Крах союзной государственности развалил сложившуюся в Таджикистане за годы советской власти этносоциальную систему. Отдельные ее части включились в вооруженную борьбу за власть, начали эмигрировать либо стали формировать свои полуавтономные сегменты государства, прибегая к образованию субэтнических территорий.
Как и во многих странах Востока, в Таджикистане имеет место закрепление этнорегиональных и этнических групп в определенных профессиях, экономических сферах, социальных нишах, что перевело в этническую плоскость многочисленные конфликты, связанные с перераспределением власти, реформированием экономики и разделом государственной собственности.
Этническая и этнорегиональная окраска политических и экономических конфликтов делает их мало поддающимися управлению. К этому типу межэтнических напряжений относятся отношения между таджиками — с одной стороны и узбеками и арабами — с другой, в южных приграничных районах Таджикистана. Традиционно узбеки, арабы и туркмены занимаются скотоводством, а таджики — земледелием, они распахивают пастбища под хлопок и сады. После провозглашения суверенитета в процессе раздела власти и собственности в 1992 г. на юге страны возникла острая конкуренция между скотоводами и земледельцами за земельные и водные ресурсы, перешедшая в вооруженный конфликт.
Одним из важнейших факторов, объективно обостряющих и формирующих характер и содержание межэтнических отношений в период суверенизации, является зависимость того или иного этноса от государства.
Таджикистан после схватки субэтносов за власть и ресурсы в период ухода союзной администрации и начала раздела государственной собственности превратился в сегментарное государство, состоящее из местных, автономных центров власти. Власть доминирующего ядра абсолютна лишь в пределах центрального сегмента (субэтнической территории) и сходит на нет по мере удаления от него, превращаясь в номинальное верховенство над периферийными сегментами, которые стремятся вести собственную политику.
В 1992 г. разразилась гражданская война, и власть захватила таджикская оппозиция, представлявшая собой коалицию исламистских и других группировок. Потерпев в этом же году поражение, большая часть оппозиционных сил перешла границу и ушла в Афганистан, откуда они совершали вооруженные вылазки против Таджикистана. Политический гражданский конфликт унес более 50 тыс. жизней, вызвал поток переселенцев и экономических беженцев, которых насчитывается до одного миллиона.
Начиная с 1993 г. специальный представитель Генерального секретаря ООН занимался посреднической деятельностью между правительством и оппозицией, благодаря чему наметилась некоторая стабилизация обстановки. В сентябре 1993 г. на встрече руководителей Таджикистана и других государств СНГ принято решение о формировании в Таджикистане коллективных миротворческих сил с участием воинских контингентов России, Узбекистана, Кыргызстана и Таджикистана, главной задачей которых являются поддержание мира в стране и оказание помощи российским пограничникам в охране таджикско-афганской границы.
Благодаря усилиям ООН в 1994 г. в Тегеране были подписаны соглашения о прекращении огня. В том же году для наблюдения за их выполнением Совет Безопасности учредил миссию наблюдателей ООН в Таджикистане (МНООНТ) в помощь объединенной комиссии, состоящей из представителей правительства и оппозиции.
Основу для всеобъемлющего урегулирования межтаджикского конфликта создало общее Соглашение об установлении мира и национального согласия в Таджикистане, выработанное при энергичных миротворческих усилиях России и подписанное в Москве в 1997 г. Россия стала одним из гарантов выполнения этого соглашения, которое зафиксировало политический компромисс между правительством республики и Объединенной таджикской оппозицией (ОТО). Оно предусматривало переходный период, в течение которого должны быть выполнены все условия мирного урегулирования, необходимые для проведения новых парламентских выборов.
В 1997 г. Совет Безопасности ООН расширил полномочия МНООНТ, позволив ей способствовать укреплению мира и примирению и оказывать помощь в проведении в жизнь мирного соглашения. Миссия тесно сотрудничает с миротворческими силами СНГ и миссией ОБСЕ.
На созванной в 1997 г. при содействии ООН международной конференции стран-доноров миротворческая деятельность в Таджикистане получила высокую оценку. В стране прекращена гражданская война. Действует комиссия по национальному примирению. Возвращаются на родину беженцы. Осуществляется амнистия участников военного противоборства. В соответствии с Московским соглашением представители ОТО вошли в состав правительства.
Однако движение к миру идет сложно — не хватает средств для преодоления последствий военных действий. Дают о себе знать отчужденность, недоверие и подозрительность, которые затягивают решение военных вопросов — расформирование, разоружение вооруженных отрядов ОТО и реинтеграция их личного состава в силовые структуры республики. Имеют место вспышки очагов насилия. Несмотря на очевидные успехи мирного урегулирования, внутренняя консолидация субэтносов ведет к формированию тяготеющих к самоизоляции субэтнических территорий со своими системами власти, культурой, экономикой. Все это блокирует процесс этнической консолидации среди таджиков и чрезвычайно осложняет межэтнические отношения в стране, а также отношения с соседними странами.
Дальнейшая ситуация в Таджикистане может развиваться по трем возможным сценариям.
1. Достижение устойчивого консенсуса между субэтносами таджиков, соблюдение прав национальных меньшинств и постепенный переход к гражданскому обществу.
2. Формирование относительно стабильной пирамиды субэтносов и этносов, основные из которых окончательно установят границы своих территорий и сферы влияния, что обеспечит в целом мирное развитие республики.
3. Эскалация напряженности между субэтносами, а также между таджиками и узбеками, которая приведет к формированию хронически нестабильной обстановки в стране.
О возможности последнего сценария свидетельствует несколько военных инцидентов, в которых затрагивались интересы безопасности обеих стран. Так, в ноябре 1998 г. таджикский полковник М. Худайбердыев поднял мятеж в северном Таджикистане. (Ленинабадская область). Тогда официальные власти Таджикистана заявили, что мятеж был подготовлен при помощи Узбекистана. По сообщениям СМИ, М. Худайбердыев вместе со своими боевиками скрылся на территории Узбекистана. А вскоре после этого в Душанбе произошла встреча лидера таджикской оппозиции Абдулло Нури с одним из лидеров осевших в горном Таджикистане узбекских исламистов Джумой Намангани. Вслед за этим и последовала попытка в августе 1999 г. возвращения с оружием в руках узбекских исламистов на родину.
Осенью того же года было совершено вторжение в Ошскую область Киргизии с целью создания плацдарма для дальнейшего распространения влияния радикальных исламистов. Накануне вторжения Исламское движение Узбекистана сделало заявление в адрес правительств Киргизии, Казахстана и Таджикистана о джихаде против Узбекистана, в результате которого начнется отторжение Ферганской долины, воссоздание Кокандского ханства, создание исламского государства Туристан в Центральной Азии. Тогда киргизской и узбекской армии так и не удалось разгромить исламистов, и они практически без потерь отступили на свои базы в горный Таджикистан, где благополучно пережили зиму, накапливая силы для нового похода. В августе 2000 г. ситуация развивалась примерно по той же схеме. Группа вооруженных исламистов вторглась в Узбекистан с территории Таджикистана.