Уцелевшая часть командиров Виленского и Новогрудского округов АК под командованием подполковника Зыгмунта Блюмского (вскоре его сменил подполковник Юлиан Куликовский) решила вступить в вооруженную борьбу с большевиками. Аковцам противостояли 136-й полк внутренних войск НКВД, 97-й погранотряд, различные опергруппы. Сначала была разоружена 3-я бригада, интернированная в Медниках под Ошмянами.
Некоторые части АК в Белоруссии продолжали сопротивление. Действовали в Бресте и Новогрудске подпольные радиостанции «Ванда-19» и «Ванда-20», сотрудники которых были арестованы чекистами (всего в тылу наступавшей Красной Армии действовало 20 радиостанций, из них 6 на советской территории — также в Вильнюсе, Браславе и Львове).
19 августа был разгромлен отряд майора Чеслава Дембского. 21 августа в Сурконтах погибли в бою с опергруппой НКВД сотрудники диверсионной группы АК капитан Францишек Цеплик, майор Мацей Калянкевич, ротмистры Ян Скраховский и Валенты Василевский, а также 32 бойца (с советской стороны погибло 132 человека). Тогда же органами СМЕРШа были арестованы комендант Полесского округа АК Юзефа Сварцевич, ее муж и сын.
В декабре 1944 года в Лидском районе после кровопролитного боя был ликвидирован отряд Чеслава Зайнчковского. 21 января 1945 года под Кавальками разгромлен отряд Яна Борисевича. Бойцы этого отряда неоднократно атаковали населенные пункты с целью ликвидации советских и партийных работников. 9 февраля 1945 года под Кареличами были разгромлены 8-я Ошмянская бригада Витольда Туронка и кавалерийский отряд Владислава Китовского.
В боях с июля 1944 года по июнь 1945 года против АК в Белоруссии (80 вооруженных групп) и Литве (84 польские и литовские группы) действовало 18 полков НКВД (25 тысяч человек), истребительные отряды. Руководили операциями заместители наркома внутренних дел СССР Иван Серов, затем Сергей Круглов (в Литве) и 1-й замнаркома госбезопасности СССР Богдан Кобулов (в БССР). Согласно докладу Берии Сталину в декабре 1944-го органы НКВД (нарком Сергей Бельченко) и НКГБ (нарком Лаврентий Цанава) БССР под общим руководством Кобулова ликвидировали 288 польских и белорусских организаций, арестовали 5069 их участников, ликвидировали 13 немецких резидентур, арестовали 700 немецких агентов, ликвидировали 800 повстанцев, арестовали более 1600 дезертиров и 48 тысяч уклонистов от призыва в РККА.
Доклад Берии в сентябре 1945 года дает общие цифры с июля 1944 года по сентябрь 1945 года по БССР: «…убито 3232 бандитов и дезертиров, арестовано около 15 тысяч бандитов и антисоветчиков, около 82 тысяч дезертиров, добровольно сдались 698 бандитов и более 48 тысяч дезертиров».
Борьба с не меньшим ожесточением продолжалась и дальше, хотя в январе 1945 года польское эмигрантское правительство в Лондоне приказало распустить АК, что и было формально выполнено ее последним командующим генералом Леопольдом Окулицким 19 января.
К слову, еще в июле 1944 года командующий АК Комаровский приказал Окулицкому создать и возглавить новую подпольную офицерскую разведывательную военно-политическую организацию «Неподлеглость». Официальное решение о ее создании польским правительством в изгнании было приято 14 ноября 1944 года. В задачи новой структуры входило: создание подпольных групп для уничтожения политических противников в стране и представителей командования советской армии; подготовка и проведение диверсий; ведение разведки в тылах советской армии; проведение подготовительной работы к вооруженному выступлению против новой власти. Однако развернуть деятельность новой организации сколько-нибудь широко не удалось. Руководящие кадры АК находились в глубоком кризисе. В результате активной чекистской деятельности «Неподлеглость» полностью прекратила свое существование уже в марте 1945 года, когда все активные члены организации были арестованы.
Итак, 19 января 1945 года Армия Крайова была официально распущена. Генерал Окулицкий освободил ее членов от принятой присяги. Тем не менее многие польские националисты не сложили оружия.
По указанию эмигрантского правительства в Лондоне была создана новая организация — «Делегатура Вооруженных Сил» («Делегатура сил збройних», ДСЗ). Ее возглавил бывший руководитель разведки АК полковник Ян Жепецкий, который с 23 марта 1945 года исполнял обязанности первого заместителя Главного коменданта «Неподлеглости». ДСЗ была создана после официального роспуска последней, весной 1945 года. Цели оставались прежними: вооруженное сопротивление новой власти, проведение актов саботажа и диверсий, проведение пропаганды среди населения, агитация в рядах Войска Польского. Просуществовала ДСЗ до 6 августа 1945 года. В тот день был подписан приказ о ее самороспуске.
Отдельные группы аковцев продолжали действовать автономно. В качестве примера можно назвать организацию «Гражданская Армия Крайова» во главе с полковником Владиславом Линярским (бывшим комендантом Белостокского округа АК), который до 1947 года сражался с новой властью. Существовало и «Движение Сопротивления — Армия Крайова», основанное Юзефом Марцинковским. Арестованный 7 октября 1950 года во Влоцлавке, он был расстрелян в Варшаве в апреле 1952 года.
В сентябре 1945 года была создана новая подпольная организация — «Вольность и Неподлеглость» (ВИН). В уставе ВИН говорилось: «Целью объединения является завоевание и воплощение в жизнь в Польше принципов демократии в западноевропейском понимании этого слова». При этом не исключались диверсии и террор, а также сбор и передача иностранным разведкам секретной информации экономического, политического и военного характера.
Руководство новой организации активно использовало основные кадры ДСЗ, ее финансы, технические средства и каналы связи с Лондоном. При этом руководство формально отказалось от вооруженной борьбы. О характере новой организации свидетельствует ее структура, которая предусматривала существование трех отделов: пропаганды (издание газет и листовок, устная агитация), разведки (сбор военной, политической и экономической информации и передача этих сведений в Лондон) и контрразведки (охрана подполья от репрессий со стороны советских карательных органов).
Официальное решение о начале деятельности ВИН было принято 2 октября 1945 года проходящим в тот день в Варшаве съездом бывших региональных руководителей ДСЗ. В период с 1 по 15 ноября 1945 года было арестовано более 50 руководителей ВИН во главе с председателем исполнительного комитета Яном Жепецким. Более того, были ликвидированы почти все каналы связи с Лондоном (изъято 5 радиостанций и арестованы агенты «живой связи»). К тому же местным чекистам удалось захватить почти все финансовые средства организации (до полутора миллиона долларов).
Хотя это не снизило активность боевых подразделений подпольной организации. До декабря 1945 года группа под командованием «Орлика» общей численностью 300 человек в Горволынском уезде Белостокского воеводства уничтожила несколько десятков местных коммунистов, 40 сотрудников органов госбезопасности и милиции, а также 13 военнослужащих Корпуса внутренней безопасности и Войска Польского. Кроме того, они захватили в плен 31 сотрудника службы безопасности, 25 солдат и несколько гражданских лиц. Почти все пленные были ликвидированы.