Националистические движения на Украине и в Белоруссии в 1989 – 1990 гг. только начали набирать силу, группируясь вокруг «Руха» на Украине и БНФ в Белоруссии. Бесспорным лидером украинских националистов был Вячеслав Черновил, а белорусских – Зенон Позняк. Но у них было мало шансов на выборах 1990 г., хотя В. Черновил и стал председателем Львовского городского Совета. Наибольший отклик, но главным образом на самой Украине, вызвала неожиданная голодовка большой группы студентов на главной площади в Киеве, которая носила тогда имя Октябрьской Революции. 2 октября эту голодовку начали 40 студентов, но через несколько дней к ним присоединилось еще более 100 молодых людей из 25 городов Украины. Организатором этой акции была лишь недавно организованная Украинская студенческая ассоциация, которая выступала против Украинского комсомола и хотела таким образом обратить на себя общее внимание. В поддержку студентов в Киеве начались демонстрации. Первым секретарем ЦК КП Украины был тогда Андрей Гиренко, председателем Верховного Совета Леонид Кравчук. Было решено предоставить одному из студенческих лидеров, Олесю Донию, возможность зачитать с трибуны Верховного Совета требования студентов. Эти требования были весьма радикальными: распустить Верховный Совет Украины и провести новые выборы на многопартийной основе, национализировать имущество КПСС и ВЛКСМ на территории Украины, отправить в отставку правительство В. Масола, не подписывать нового Союзного договора и др. Студенты громко заявляли тогда о том, что Украина «кормит Россию», отдавая большую часть своих доходов на нужды других республик и почти ничего не получая взамен. Это были тогда обычные лозунги для всех националистов, в том числе и для русских. Верховный Совет Украины большинством голосов принял все требования студентов, и они прекратили голодовку. Однако никто не собирался выполнять эти требования. Правда, в отставку ушел вскоре премьер В. Мосол, но для этого было много других причин.
В Белоруссии Зенон Позняк смог получить мандат народного депутата Верховного Совета БССР. Он создал здесь небольшую, но крайне активную и радикальную фракцию. Главным требованием фракции было изменение Конституции республики в том, что касается государственного языка. В большинстве республик Союза в Конституциях, принятых в 1978 г., государственным языком был указан только русский. Это было серьезной ошибкой, которая теперь исправлялась. Однако, так же как и в Прибалтике, государственным языком и в Белоруссии был объявлен один лишь белорусский язык. Это также было ошибкой, которая стала поводом для больших дискуссий и политической борьбы, но уже в 1992 – 1993 гг.
Из республик Средней Азии самая сложная ситуация сложилась в 1989 г. в Узбекистане. Репрессии среди партийных и хозяйственных руководителей республики, прошедшие здесь в рамках так называемого «хлопкового дела», ослабили все структуры власти в Узбекистане. Коррупция в Узбекистане была. Но не больше, чем в других республиках Средней Азии или Закавказья. Не справляясь с непомерно большими заданиями по поставкам хлопка, узбекские власти и на нижних, и на верхних ступенях санкционировали приписки, а деньги, получаемые за хлопок, который существовал только в отчетах, распределяли между собой и получатели, и поставщики. Репрессии были, однако, огульными, а следствие велось с нарушением законных норм. В тюрьмах Узбекистана и Москвы оказалось много добросовестных людей, проступки которых были крайне незначительны. Едва ли не треть руководителей республиканского и областного звена оказалась в заключении или находилась под угрозой ареста. «Хлопковое дело» превратилось вскоре в «узбекское дело», и это крайне травмировало республику и ее элиту. Власть ослабла, и это стимулировало некоторые межнациональные конфликты, которые тлели и раньше, а теперь вспыхнули кое-где очагами пожаров. Еще в годы Великой Отечественной войны при незаконной и безжалостной депортации некоторых народов Кавказа и Поволжья сталинские власти избрали местом их нового поселения Казахстан и Узбекистан. В Узбекистан были отправлены крымские татары и турки-месхетинцы. Крымские татары были реабилитированы еще в 1967 г., и не без огромных трудностей возвращались в Крым на протяжении последующих 30 лет. Турки-месхетинцы также были реабилитированы, но они не могли вернуться на свою родину в Грузию из-за сопротивления грузинских властей. Этот небольшой народ, численностью около 40 тысяч человек, продолжал жить в перенаселенной Фергане. В самом начале июня 1989 г., когда в Москве еще шли заседания Первого съезда народных депутатов СССР, были получены первые телеграммы из Узбекистана о начавшихся там беспорядках и погромах, жертвами которых стали сотни семей. В конфликтные районы Ферганской долины были введены подразделения внутренних войск. Решение было достаточно быстрым: все семьи турок-месхетинцев на транспортных самолетах были вывезены в сельские районы Европейской России, где и были временно размещены со статусом беженцев. Узбекистан не имел в эти недели прочного руководства. Первым секретарем ЦК КП Узбекистана был тогда Рафик Нишанов. Он выдвинулся в высшие эшелоны партийного руководства сравнительно недавно. Еще в мае 1989 г. М. Горбачев предложил Р. Нишанову возглавить Совет Национальностей в новом Верховном Совете СССР, и Рафик Нишанович принял это предложение. Теперь надо было найти для Узбекской ССР нового сильного лидера. Р. Нишанов предложил кандидатуру Ислама Каримова, первого секретаря обкома Кашкадарьинской области, работавшего ранее на самых ответственных постах в Совете Министров Узбекистана, экономиста по образованию и по научной работе. Политбюро ЦК КПСС не сразу утвердило И. Каримова на посту фактического главы республики. Но другой кандидатуры так и не было предложено. С середины июня 1989 г. И. Каримов – первый секретарь ЦК КП Узбекистана. Он действовал быстро, жестко и решительно. Ему удалось быстро погасить назревавшие в разных областях республики национальные конфликты и консолидировать власть. В конце марта 1990 г. Верховный Совет Узбекистана ввел в республике пост президента и избрал на этот пост Ислама Каримова.
В июне 1990 г., через год после конфликта между узбеками и турками-месхетинцами в той же Фергане, но уже на территории Киргизии вспыхнул еще более крупный конфликт – на этот раз между киргизами и узбеками, которых в Ошской области Киргизии проживало около 600 тысяч человек. Споры и здесь возникли по поводу принадлежности земельных участков, расположенных близ киргизско-узбекской границы. В Киргизии в эти недели не было ясной и прочной власти. Волнения и беспорядки охватили здесь не только Ошскую область, но и столицу республики Бишкек, где раздавались призывы идти воевать с узбеками. Решительная и твердая позиция Ислама Каримова позволила погасить этот конфликт с минимальными потерями. Внутренние войска и армейские подразделения перекрыли границу между республиками. В целом в Узбекистане удалось в 1989 – 1990 гг. сохранить межнациональный мир. В Ташкенте положение было сложным. Здесь ухудшалось материальное положение населения и значительно возросла преступность. Но здесь не было беспорядков на национальной почве, которых не избежал Бишкек. Не было сколько-нибудь серьезных межнациональных конфликтов в 1989 – 1990 гг. и в Казахстане, а также в Туркмении и Таджикистане. В Казахстане в 1989 г. первым секретарем ЦК КП Казахстана был избран Нурсултан Назарбаев, который занимал до этого пост председателя Совета Министров республики. В начале 1990 г. Н. Назарбаев занял пост председателя Верховного Совета, а затем и президента Казахской ССР. Еще в 1986 г. Н. Назарбаев был избран членом ЦК КПСС. В 1990 г. он вошел и в Политбюро ЦК КПСС. Нурсултан Назарбаев часто выступал на заседаниях Верховного Совета и Съезда народных депутатов СССР и на заседаниях пленумов ЦК КПСС, и его авторитет во всех московских структурах власти был тогда очень высок.