признавала верховную власть папы. Заключение унии привело к серьезным конфликтам, поводом для которых, среди прочего, стало неисполнение ряда политических условий: униатские епископы, например, не получили обещанных им мест в сенате. В 1635 году под давлением шляхты Православная церковь была восстановлена в своих правах, но к социальным конфликтам на Украине добавились еще и религиозные мотивы. Все это тяжело сказалось на судьбах Польши и Украины.
Для «окончательного решения московского вопроса» внутренние осложнения в России, известные под наименованием Смутного времени, показались для польских авантюристов вполне подходящим моментом. Они считали возможным раз и навсегда покончить с «московской угрозой» путем вовлечения России в орбиту католицизма и прямого подчинения страны.