В декабре 1943 года партизанским соединением Барановичской области под командованием Василия Чернышева по приказу начальника ЦШПД Пантелеймона Пономаренко были разоружены бойцы Столбцовского соединения АК. Этому предшествовал разгром поляками (конкретно — эскадроном 27-го уланского полка АК под командованием подхорунжего Здислава Нуркевича) еврейского партизанского отряда имени Пархоменко (под командованием Семена Зорина). Обвинив «жидов» в грабеже, Нуркевич расстрелял нескольких еврейских партизан.
К слову, еврейский отряд Зорина был организован по приказу чекиста К. Орловского, специализировавшегося на «польских делах» еще с 1920-х годов. После акции подхорунжего 3. Нуркевича из Москвы гневно потребовали «разобраться». Однако руководство АК отказалось выдать на расправу большевикам участников инцидента. В итоге всю Столбцовскую группировку АК (400 партизан) разоружили, 6 арестованных польских офицеров были отправлены самолетом в СССР. Впрочем, самому подхорунжему Нуркевичу удалось скрыться. Он заключил соглашение с немецкими войсками, получил от них оружие и начал вооруженную борьбу с просоветскими партизанами (позднее и с советскими войсками, а также польскими коммунистами). Нуркевич вел свою борьбу в подполье до 1960 года, когда был арестован органами госбезопасности ПНР.
Комендант округа подполковник Януш Шляский, сидевший перед войной в тюрьме НКВД в Белостоке, выдал гестапо 40 человек из местного коммунистического подполья, о чем он поведал позднее в своих изданных в Лондоне воспоминаниях. Шляский свидетельствует, что с 1942 года до прихода РККА в 1944 году он провел 185 боев (из них 102 с немцами, а остальные — против советских партизан). А отряд Адольфа Пильха с октября 1943 по июнь 1944 года не провел ни одного боя против вермахта, зато с советскими партизанами было 32 боестолкновения.
В Виленском округе под командованием подполковника Александра Кжижановского действовали три соединения и особая бригада АК (всего более 9 тысяч человек). Они воевали с немцами и с польскими коллаборационистами — «Местным войсковым соединением» генерала Повиласа Плехавичюса (позднее он был заподозрен немцами в измене и арестован, а корпус расформирован). Там же, на Виленщине осенью 1943 года отрядом Федора Маркова был разоружен отряд АК подхорунжего АК Антони Бужинского. Конфликт вскоре перешел в стадию вооруженной борьбы между отрядом Маркова и сформированной на базе отряда Бужинского 5-й Виленской бригадой поручика Зыгмунта Шендзеляжа. В феврале 1944 года после боя с советскими партизанами польский отряд перебазировался в сторону Вильнюса. Вообще к этому времени советские партизаны в 4 раза превосходили по численности отряды АК.
Этими конфликтами между польским националистическим подпольем и советскими партизанами небезуспешно пытались воспользоваться немцы, предлагавшие аковцам свою помощь. Были проведены переговоры между командованием Виленского округа и немецким командованием. Арестованный немцами в Вильнюсе Шендзеляж после недолгого пребывания в гестапо был ими отпущен. Некоторые командиры АК заключали с немцами соглашение о нейтралитете. Есть данные и о том, что немцы обеспечивали некоторые отряды аковцев и НСЗ оружием.
Действовавшие в Белоруссии аковцы поддерживали контакты и с белорусскими националистами. Горячим сторонником такого союза был белорусский коллаборационист Вацлав Ивановский, который не только вел секретные переговоры с начальником разведки АК в Белоруссии Томашом Заном, но и устроил на службу в минскую городскую управу польских разведчиков Буткевича и Липинскую. Причем одновременно с этим продолжались и столкновения между отрядами АК и белорусскими полицейскими формированиями.
В то же время многие другие части АК нередко действовали совместно с Красной Армией против вермахта. Во время штурма Вильнюса сражался 8-й Ударный кадровый батальон под командованием Болеслава Пясецкого. 30-я пехотная дивизия АК под командованием подполковника Генрика Краевского вместе с 65-й армией генерала Павла Батова воевали под Брестом. Аковцы уничтожили штаб немецкой дивизии, захватили секретные военные планы и передали их советской разведгруппе Макарова. Тогда же в Грабовцах был разоружен советскими частями штаб 34-го пехотного полка 9-й дивизии АК, действовавшей в Белостокском округе. Узнавший об этом Краевский решил прорываться к Варшаве, где в это время шло восстание против немцев, но около Седлеца батальон Мадэйского был разоружен советскими войсками, а 19 июня под Минском-Мазовецким был разоружен отряд Полесского округа АК, офицеры вывезены на пересыльный пункт в Брест, а солдаты под конвоем отправлены в лагеря для интернированных под Люблином.
В октябре—ноябре 1943 года польское эмигрантское правительство в Лондоне и командование АК в своих официальных документах (инструкция правительства и приказ командующего АК) поставили перед АК задачу по взятию под контроль при приближении к их границам Красной Армии территорий, в том числе Западной Украины, Виленского края и Западной Белоруссии, законность перехода которых к СССР они не признавали. Эти действия неминуемо вели к конфликту АК с советской стороной.
В марте 1944 года 27-я Волынская дивизия АК (7,3 тысячи человек) под командованием бывшего командира диверсионных отрядов главного командования АК подполковника Яна Киверского встретилась в районе Ковеля с войсками 2-го Белорусского фронта, командование которого потребовало ее подчинения. Возник конфликт, совпавший с немецким контрнаступлением. 27-я дивизия оказалась в тылу вермахта, была разбита, а ее командир погиб в бою. Новый командир, майор Тадеуш Штумберк-Рыхтер подчинился советскому командованию, и в дальнейшем остатки дивизии вошли в состав Войска Польского, сформированного в СССР.
6—7 июля 1944 года отряды АК Виленского и Новогрудского округов (4 тысячи человек), выполняя план операции «Буря», провели операцию «Острые врата» по освобождению Вильнюса от немцев до прихода советских войск, потеряв 71 человека убитыми и более 500 ранеными. В тот же день начались бои за освобождение Вильнюса частями Красной Армии, в которых вместе с советскими солдатами участвовали и некоторые отряды АК (1 — я бригада Виленского округа под командой поручика Чеслава Громбчевского). После освобождения Вильнюса командование АК провело совещание с представителями эмигрантского правительства, условившись добиваться признания их вооруженных сил с советской стороны как самостоятельного корпуса и ставя своей целью переход Виленского края к Польше.
О планах аковцев знали агенты НКВД, внедрившиеся в АК. В их числе были офицеры штаба АК, сотрудник контрразведки Виленского округа и подполковник Любослав Кшешовский, отдавший 16 июля приказ о роспуске АК на Виленщине под предлогом создания регулярной польской армии. 17 июля в штаб 3-го Белорусского фронта для встречи с командующим генералом И. Черняховским прибыли комендант Виленского округа АК Александр Кшижановский и его начальник штаба майор Теодор Цетыс. Они были арестованы опергруппой во главе с замнаркома НКВД СССР комиссаром госбезопасности 2 ранга И. Серовым. Цетыс пытался выхватить пистолет, но был обезоружен. В тот же день были арестованы вызванные в Вильнюс командиры 6-й бригады АК и командующие Виленским и Новогрудским округами — подполковник Любослав Кшешовский и полковник Адам Шидловский, а в местечке Багуши под Вильно сотрудники СМЕРШа вместе с пограничниками (к этому времени в районе Вильнюса были дислоцированы дивизия, полк, 2 батальона внутренних войск НКВД и 4 погранотряда, всего около 12 тысяч человек) без единого выстрела арестовали 26 офицеров — большинство комсостава Виленского округа АК.