Как свидетельствует М.Ю. Крысин, «в Эстонии… существовали как самостоятельные националистические группы «лесных братьев», так и отряды, специально подготовленные немецкой разведкой… Однако здесь националистическое сопротивление оказалось слабее и малочисленное, чем в других республиках Прибалтики, хотя в его организации точно так же сыграли решающую роль германские спецслужбы. Организацией националистического сопротивления и заброской агентуры в тыл Красной Армии на освобожденной территории Эстонии занимались как непосредственно абвер, так и уже упомянутый «Ягдфербанд Ост»… Помимо… групп, подготовленных абвером, на территории Эстонии действовала агентура финской разведки. Как известно, еще до начала войны спецслужбы Германии, Финляндии и Эстонии заключили соглашение о тесном сотрудничестве».
По оценке М.Ю. Крысина, антисоветское подполье в Литве формировалось несколько по-иному: «Литва была, пожалуй, единственной из республик Прибалтики, где, по крайней мере отчасти, националистическое сопротивление возникло стихийно, без руководства и контроля со стороны немецких спецслужб». Как следует из фактов, приведенных этим добросовестным историком, формирование националистического подполья в Литве началось еще в разгар германской оккупации в 1942 году, когдабыл создан «Верховный литовский комитет». В него вошли представители разных партий — от народных социалистов до таутининков. Затем была создана католическая организация «Национальный совет», которая в ноябре 1943 года объединилась с «Верховным литовским комитетом». Так был создан «Верховный комитет освобождения Литвы» (ВЛИК). Демонстрируя «равноудаленность^от Германии и СССР, ВЛИК надеялся на приход в Литву западных армий. Однако после освобождения Литвы ВЛИК перенес свой центр в Берлин, до этого призвав население республики к «пассивному сопротивлению».
Такой же тактике «пассивного сопротивления», по словам М.Ю. Крысина, «придерживалась и другая подпольная националистическая организация — «Совет освобождения Литвы» (ЛИТ)».
«Наиболее крупной и боеспособной организацией литовских националистов, — по словам М.Ю. Крысина, — являлась подпольная организация «Кестутис». Она избрала тактику активного вооруженного сопротивления в отношении Красной Армии. «Кестутис» являлась глубоко законспирированной организацией, построенной по образцу воинского соединения, и… ставила своей целью восстановление независимости Литвы в ее этнических границах, усиление военной мощи литовской нации и борьбу с коммунистическим движением». Руководство «Кестутиса» признавало себя составной частью Фронта литовских активистов (ФЛА), сотрудничавшего на первых порах с немцами, и подчинялось его руководству».
«Помимо ЛИТа, ВЛИКа и «Кестутиса», — замечал М.Ю. Крысин, — которые, по крайней мере внешне, не были связаны с немцами, значительную часть литовского националистического подполья составляли группы, специально подготовленные германской разведкой. Некоторые литовские националистические организации, избрав тактику борьбы против Красной Армии и Советской власти, предпочитали непосредственно опираться на помощь немцев». Одной из таких организаций Крысин назвал «Литовскую армию свободы» (ЛЛА). Несколько сотен человек из ЛЛА были подготовлены в немецких разведшколах, а затем заброшены в Литву.
Позже в Литве, по словам Крысина, появились различные подпольные организации: «Таурасская повстанческая область», «Жемайтийская повстанческая область», «Прибалтика», «Диджяйско-Каунасская повстанческая область», «Свиряйский повстанческий район», «Пьетуйский повстанческий район».
Летом 1946 года был создан координационный центр литовского антисоветского подполья — главный штаб вооруженных сил. 16 февраля 1949 года вооруженная организация создала свою структуру под названием «Движение бойцов за независимость Литвы». Республика была разделена на три военных округа (Северо-Восток, Северо-Запад и Неман). В Эстонии антисоветское движение возглавлял «Эстонский национальный комитет» с несколькими местными отделениями. Как утверждали Мисиунас и Таагепера, — «штаб связи латвийских партизан действовал в Риге на улице Матисс вплоть до 1947 года».
Группы так называемых «лесных братьев» отличались по размерам, от 800 человек до одиночек, которые прятались в бункерах около своей фермы или даже под полом своего дома. Вооруженные отряды совершали диверсии, взрывы, поджоги административных советских учреждений. Значительно реже, да и то на первой стадии своей деятельности, они вступали в вооруженные схватки с советскими войсками. Судя по отчету литовского подполья, с апреля 1945 года по май 1946 года произошло 6 боев с войсками МВД.
Основным направлением деятельности подполья был террор против всех, кто поддерживал Советскую власть. Как признают Р. Таагепера и Р. Мисиунас, «главные усилия повстанцев и пассивного сопротивления направлялись на срыв работы администрации… Сотрудников местных Советов запугивали, их заставляли быть двойными агентами, и в случае, если они проявляли чрезмерное рвение в сотрудничестве, их убивали… Для проверки новобранцев «лесные братья» давали им задания — казнить тех, кто сотрудничал с Советской властью».
По сведениям, оглашенным на латвийской конференции историков в июле 1988 года, за 1944–1952 годы только в Литве «лесные братья» убили около 25 тысяч советских граждан. По данным эстонских историков, только в Эстонии повстанцы убили «несколько сот советских людей» всего за 1948 год и начало 1949 года.
Историки утверждали, что запугивание членов ВКП(б) и ВЛКСМ в Прибалтике приводило к тому, что иные из них «сдавали свои партийные или комсомольские билеты, или проявляли пассивность в своей работе, или отказывались от нее под угрозой смерти». Литовское подполье «публично объявило, что оно будет сурово наказывать тех, кто примет от советских властей землю и скот, который был отнят у фермеров, имевших участки от 100 акров и менее того».
Массовое устрашение населения постоянным и незримым наблюдением за каждым словом и поступком человека и подкрепляемое частыми и беспощадными расправами со всеми, кто хоть немного отклонялся в своем поведении от стандарта, устанавливаемого тайными вождями, деформировало общественное сознание. Характерно, что психологической обработке населения, в том числе за пределами районов боевых действий, «лесные братья» придавали огромное значение.
Участники бандформирований вели антисоветскую пропаганду, распространяли антисоветские слухи. В сентябре 1945 года бандиты разбросали листовки, в которых писали, будто «англичане взяли Ригу» и «приступили к освобождению Латвии», а также будто «англичанам на помощь идут турки».
Все чаще сопротивление Советской власти принимало форму террора. Убивали прежде всего местных руководителей Советской власти, советских активистов, «новоселов», получивших землю в ходе агарной реформы. В июле 1945 года в Макашенской волости Резекнеского уезда банда бывшего полицейского Биндука убила крестьянку Ломакиену, ее дочь и двухлетнего внука, разрушила их дом. В Галенской волости эта же банда убила жену советского активиста Скуя, разграбила его дом, сожгла приусадебные постройки.
В Валмиерском районе бандитами был убит секретарь уездного комитета Компартии Латвии Р. Заринь. В конце года бандиты убили заведующего отделом агитации и пропаганды Даугавпилсского горкома партии Петровича и директора подсобного хозяйства Федорова.