26 мая сам Люшков получил телеграмму, в которой сообщалось о решении Политбюро «освободить тов. Люшкова Г. С. от работы начальника УНКВД Дальневосточного края, с отзывом для работы в центральном аппарате НКВД СССР». Вскоре последовала и телеграмма от Ежова: «Учтите, что в ближайшее время, в связи с реорганизацией ГУГБ НКВД, предлагаем вас использовать центральном аппарате. Подбираем Вам замену. Сообщите Ваше отношение к этому делу».
Люшков ответил: «Считаю за честь работать Вашим непосредственным большевистским руководством. Благодарю за оказанное доверие. Жду приказаний».
Но вместо немедленного отъезда в Москву Люшков отправился в служебную командировку в Приморскую область. 9 июня он вместе с небольшой группой сотрудников УНКВД выехал в г. Ворошиловск, чтобы проинспектировать 58-й пограничный отряд НКВД. 11 июня он прибыл в поселок Славянка для знакомства с 59-м погранотрядом НКВД. Позднее Люшков признал: он знал, что этот пограничный участок слабо охранялся.
В книге М. Тумшиса и А. Папчинского сказано: «Выбрав место перехода, он заявил своим подчиненным, что прибыл в приграничную зону для встречи с важным закордонным агентом НКВД. Тот должен был выйти на участок советской границы с сопредельной стороны (из Маньчжоу-Го). Встреча проводится по личному распоряжению наркома внутренних дел СССР Н. И. Ежова, советский информатор хорошо владеет русским языком, а потому переводчик при встрече не требуется. К тому же агент является настолько серьезной фигурой, что встреча с ним должна проходить без свидетелей. Люшков собирался передать агенту деньги на оперативные расходы (примерно 4000 маньчжурских гоби). В ночь на 13 июня 1938 года он ушел на встречу… и исчез».
О дальнейшей судьбе Люшкова стало известно лишь после разгрома Квантунской дивизии в 1945 году. После задержания на границе японским патрулем Люшков был допрошен. Вскоре он стал сотрудничать с японской военной разведкой. Американский историк А. Д. Кукс утверждал, что Люшков представил японцам сведения о советской разведывательной резидентуре в Харбине, о расположении семи станций радиоперехвата и штабов армейских корпусов и дивизий, авиационных бригад, укрепрайонов ОКДВА, войск НКВД, баз Тихоокеанского флота. Сообщил японцам Люшков и о численности советских войск на Дальнем Востоке.
Бывший офицер 5-го отдела Генерального штаба Японии Коидзуми Коитиро позже признал: «Сведения, которые сообщил Люшков, были для нас исключительно ценными. В наши руки попала информация о вооруженных силах Советского Союза на Дальнем Востоке, их дислокации, строительстве оборонительных сооружений, о важнейших крепостях». Известно, что вскоре на основе данных, полученных от Люшкова, японские войска предприняли нападение на советскую границу в районе озера Хасан.
В то время как НКВД «обнаруживало» тысячи мнимых шпионов Японии, Германии, Польши и других государств, в руководстве наркомата работал человек, который добровольно стал сотрудничать с японской военной разведкой. Еще не зная о том огромном уроне, который нанес Люшков своим побегом и сотрудничеством с японской военщиной, в Кремле решили, что бегство работника НКВД такого ранга к врагам Советской страны свидетельствовало о крайней ненадежности наркомата и его сотрудников. Впоследствии Ежов говорил, что недоверие Сталина к НКВД возникло после побега Люшкова.
Теперь над руководителями НКВД сгустились тучи, а поэтому они ускорили разработку планов захвата власти. Однако 22 августа 1938 года Берию назначили первым заместителем Ежова. 8 сентября Фриновский был снят с должности первого заместителя наркома внутренних дел СССР. Вскоре он утратил и пост начальника 1-го Управления НКВД.
Наумов писал: «Осенью 1938 года (после ареста Алехина) уничтожить Сталина также легко, как раньше, было уже нельзя… Возможности для контрудара были ограничены: Ежов пил, а Фриновского уже не было в наркомате. Спасти их на этом этапе мог только открытый террористический акт. Конечно, ноябрьские праздники — самый удачный момент для этого».
Позже, на следствии, Ежов дал показания: «Безвыходность положения привела меня к отчаянию, толкавшему меня на любую авантюру, лишь бы предотвратить полный провал нашего заговора и мое разоблачение. Фриновский, Евдокимов, Дагин и я договорились, что 7 ноября 1938 года по окончании парада, во время демонстрации, когда разойдутся войска, путем соответствующего построения колонн создать на Красной площади „пробку“. Воспользовавшись паникой и замешательством в колоннах демонстрантов, мы намеревались разбросать бомбы и убить кого-либо из членов правительства… По договоренности с Дагиным, накануне 7 ноября он должен был проинформировать меня о конкретном плане и непосредственных исполнителях террористических актов. Однако 5 ноября Дагин и другие заговорщики из отдела охраны… были арестованы… Все наши планы рухнули».
Наумов сомневается в том, что Ежов на самом деле разработал какие-то конкретные планы переворота. Однако он не исключает того, что, оказавшись перед угрозой падения, Ежов и Фриновский разговаривали «между собой о том, что можно было бы сделать и что они не сделали». Никаких неординарных событий 7 ноября 1938 года на Красной площади не произошло.
Однако известно, что накануне 7 ноября 1938 года по распоряжению Л. П. Берии помимо И. Я. Дагина были арестованы и другие видные работники 1-го Отдела ГУ ГБ. Они обвинялись в подготовке террористического покушения на руководителей советского правительства. 9 ноября был арестован Е. Г. Евдокимов.
10 ноября начальник Ленинградского управления внутренних дел М. И. Литвин был вызван Берией в Москву. Но 12 ноября он покончил жизнь самоубийством.
14 ноября Ежов позвонил в Киев наркому внутренних дел УССР А. И. Успенскому. Позже утверждалось, будто Ежов сказал ему: «Тебя вызывают в Москву — плохи твои дела. А в общем, ты сам смотри, как тебе ехать и куда именно ехать».
Хрущев вспоминал, что он знал про вызов Успенского. Так как он уезжал в Днепропетровск, он попросил 14 ноября председателя Совета народных комиссаров УССР Д. С. Коротченко: «Ты позванивай Успенскому якобы по делам. Наблюдай за ним, ведь ты останешься за меня». По словам Хрущева, на следующий день, 15 ноября, ему в Днепропетровск позвонил Берия и сказал по телефону: «Вот ты там разъезжаешь, а твой Успенский сбежал». «Как?» — поразился Хрущев. «Вот так, сбежал, и всё», — ответил Берия.
Было известно, что 14 ноября 1938 года Успенский провел весь день на работе. В своей книге «Ежов. История „железного наркома“» Алексей Полянский писал, что в течение дня Успенский «принимал посетителей, допрашивал арестованных, читал оперативные материалы. В шесть вечера вызвал машину и поехал домой ужинать. Около девяти вернулся в наркомат в штатском с небольшим чемоданом в руках. До утра работал над бумагами, а потом покинул здание, но от машины отказался, сказав секретарям, что хочет прогуляться пешком. В этот день на работе он больше не появлялся и утром домой также не приходил. Когда вскрыли его кабинет, на столе нашли записку: „Ухожу из жизни. Труп ищите на берегу реки“.
„Об этом тут же доложили в Москву Ежову. Стали прочесывать берега Днепра и обнаружили в кустах одежду Успенского. Значит, нарком утопился. Пошли с баграми по реке, вызвали водолазов. Бесполезно“.