Немецко-фашистские оккупанты стремились всеми силами удержать Прибалтику в своих руках. В ИВОВ подчеркивалось: «Прибалтика имела для фашистской Германии большое стратегическое значение. Она прикрывала Восточную Пруссию с северо-востока, являясь по отношению к ней своеобразным «предпольем», как об этом неоднократно заявляло германское командование. Удержание Прибалтики позволяло Германии продолжать блокаду нашего флота в восточной части Финского залива, поддерживать связь с Финляндией (до сентября 1944 г.), а также со Швецией, поставлявшей Германии стратегическое сырье. Наконец, враг рассчитывал, что, располагая крупной группировкой в Прибалтике, он сможет наносить с севера фланговые удары по советским войскам, если они перейдут в наступление в направлении Польши и Восточной Пруссии. Советская Прибалтика имела немаловажное значение для Германии и как база снабжения. В Эстонии, например, оккупанты использовали заводы по переработке местных горючих сланцев. Из прибалтийских республик фашисты продолжали вывозить сельскохозяйственные продукты».
Учитывая огромное значение этого региона для Германии, «противник создал в Прибалтике глубоко эшелонированную оборону. По линии Нарва — Псков — Идрица — Полоцк был подготовлен первый оборонительный рубеж, который гитлеровцы именовали северной частью «восточного вала». К западу от этого рубежа, на глубине 40–50 километров, оборудовался тыловой рубеж, а за ним три промежуточных».
По мере подготовки Красной Армии к освобождению Прибалтики партизаны трех советских республик наносили новые удары в тылу врага. В марте 1944 года была сформирована 1-я Латвийская партизанская бригада, летом 1944 года — 2-я, а затем — 3-я Латвийская партизанская бригада. Три крупных партизанских отряда действовали на юге Латгалии. По данным ИВОВ, к лету 1944 года партизанское движение охватило почти все уезды. Если к началу 1944 года в латвийских партизанских отрядах было 854 человека, то к лету их численность возросла до 1623 человек, а в сентябре в отрядах уже насчитывалось 2698 человек. Всего же в партизанском и подпольном движении Латвии участвовало до 12 тысяч человек.
В ИВОВ сказано: «Партизанское движение в Латвии имело свои особенности. Отсутствие больших лесных массивов, преобладание хуторской системы в сельском хозяйстве, развитая сеть дорог и телефонная связь исключали возможность базирования крупных отрядов в определенных районах. Это вынуждало партизан вести борьбу небольшими отрядами и отдельными группами. Летом 1944 года для партизан восточных районов Латвии трудности усугубились и тем, что им приходилось действовать непосредственно в расположении тылов немецко-фашистской группы армии «Север». И все же партизаны, искусно маневрируя, изматывая противника и уклоняясь от дневных боев, наносили оккупантам большие потери и из стычек часто выходили победителями».
Особенно изобретательно действовали партизаны Риги под руководством И.Я. Судмалиса. В ИВОВ отмечалось: «Боевые операции и диверсии, проводившиеся под его руководством, ошеломляли врага своей дерзостью. Несмотря на полицейскую слежку, бесстрашный коммунист разъезжал по Латвии, устанавливал связи с подпольщиками, партизанскими отрядами, готовил все новые и новые операции». Однако в 1944 году полиции удалось раскрыть рижское подполье во главе с его руководителем И. Судмалисом. В мае 1944 года его казнили. Ему посмертно было присвоено звание Героя Советского Союза.
Только против партизан Латвии было организовано 82 карательные экспедиции, в которых участвовало до 90 тысяч гитлеровцев. В ходе упорных боев партизаны несли потери, но они сумели уничтожить немало фашистов.
В Эстонии, как и в Латвии, партизаны были вынуждены действовать мелкими группами и небольшими отрядами. В ИВОВ говорилось: «Густая телефонная сеть позволяла оккупантам быстро информировать свои части о выступлении партизан. Борьба затруднялась также тем, что гитлеровцам помогала эстонская фашистская организация «Омакайтсе». Однако партизаны Эстонии сражались мужественно и самоотверженно. Ярким примером этого может служить подвиг партизана Э.Ю. Меймре из отряда И.Ю. Юринсона, действовавшего в Пярнуском уезде. После жаркого боя Меймре, раненный в руку и ногу, вынужден был остаться в укрытии. Обнаруженный и окруженный карателями, он защищался до последней возможности и, чтобы не попасть живым в руки врага, подорвал себя гранатой».
Разрасталась борьба партизан и в Литве. По данным ИВОВ, «отряд «Вильнюс», действовавший в 1943–1944 годах, в течение только одной недели пустил под откос 4 вражеских эшелона, сжег несколько складов, уничтожив 42 гитлеровских охранника. Другой отряд, «Жальгирис», сражавшийся в том же году, напал однажды на немецкое подразделение в 300 человек; в этом бою фашисты потеряли убитыми и ранеными около 100 человек. В Каунасе средь бела дня народные мстители обстреляли колонну вражеских войск. Гитлеровцы в своих письмах признавались, что борьба с партизанами им страшнее, чем фронт».
В ИВОВ отмечалось: «Во время подготовки к наступлению и в ходе боевых действий советских войск партизанские отряды в Прибалтике вели разведку, наносили удары по немецким коммуникациям. Народные мстители взрывали мосты, пускали под откос вражеские эшелоны с военной техникой, уничтожали железнодорожные станции, громили гарнизоны противника. Нараставшие удары латвийских, литовских и эстонских партизан вынуждали немецко-фашистское командование выделять для их подавления значительные силы».
Активность латвийских партизан особенно возросла в дни, когда фронт приблизился к Прибалтике. Еще в середине июня 1944 года 38 партизанских отрядов Литвы приняли участие в операции «Рельсовая война», проводившейся накануне операции «Багратион». Только отряд «Мститель» пустил под откос 35 эшелонов противника, а отряд «Вильнюс» — 43 эшелона.
За годы оккупации в Литве было создано 92 партизанских отряда, в которых сражалось около 10 тысяч человек. Среди них 62,5 % составляли литовцы, 21 % — русские, 7,5 % — евреи, 3,5 % — поляки, 3,5 % — украинцы, белорусы и другие. Примерно половина партизан и подпольщиков погибла в схватках с оккупантами и их местными приспешниками. В то же время в 1941–1944 годах литовские партизаны пустили под откос 364 эшелона, вывели из строя около 300 паровозов, свыше 2000 вагонов, разгромили 18 гарнизонов врага, убили свыше 100 тысяч гитлеровцев и их пособников. 1800 партизан Литвы были награждены орденами и медалями. За боевые заслуги семерым литовским партизанам было присвоено звание Героя Советского Союза, из них пятерым, включая Марию Мельникайте, — посмертно.
В ходе осуществления операции «Багратион» войска 3-го Белорусского фронта вступили на территорию Литвы, 7–8 июля прорвали городские укрепления города Вильнюса и 9 июля окружили литовскую столицу. 13 июля Вильнюс был освобожден. На следующий день «Правда» писала: «Вильнюс — древняя столица Литвы, колыбель государственности и культуры литовского народа — возвращен Красной Армией литовскому народу, возвращен великой семье народов». Авторы ИВОВ писали: «Жители города радостно встречали своих освободителей. Они с благодарностью отмечали, что Красная Армия третий раз (в 1920, 1939 и 1944 гг.) возвращает Вильнюс литовскому народу. Правительство Литовской ССР и ЦК КП(б) Литвы сразу же переехали в освобожденную столицу и приступили к работе. Коммунисты, вышедшие из подполья, и возвращавшиеся к мирному труду литовские партизаны при поддержке трудящихся начали налаживать жизнь в городе».