Обращалось внимание и на другие свидетельства пренебрежения к судебно-следственным правилам: «Следственные дела оформляются неряшливо, вдело помещаются черновые, неизвестно кем исправленные и перечеркнутые карандашные записи показаний, помещаются не подписанные допрошенным и не заверенные следователем протоколы показаний, включаются неподписанные и неутвержденные обвинительные заключения и т. п.».
Вина возлагалась и на органы прокуратуры. Постановление гласило: «Органы прокуратуры со своей стороны не принимают необходимых мер к устранению этих недостатков, сводя, как правило, свое участие в расследовании к простой регистрации и штампованию следственных материалов. Органы прокуратуры не только не устраняют нарушений революционной законности, но фактически узаконяют эти нарушения».
Однако постановление главную вину возлагало на происки врага: «Такого рода безответственным отношением к следственному производству и грубым нарушением установленных законом процессуальных правил нередко умело пользовались пробравшиеся в органы НКВД и прокуратуры — как в центре, так и на местах — враги народа. Они сознательно извращали советские законы, совершали подлоги, фальсифицировали следственные документы, привлекая к уголовной ответственности и подвергая аресту по пустяковым основаниям и даже вовсе без всяких оснований, создавали с провокационной целью „дела“ против невинных людей, а в то же время принимали все меры к тому, чтобы укрыть и спасти от разгрома своих соучастников по преступной антисоветской деятельности. Такого рода факты имели место как в центральном аппарате НКВД, так и на местах».
Если постановление январского пленума ЦК ВКП(б) не содержало ни слова критики в адрес НКВД, но зато находило виновных в партийных органах на местах, то постановление 17 ноября 1938 года утверждало, что была предпринята попытка вывести НКВД из-под контроля партии: «Все эти отмеченные в работе органов НКВД и прокуратуры совершенно нетерпимые недостатки были возможны только потому, что пробравшиеся в органы НКВД и прокуратуры враги народа всячески пытались оторвать работу органов НКВД и прокуратуры от партийных органов, уйти от партийного контроля и руководства и тем самым облегчить себе и своим сообщниками возможность продолжения своей антисоветской, подрывной деятельности».
В первом же пункте заключения СНК СССР и ЦК ВКП(б) постановлял: «запретить органам НКВД и Прокуратуры производство каких-либо массовых операций по арестам и выселению». Так впредь проведение операций, осуществлявшихся с июля 1937 года, было запрещено. Постановление восстанавливало конституционную норму относительно арестов, подчеркивая, что «в соответствии со статьей 127 Конституции СССР аресты производить только по постановлению суда или с санкции прокурора». Одновременно указывалось, что «выселение из погранполосы допускается с разрешения СНК СССР и ЦК ВКП(б) по специальному представлению соответствующего обкома, крайкома или ЦК нацкомпартий, согласованному с НКВД СССР».
Пункт второй постановления гласил: «Ликвидировать судебные тройки, созданные в порядке особых приказов НКВД СССР, а также тройки при областных, краевых и республиканских управлениях РК милиции. Впредь все дела в точном соответствии с действующими законами о подсудности передавать на рассмотрение судов или Особого совещания при НКВД СССР». Так было покончено с практикой, установленной после «инициативной записки» Р. Эйхе.
Последующие пункты постановления требовали строгого соблюдения законов и требований уголовно-процессуальных кодексов в ходе арестов и следствия. При этом подчеркивалось, что «за каждый неправильный арест наряду с работниками НКВД несет ответственность и давший санкцию на арест прокурор».
Постановление завершалось грозным предупреждением о том, что «за малейшее нарушение советских законов и директив партии и правительства каждый работник НКВД и Прокуратуры, невзирая на лица, будут привлекаться к суровой судебной ответственности».
Таким образом, несмотря на позитивную оценку действий НКВД за последние годы, однозначное осуждение методов, на основе которых были признаны виновными арестованные люди, запрещение массовых репрессий и троек ставило под сомнение обоснованность и законность вынесенных приговоров.
19 ноября на заседании Политбюро было обсуждено заявление начальника УНКВД Ивановской области Журавлева, в котором утверждалось, что он «сигнализировал» Ежову о «подозрительном поведении» Литвина, Раздзивиловского и других, которые якобы пытались «замять дела некоторых врагов народа». Журавлев, в частности, писал, что Литвин мешал разоблачению Постышева. Журавлев обвинял Ежова в потворствовании Литвину и другим.
В ходе обсуждения были подняты те вопросы о «недостатках в оперативно-осведомительной работе НКВД», которые были изложены в постановлении от 17 ноября. Политбюро приняло решение считать заявление Журавлева политически правильным. Ежов попросил отправить его в отставку.
23 ноября 1938 года Н. И. Ежов написал заявление, в котором он признал, что он не сумел своевременно проявить «должное большевистское внимание и остроту к сигналам Журавлева». Если бы он должным образом отреагировал на письмо Журавлева, писал Ежов, «Литвин и другие мерзавцы были бы разоблачены давным-давно и не занимали бы ответственных постов в НКВД».
В заявлении Ежов признавал также «нестерпимые недостатки в оперативной работе НКВД», которые были «вскрыты… на заседании Политбюро». Он писал, что «главный рычаг разведки — агентурно-осведомительная работа оказалась поставленной из рук плохо… Следственная часть также страдает рядом существенных недостатков».
Ежов подверг суровой самокритике свое руководство иностранной разведкой. Он писал: «Иностранную разведку по существу придется создавать заново, так как ИНО был засорен шпионами, многие из которых были резидентами за границей и работали с подставленной иностранными резидентами агентурой».
Он утверждал, что в аппарате НКВД работали «еще не разоблаченные заговорщики… Наиболее запущенным участком в НКВД оказались кадры. Вместо того, чтобы учитывать, что заговорщикам из НКВД и связанным с ними иностранным разведкам за десяток лет минимум удалось завербовать не только верхушку ЧК, но и среднее звено, а часто и низовых работников, я успокоился на том, что разгромил верхушку и часть наиболее скомпрометированных работников среднего звена. Многие из вновь выдвинутых, как теперь выясняется, также являются шпионами и заговорщиками. Ясно, что за всё это я должен нести ответственность».
Особо остановился Ежов на организации охраны членов ЦК и Политбюро. Он писал: «Во-первых, там оказалось значительное количество не разоблаченных заговорщиков и просто грязных людей от Паукера. Во-вторых, заменявший Паукера, застрелившийся впоследствии Курский, а сейчас арестованный Дагин также оказались заговорщиками и насадили в охранку немало своих людей. Последним двум начальникам охраны я верил как честным людям. Ошибся и за это должен нести ответственность».
Ежов признавал следующие свои ошибки: «Во-первых, совершенно очевидно, что я не справился с работой такого ответственного Наркомата, не охватил всей суммы сложнейшей разведывательной работы. Вина моя в том, что я вовремя не поставил этот вопрос со всей остротой, по-большевистски, перед ЦК ВКП(б).