Кризис был ликвидирован с минимальной потерей престижа СССР. Отношения между СССР и США даже улучшились, что позволило в 1963 году заключить договор о частичном запрещении испытаний ядерного оружия – одно из важнейших соглашений в области ограничения гонки вооружений и охраны окружающей среды.
Роль Микояна в дни карибского кризиса была очень значительна, хотя он действовал чаще всего в тени как посредник между Хрущевым, Кеннеди и Кастро. Во время одного из полетов в Вашингтон у самолета «Боинг» загорелся сначала один, а потом и второй мотор. В салоне началась паника. Микоян был здесь с группой советских экспертов, среди которых находился и один из его сыновей. Микоян призвал к спокойствию. «Будьте мужчинами», – сказал он и продолжал беседовать со своими спутниками на темы, далекие от их вероятной и скорой гибели. К счастью, экипаж сумел справиться с ситуацией и посадить самолет.
Ровно через год после трудных переговоров с президентом Микоян снова вылетел в США во главе советской делегации на похороны Джона Кеннеди, убитого в Далласе из снайперской винтовки.
В 1963 году Л. И. Брежнев был избран вторым секретарем ЦК КПСС. Возник вопрос о переизбрании Председателя Президиума Верховного Совета СССР. В июле 1964 года на этот пост был избран А. И. Микоян. В августе того же года Микоян подписал Указ о реабилитации немцев Поволжья и других лиц немецкой национальности, незаконно осужденных и депортированных в восточные районы СССР еще в 1942 году. Однако Автономная республика немцев Поволжья не была восстановлена, и многие проблемы национальной жизни советских немцев так и не были решены. Хрущев обсуждал с Микояном планы реорганизации Верховного Совета СССР и расширения его функций в системе высших органов власти. Предполагалось, в частности, сделать более длительными и деловыми сессии Верховного Совета. У Хрущева в этот период возникла идея превратить Верховный Совет в некое подобие социалистического парламента, и он считал Микояна подходящей фигурой для руководства этой реформой, которая, однако, не была даже начата.
Всего через три месяца после своего избрания главой государства Микоян подписал Указ об освобождении Хрущева от обязанностей Председателя Совета Министров СССР. Первым секретарем ЦК КПСС стал Л. И. Брежнев, главой Советского правительства – А. Н. Косыгин.
В западной печати появлялись сообщения о том, что Микоян якобы играл видную роль в подготовке смещения Хрущева и что он выехал в начале октября 1964 года на юг вместе с Хрущевым, чтобы отвлечь его и быстро парализовать его возможные ответные действия. Это явные домыслы. Микоян действительно отдыхал в октябре 1964 года недалеко от Хрущева, и их обоих вызвали в Москву на заседание Президиума ЦК. Но все факты свидетельствуют о том, что Микоян был единственным членом Президиума ЦК, кто не участвовал в предварительных переговорах о смещении Хрущева. На расширенном заседании Президиума ЦК КПСС 13 октября только Микоян защищал Хрущева. «Хрущев и его политика мира, – говорил Микоян, – это важный политический капитал партии, которым нельзя пренебрегать». Поздно ночью был сделан перерыв, и Хрущев вернулся домой отдохнуть. Здесь он понял, что сопротивление уже бесполезно, и первый, кому он позвонил, был Микоян. Хрущев сказал ему, что согласен написать заявление об отставке.
Микоян, вероятно, единственный из членов Президиума ЦК, кто в своих устных выступлениях о результатах октябрьского Пленума ЦК КПСС говорил не только о недостатках, но и о заслугах Хрущева. Он говорил, например, на партийном собрании завода «Красный пролетарий» в декабре 1964 года:
«Заслуг Хрущева мы отрицать не можем, они большие – в борьбе за мир, в ликвидации последствий культа личности, в развертывании социалистической демократии, в подготовке и проведении важнейших съездов – XX, XXI, XXII, в принятии Программы партии. Но чем дальше, тем больше у т. Хрущева накапливались ошибки и серьезные недостатки в его работе и руководстве. Эти недостатки были в значительной мере порождены субъективными моментами, влиянием возраста и склеротического состояния. Хрущев стал раздражителен, суетлив, несдержан, неспокоен. Больше трех часов на одном месте он работать не мог, он тянулся к беспрерывному движению, к поездкам. У него была склонность во всех своих мероприятиях к импровизациям, к решению задач с ходу… Раздражительность, нетерпимость к критике – эти черты не нравились даже тем товарищам, которых он выдвинул на руководящую работу. Когда стало плохо в сельском хозяйстве, Хрущев не стал искать глубоких объективных причин, а встал на путь дерганья людей, перемещения их… Хрущев страдал организационным зудом, склонностью к беспрерывным реорганизациям… Считаю, что с Хрущевым поступили по Уставу. Весь состав Президиума остался почти без изменений. В составе Президиума три поколения: старое – это я и Шверник; среднее – это Брежнев, Косыгин, Подгорный; молодое – Шелепин, хотя по возрасту он не так уж молод. Брежневу и Косыгину по 56 лет. Шелепину – 46 лет… Итак, сделано хорошее дело. Сейчас в руководстве ЦК создана нормальная обстановка, все высказываются свободно, а раньше говорил один Хрущев. Сейчас на деле осуществляется ленинское руководство, ЦК имеет большой опыт, изменения пойдут на пользу народу, и скоро он почувствует это на деле» (Микоян ошибся, указав возраст своих коллег. В 1964 году, в декабре, Брежневу исполнилось 58 лет, Косыгину – 60.).
В нашей стране пост Председателя Президиума Верховного Совета СССР до последнего времени не был особенно обременительным. Однако Микоян был не только формальным главой государства. Огромный опыт, знания, гибкий ум, авторитет одного из последних членов ленинской «гвардии» делали его весьма влиятельным в составе нового «коллективного руководства». С ним нельзя было не считаться. Умный и осторожный, он не давал, казалось бы, никакого повода для устранения его от власти. И все же такой повод был найден. Через некоторое время после октябрьского Пленума в ЦК КПСС было принято решение – не оставлять на активной политической и государственной работе членов партии старше 70 лет. В принципе это было разумное решение. В 1964 году большинству членов Президиума и Секретариата ЦК не исполнилось еще 60 лет. 82-летний О. В. Куусинен умер в мае 1964 года. 76-летний Н. М. Шверник занимал пост председателя Контрольной Партийной Комиссии – этот пост тогда не требовал слишком большой «активности».
Из «стариков» под новое решение подпадал только Микоян – в ноябре 1964 года ему исполнилось 69 лет. Через год – в конце ноября 1965 года – Анастас Иванович подал заявление об отставке, ссылаясь на преклонный возраст. Отставка была принята.
Работа Микояна в Президиуме Верховного Совета не была отмечена особо яркими событиями. Упомяну лишь о Якубовиче, бывшем сотруднике Наркомата торговли, который был освобожден после 25-летнего заключения, но не был реабилитирован и остался жить в Караганде, в Тихоновском доме инвалидов. Здоровье Якубовича несколько поправилось, и он стал писать небольшие литературные эссе, пьесы на исторические темы и очерки о тех деятелях большевистской партии, которых он когда-то встречал (о Каменеве, Зиновьеве, Троцком, Сталине). В 1964 году Якубович смог приехать в Москву. Я помог ему тогда перепечатать его записи на пишущей машинке – это было время, когда начинался так называемый «самиздат». По совету друзей Якубович написал письмо Микояну с просьбой помочь в реабилитации. Многие думали, что новый «всесоюзный староста» не обратит внимания на трудности своего бывшего сотрудника. Но Микоян принял Якубовича. Он сразу сказал, что пока не может помочь в пересмотре политических судебных процессов 1930—1931 годов. Ведь еще не были пересмотрены политические процессы 1936—1938 годов. Однако Микоян позвонил первому секретарю ЦК КП Казахстана Д. А. Кунаеву и попросил улучшить условия жизни Якубовича, который, как сказал Микоян, несправедливо пострадал в годы культа. Якубович не просил о переезде в Москву.