Хотя появление советских ракет на Кубе резко меняло расстановку сил между США и СССР в пользу последнего, у США имелось немало средств, с помощью которых они могли нанести ядерный удар по Советской стране. Помимо ракет, размещенных в Турции, Италии, ФРГ, американские самолеты с ядерными бомбами постоянно неслись в направлении СССР и лишь незадолго до пересечения границы поворачивали назад. Воды Мирового океана постоянно бороздили надводные суда и подводные лодки США с ядерными ракетами на борту. Хотя Кеннеди знал, что США надежно защищены, ему нужно было получить официальные заверения от СССР в том, что на Кубе предпринимаются меры лишь для обороны острова.
Еще 4 сентября советский посол в США Добрынин заверил министра юстиции Роберта Кеннеди, что никаких ракет на Кубе нет, и они никогда там не появятся. Вскоре Д.Ф. Кеннеди принял редактора журнала «СССР» Большакова, через посредство которого с лета 1961 года шли доверительные переговоры с Кремлем, и заявил ему, что он отдал приказ прекратить облеты советских кораблей. Президент заверил его, что перспективы для развития советско-американских отношений хорошие, и он надеется встретиться с Хрущевым в ближайшем будущем. 4 и 6 октября Роберт Кеннеди принял Большакова. Последний вновь передал министру заверения Хрущева о том, что оружие, направляемое на Кубу, является оборонительным. Даже если братья Кеннеди не верили этим заверениям, они были им нужны для того, чтобы затем ссылаться на них. Выступая 15 октября в Национальном пресс-клубе в Вашингтоне, помощник государственного секретаря Эдвин М. Мартин отвечал Китингу: «Военное строительство на Кубе носит по сути оборонительный характер… Конечно, любое оружие — наступательное, если вы находитесь по другую сторону от спускового крючка; но в целом нынешний военный потенциал на Кубе не увеличит материально способность Кубы предпринять наступательные действия за пределами острова».
В то же время Д.Ф. Кеннеди прекрасно понимал: если станет известно о том, что он имел сведения о строительстве ракетных установок на Кубе, но не постарался их проверить, то он может не только поплатиться постом президента, но и оказаться на скамье подсудимых. В этих условиях 9 октября Кеннеди отдал приказ о полете разведывательного самолета У-2 над Кубой. Однако небо Кубы была закрыто облаками. Лишь 14 октября, когда ураган развеял облачность, приказ был выполнен. В тот же день были получены фотографии, на которых было запечатлено активное строительство площадок для ракетных установок.
Хотя сложилось мнение о том, что эти фотографии сразу же спровоцировали карибский кризис, факты свидетельствуют о том, что сначала они не вызвали большого переполоха. Историки Д. Даниел и Д. Хаббел позже писали: «Одной из поразительных черт этого периода кубинского кризиса является явно небрежная реакция ведущих гражданских правительственных чиновников на фотографии У-2». Это лишь подтверждает, что не содержание фотографий, а стремление ряда руководителей США пойти на обострение международной обстановки с целью решить внешнеполитические и внутриполитические проблемы определило цепь решений, которые повели к развязыванию карибского ракетного кризиса.
Лишь на другой день 15 октября фотографии были переданы из ЦРУ в Пентагон. Начальник разведывательного отдела Керрол передал их заместителю министра обороны Р. Гилпатрику, а тот передал их министру обороны Р. Макнамаре. Последний решил, что содержание фотографий не таково, чтобы беспокоить президента, и передал их помощнику Кеннеди Макджорджу Банди. Тот также не спешил передать фотографии Кеннеди и сделал это лишь на следующий день 16 октября. По словам М. Банди, Кеннеди сначала воспринял содержание фотографий спокойно.
Сравнительно спокойная реакция военных и гражданских чиновников США, а также самого президента страны объяснялась следующим: хотя обнаружение строительства площадок для ракет на Кубе существенно усиливало возможность СССР нанести ядерные удары по американским городам, такие возможности существовали и до размещения ракет на Кубе. Хотя число советских межконтинентальных ракет было преувеличено в свое время Хрущевым, их реальное количество позволяло нанести довольно ощутимый удар по США из СССР. Кроме того, под водой в непосредственной близости от крупнейших городов США находились советские подводные лодки с ядерным оружием.
Однако поскольку появление советских ракет на Кубе существенно усиливало возможности Советского Союза для нажима на США в ходе переговоров по берлинскому вопросу, то в государственном департаменте размещение советских ракет на Кубе оценили как сигнал тревоги. Государственный секретарь Дин Раек, его заместитель Д. Болл и его помощник Э. Мартин сочли, что содержание фотографий дает повод для решительных действий против Кубы. В этом они получили поддержку от помощника министра обороны по вопросам международной безопасности Р. Нитце. Уже вечером 15 октября Раек и Нитце стали настаивать на приведение в действие планов Пентагона о вторжении на Кубу. Правда, они признавали, что отсутствие единства среди союзников США по вопросу о Кубе вынудит их действовать с осторожностью.
Лишь узнав о реакции государственного департамента на результаты аэрофотосъемки, Кеннеди принял решение обсудить этот вопрос на заседании ряда членов правительства. Историк Л. Фитцсаймонс писала: «Президент Кеннеди был вынужден выступить из-за того, что он был связан с историей кубинского вопроса… из-за его страха, что американская общественность отстранит его партию от власти». Теперь Кеннеди понимал, что в случае, если он по-прежнему будет говорить, что никакой угрозы для США нет, против него взбунтуются его собственные министры, и в этом случае его ждет политическая катастрофа. 16 октября было созвано совещание ряда высших чиновников правительства, которое впоследствии получило название «Исполнительный комитет Национального совета безопасности», или «Экском», хотя существование такого органа не было предусмотрено ни одним правовым документом США.
На заседании «Экскома» сразу же выделились две группировки: «ястребы» — сторонники немедленного вторжения на Кубу, и «голуби» — сторонники объявления блокады Кубы и последующего поиска мирного решения кризиса. «Голубиная» группировка Кеннеди — Макнама-ры, предлагая осуществить агрессивные действия против Кубы, стремилась поставить будущую агрессию в определенные рамки. Даже в том случае, если бы нападение на Кубу не привело бы к ядерной войне, оно бы сопровождалось большими потерями для США.
Позже Кеннеди сообщил подсчеты, сделанные Макна-марой в то время: оказалось, что в случае вторжения погибло бы от 40 до 50 тысяч американских солдат, то есть больше, чем в ходе Корейской войны. И все же «ястребиная» группировка, в которую входили Банди, шеф ЦРУ Маккоуна, председатель Объединенного комитета начальников штабов Тейлор, настаивала на ничем не ограниченной агрессии. Хотя министр обороны Р. Макна-мара принадлежал к «голубям», он объявил, что «необходимые военно-воздушные силы, личный состав и материальная часть приведены в боевую готовность, и мы можем начать бомбардировку с воздуха во вторник 23 октября, если будет принято соответствующее решение». октября «голуби» выступили за осуществление блокады Кубы. «Ястребы» — за бомбардировку. Началась дискуссия, которая не завершилась и 19 октября. Тем временем Объединенный комитет начальников штабов объявил тревогу по Атлантическому и Карибскому командованию. Казалось, что военные хотели спровоцировать начало конфликта и тем самым создать условия для бомбардировки Кубы. октября Д.Ф. Кеннеди принял A.A. Громыко, который предложил американскому президенту встретиться в ноябре с Хрущевым. В своих мемуарах Громыко писал: «Беседа с Кеннеди по вопросу о Кубе изобиловала резкими поворотами, изломами. Президент нервничал, хотя внешне старался этого не показывать. Он делал противоречивые высказывания. За угрозами по адресу Кубы тут же следовали заверения, что никаких агрессивных замыслов против этой страны Вашингтон не имеет». В тот же день, по словам Громыко, аналогичное заявление сделал Дин Раек: «США не намерены осуществлять вооруженное вторжение на Кубу, хотя остров превратился в военный плацдарм для наступления на США. Внутренний режим на Кубе не соответствует безопасности Западного полушария».