Такие выступления пугали руководителей страны, но, по словам Черняева, Горбачева «больше беспокоила реакция русского населения. Он не раз мне говорил, что русские не простят «развала империи» (выражался именно так), «великодержавные силы урчат все сильнее». Черняев возражал ему, уверяя, что «в русском народе верх уже берет не «единая и неделимая», а национализм как таковой: пошли они, мол, все эти инородцы… обойдемся без них, бремя на шее России и т. п. Но антиперестроечные силы действительно могут и обязательно поднимут знамя спасения «великого нашего завоевания — Союза» — от развала».
На самом деле против национал-сепаратизма выступали и многие литовцы, латыши и эстонцы. Не случайно Горбачев постарался убрать Пуго из Латвии, под предлогом недовольства им местными коммунистами (как объяснял Черняев). Поддержку руководство страны во главе с Горбачевым оказывало тем, кого Черняев называл «действительно национальными лидерами», «разумными» и «ответственными», «типа Бразаускаса, Прунскене, Горбунова, Вяляса». На деле такие лидеры возглавили движение прибалтийских республик к выходу из СССР и ликвидации социализма.
Никаких шагов для того, чтобы остановить откровенно антигосударственные выступления, не предпринималось. Руководители страны ограничивались общими фразами. 13 октября 1988 года на заседании Политбюро Горбачев заявлял: «Идут сложные процессы в Прибалтике, в Киргизии, Казахстане, в Молдавии, на Украине — и везде возникают большие вопросы». Был придуман фальшивый аргумент о том, что поощрение национал-сепаратистских выступлений лишь поможет «выпустить пар», а на деле никто в Прибалтике не захочет покидать СССР. Черняев уверял: «Если дать эстонцам, как и латышам, литовцам, полную свободу, не навязывать ничего, они проголосуют за Союз, но за самостоятельное пребывание в нем».
На деле в ноябре 1988 года Верховный Совет Эстонии принял декларацию о суверенитете республики, которая фактически объявляла о готовности выйти из СССР. В ответ на эту декларацию на заседании Политбюро 24 ноября в ходе обсуждения текста своего предстоящего доклада на сессии Верховного Совета Горбачев заявил: «Не надо драматизовать, что происходит, например, в Эстонии. Но нельзя и игнорировать недовольство тем, что развернулось в прибалтийских республиках и как страна реагирует на происходящее в Прибалтике, в Армении и т. д. Недовольство в России большое. Задают вопрос: почему один миллион эстонцев диктует двумстам миллионов в СССР? То, что беспокоит эстонцев или литовцев, это беспокоит и все 200-миллионное взрослое население нашей огромной страны. Но беспокоит по-разному. И это тоже надо учитывать в рамках интернационализма».
На состоявшейся в конце 1988 года сессии Верховного Совета СССР эстонские депутаты откровенно демонстрировали свою оппозиционность, голосуя против решений сессии. В ответ Горбачев, по словам Черняева, «пошел эстонцам на большие, с его точки зрения, уступки, прельстил заявлением, что это только первый этап политической реформы, потом «пойдем дальше». Черняев писал: «Я в эти дни чувствовал в нем сильное стремление пойти навстречу прибалтам». На деле уступки осуществлялись национал-сепаратистам в Прибалтике, как и в других регионах СССР.
Весной 1989 года Черняев записал в своем дневнике: «Горбачев развязал необратимые процессы «распада»… Идеологии, как таковой, уже нет. Распадается федерация… Рушится партия, потеряв свое место правящей и господствующей… Власть расшатана до критической точки. Взамен пока нигде ничего не оформляется. Протуберанцы хаоса уже вырвались наружу… грозные законы, призванные удерживать дисциплину, никто уже не в состоянии заставить исполнять». Отчасти происходившее стало следствием утраты Горбачевым инициативы, отчасти следствием его субъективного стремления к разгрому советских порядков. Позже анализируя происходившее, Черняев признавал: «Что это было: «объективная ли логика» или «замысел». И то и другое».
Как и в ряде других союзных республик, зима 1988/89 года в Прибалтике прошла под знаком дальнейшей активизации национал-сепаратистских сил и роста антисоветских настроений. На заседании Политбюро 27 апреля 1989 года Горбачев признавал: «В Прибалтике в магазинах русским не продают товаров, не прописывают приезжих жен военных и не принимают их на работу. Национализм очень серьезный и все серьезнее проявляет себя. Бразаускас сообщил мне, что 10 тысяч офицеров-литовцев подали рапорты об увольнении из армии. Милиция, набранная из латышей, не выступает против националистических эксцессов. Бездействуют».
На том же заседании А. Лукьянов сообщил: «Эстонцы требуют, чтобы над Кремлевским дворцом съездов во время Съезда народных депутатов были подняты флаги республик, а не один флаг Союза… Эстонцы ведь требуют… вернуть прежний буржуазный флаг». Но Лукьянова тут же одернул Горбачев: «Не надо так, Анатолий Иванович. Это флаг эстонской государственности. При чем тут буржуазия? Законно они восстанавливают свой исторический флаг. И это в компетенции республик по Конституции. Вот приедет эстонская делегация в Москву, увидит старый красный флаг Эстонской ССР, потребует заменить. А мы не согласимся, уйдут со съезда. Ты этого хочешь?»
Стремясь уйти от конфликта с сепаратистами, Горбачев на заседании Политбюро 11 мая 1989 года выражал сомнение в оппозиционности «народных фронтов». Он говорил: «Народный фронт — это что, оппозиция к КПСС? Как бы нам тут не просчитаться! Нужна точность. Как бы не отбросить Народный съезд во враждебный КПСС лагерь, не смешать с действительно враждебными крыльями в этом Народном фронте. Если он, Народный фронт, объединяет все силы нации, надо же думать об отношениях с ним. А мы видим одно крайнее крыло в этом Фронте и распространяем на все движение. Тут очень важен точный политический анализ, чтобы не получилось так, что все эти движения Народных фронтов мы зачислили «не туда». А экстремистов — преследовать по закону. Власть должна действовать. А в Народные фронты идти и работать — и словом, и делом». Горбачев успокаивал: «Да куда они денутся? Перебесятся».
Тем временем шесть членов Политбюро подготовили записку о положении в Прибалтике, в которой констатировалась утрата инициативы со стороны руководства трех компартий перед лицом наступления «народных фронтов», требовавших выхода из СССР. По словам Черняева, записка шести членов Политбюро в конце мая обсуждалась на его заседании. «Были приглашены все три первых секретаря ЦК Компартий Эстонии, Литвы, Латвии — Вяляс, Бразаускас, Варгас». Судя по его комментариям, Черняев был на стороне приглашенных: «Прорабатывали их беспощадно. Но они не давали себя в обиду. С достоинством, спокойно вроде бы, «воспитанно», в своей национальной манере отстаивали позиции и… «стреляли» неотразимыми аргументами».
Как отмечал Черняев, Горбачев полностью поддержал руководителей трех республик. Черняев так записал тезисы его заключения: «Доверяем всем трем, иначе быть не может… Нельзя Народные фронты, за которыми идет 90 % народа республик, отождествлять с экстремистами. И с ними надо уметь разговаривать… Вовлекать лидеров Народных фронтов в государственную деятельность, в правительства, ставить на посты: пусть покажут, как у них со «словом и делом»… Думать, как на деле преобразовывать нашу федерацию. Иначе действительно все распадется… Если объявить референдум, ни одна из трех, даже Литва, не «уйдет».