Тем временем бывшие диктаторы Латвии и Эстонии, все еще занимавшие свои посты, не оставляли попыток спасти себя. В газете «Линна тетая» от 21 октября 1941 года лидер вапсов, а затем видный деятель гитлеровской администрации в Эстонии X. Мяэ писал: «26 июня прошлого года меня вызвал к себе Константин Пяте и сделал предложение поехать в Германию и просить у правительства германского государства помощи, чтобы спасти то, что еще возможно. Но было уже поздно, и поэтому я не смог ничего сделать». Советское правительство могло знать об этих и подобных им действиях властей, в Эстонии и Латвии, а поэтому оно желало положить им конец.
Необходимость пересмотра прежней политики в Прибалтике могла возникнуть у советского руководства и под влиянием внутриполитических событий в трех республиках. Коммунисты Эстонии, Латвии и Литвы энергично выражали свое неудовлетворение тем, что они были отстранены от участия в формировании правительств, а их представительство в новых кабинетах было ограниченным. Они ссылались на свою способность руководить широкими массами политически активного населения, что проявилось в ходе бурных июньских событий, и утверждали, что эти события явились началом глубоких революционных изменений, которые неизбежно увенчаются победой советской социалистической революции. Как отмечалось в «Истории Литовской ССР», «после 25 июня лозунги «Да здравствует Советская Социалистическая Литва!», «Да здравствует Литва — 13-я Советская Социалистическая Республика» печатались во всех воззваниях ЦК Компартии Литвы».
Вероятно, эти соображения привели к отказу от осуждения лозунгов «советской Прибалтики» (на чем настаивали представители Москвы в середине июня) и поддержке курса Компартий Эстонии, Латвии, Литвы. Очевидно, что Советскому правительству было гораздо легче договариваться со своими идейными единомышленниками, чем с друзьями СССР, представлявшими иные партии. В этом советское руководство могло убедиться в ходе своих переговоров с новыми министрами Прибалтики.
После беседы с В.М. Молотовым 30 июня министр иностранных дел Литвы В. Креве-Мицкевичус жаловался, что нарком убеждал министра в том, чтобы Литва вступила в СССР. Если Креве-Мицкевичус верно воспроизвел содержание беседы, то такое заявление Молотова означало резкий поворот в политике, которую еще несколько дней назад проводил Наркомат иностранных дел СССР в Прибалтике (как это следовало из письма полпреда в Эстонии К.Н. Никитина от 26 июня) под контролем А. А. Жданова и А.Я. Вышинского. Однако так как официальных записей этой беседы Креве-Мицкевичуса с Молотовым не обнародовано, то неоспоримо по крайней мере одно: полного взаимопонимания между главами двух внешнеполитических ведомств не было достигнуто, ибо по возвращении в Вильнюс литовский министр подал в отставку (правда, ее не приняли). Вскоре подал в отставку и бежал в Германию последний член бывшего сметоновского правительства — министр финансов нового кабинета Э. Галванаускас.
В это время в Прибалтике начались многочисленные увольнения людей прежней администрации с государственных постов. К 19 июля в Литве были отстранены от работы 11 из 12 мэров городов, 19 из 23 мэров поселков городского типа, 175 из 261 члена уездной администрации (69, 24). В республиках были ликвидированы организации кайцелитов, айзеаргов, шаулисов.
В трех республиках были легализованы коммунистические партии. 5 июля решением начальника внутренней обороны Эстонии заместителем министра внутренних дел Г. Хабермана было отменено решение о запрещении деятельности Коммунистической партии Эстонии. В первом номере газеты «Коммунист», вышедшей легально, напоминалось о «тех редакторах, печатниках, распространителях и других сотрудниках, которые оставили свою жизнь в полевых судах, казематах политической полиции или были просто застрелены на улицах за то, чтобы орган коммунистической партии мог найти путь к сердцам трудового народа, даже когда он стоял вне закона».
Одновременно в трех республиках осуществлялись широкие социальные преобразования. Латвийское правительство А. Кирхенштейна ввело 8-часовой рабочий день. На 15–20 % была увеличена зарплата для рабочих и служащих, восстановлены профсоюзы. 5 июля в Риге состоялся 100-тысячный митинг в поддержку решений правительства.
Новые правительства положили конец дискриминации национальных меньшинств. 5 июля правительственная газета «Рахва Хеаль» в передовой осуждала политику угнетения русских, проводимую прежними правительствами Эстонии. Она указывала: «Все они могли свободно эксплуатировать и угнетать неэстонцев, считая их людьми 2-го, если не 3-го или 4-го сорта, которые подобны животным». 5 июля в оперативной сводке НКВД из Эстонии сообщалось: «За последние две недели в районах, где преобладает русское население, проходили массовые митинги и собрания. Основной лозунг всех собраний — требование немедленного присоединения русских районов к Советскому Союзу… Особенно крупные митинги состоялись в Нарве, Печоре, Изборске, Карягине, Серенце с участием от 1000 до 3000 человек. На митинге крестьяне приходили из близлежащих деревень организованно, с красными флагами, портретами вождей партии и правительства, пением советских песен».
Одновременно отмечалось: «После того как было сформировано правительство, местное население выразило недовольство тем, что в его составе нет ни одного русского представителя… Поднимается вопрос о создании в правительстве специального министерства по русским делам». Резидент НКВД сообщал также: «Члены кайцелита в русских районах в большинстве оружие сдали, в событиях участия не принимают, держатся в стороне, не разговаривают с русскими, но активных действий не принимают».
Отмечались и попытки разжечь межнациональные столкновения. В сообщении резидента НКВД из Эстонии от 9 июля говорилось: «Офицерами среди солдат разжигается рознь между эстонцами и русскими. Реакционное офицерство запрещает солдатам слушать радио, читать левые газеты, уменьшает количество отпусков в город».
Резиденты НКВД не раз сообщали о дезертирстве русских из эстонской армии. Они являлись в консульство или советские части, заявляя, что «обратно в армию не пойдут, так как их ждет расправа со стороны реакционных элементов». В одной из частей эстонской армии, расположенной на границе Советского Союза в Печорском уезде, в которой много солдат русской национальности, произошло несколько случаев отказа от выполнения приказаний эстонских командиров, в результате чего часть солдат разоружена и взята под охрану эстонцев». Были отмечены и единичные случаи попыток совершения диверсий по отношению к частям Красной Армии.
Противоречивые настроения были характерны и для чиновничества. В разведывательной сводке НКВД из Эстонии от 8 июля говорилось: «Настроение служащих государственного аппарата можно характеризовать как выжидательное. Крупные чиновники, особенно в министерствах, не подвергшихся большой чистке (земледелия, иностранных дел), не решаясь на открытый саботаж, ограничиваются сухим выполнением приказов руководителей министерств. В политическом отношении поведение служащих носит характер тихого саботажа… На собрании служащих Министерства земледелия 8 июля, посвященном организации профсоюза, служащие вынесли единогласное решение о вступлении в центральный союз, в то же время тайным голосованием вновь переизбрали старое руководство… Однако большинство служащих в сумме положительно расценивает новое правительство, довольно умеренной его декларацией и считает, что, если правительство и впредь будет действовать так же, как и сейчас, то есть не потрясая основ общества (частной собственности), работать с ним можно будет».