20.11 главнокомандующий Сахаров объявил эвакуацию района Новониколаевска Красноярска, где было сосредоточено много госпиталей. Больных и раненых, семьи бойцов предстояло вывезти в Приамурье. Не тут-то было. 60 тыс. отъевшихся в тылах, свеженьких и отлично вооруженных чехословаков спешили любой ценой пробиться на восток. Причем захватив с собой сотни вагонов «трофеев», нахапанных в России — хозяйственные союзники мечтали вернуться домой богатыми. Их действия стали носить характер откровенных бесчинств, русские поезда останавливались, загонялись в тупики, паровозы у них отбирались. 121 эшелон санитарные, тыловые, с гражданскими беженцами — встали, лишенные паровозов. Кому повезло — на станциях, а большинство — на глухих таежных полустанках и разъездах, обреченные на замерзание среди сибирской зимы, на смерть от голода и болезней. Целые вагоны вымирали от тифа. На поезда, лишенные всякой защиты, нападали партизаны, а то и просто местные крестьяне, грабили и убивали пассажиров.
Среди этого хаоса еле-еле тащился на восток и поезд Колчака с "золотым эшелоном", который он догнал после крушения. Сначала адмирал старался находиться со своими войсками, но уже вскоре был оторван от них. Остатки армии вынуждены были отступать по старому Сибирскому тракту — чехи не пускали их на железную дорогу. Колчак один за другим писал протесты против чешских безобразий их командующему ген. Сыровому, писал главнокомандующему союзными войсками ген. Жанену. 24.11 он телеграфировал:
"Продление такого положения приведет к полному прекращению движения русских поездов и гибели многих из них. В таком случае я буду считать себя вправе принять крайние меры и не остановлюсь перед ними".
25.11 он направил резкий ответ на чехословацкий меморандум от 15.11. Чехи оскорбились, но все осталось по-прежнему — ведь реальной силы для "крайних мер" у Колчака, увы, не осталось.
Тем временем его премьер-министр В. Н. Пепеляев в Иркутске переформировал состав кабинета и пытался примирить правительство с сибирскими земствами, чтобы предотвратить готовящийся Политцентром взрыв. Он предлагал создать "правительство общественного доверия", однако эсеры и земцы не желали идти ни на какие контакты с Колчаком, открыто взяв курс на переворот. Тогда Пепеляев выехал навстречу адмиралу, чтобы склонить его на уступки и таким образом прийти к мирному выходу из кризиса. А Колчака ждал новый удар. 9.12, добравшись до ст. Тайга, он получил ультиматум от одного из лучших своих генералов, А. Н. Пепеляева. Он с верными ему частями находился в Томске, где в свое время поднимал восстание и сохранил популярность. Пепеляев требовал немедленного созыва сибирского Земского Собора, представив проект соответствующего указа. Кроме того, настаивал на отстранении главнокомандующего Сахарова и расследовании обстоятельств сдачи Омска. Конфликт между Колчаком и Пепеляевым чуть не привел к вооруженному столкновению. Но посредником выступил приехавший из Иркутска В. Н. Пепеляев, брат генерала. Инцидент удалось замять, тем более что какие-то решения все равно приходилось откладывать "до Иркутска", т. е. до возможности хоть как-то контролировать обстановку.
Отставки Сахарова, даже не пытавшегося привести в порядок остатки отступающих войск, потребовал и ген. Дитерихс. 11.12 главнокомандующим был назначен Владимир Оскарович Каппель. Среди всеобщего разброда и развала он в полной мере проявил свои недюжинные таланты полководца и организатора, оказался самым толковым из начальников. И одним из немногих, кто до конца сохранил верность долгу и преданность Колчаку. Адмирал, надорвавший свои силы в клубке измен и поражений, даже предлагал Каппелю, когда тот достигнет Иркутска, принять от него полномочия Верховного Правителя, но тот отказался, сославшись на неготовность. Любимец солдат и офицеров, Каппель сумел сделать невозможное. Под его руководством собирались самые надежные войска, возвращалась их боеспособность. Беспорядочно откатывавшиеся части стали огрызаться арьергардными боями.
Узнав от Пепеляева о том, что творится в Иркутске, Колчак назначил атамана Семенова командующим войсками Дальнего Востока и Иркутского округа, направив ему приказ навести там порядок казачьими частями. А катастрофа продолжала углубляться. Уже с осени отряды разгулявшейся сибирской партизанщины стали сливаться в «армии» — Кравченко, Зверева, Щетинкина, Мамонтова, Рогова, Каландаришвили. Слово «армия», конечно, не стоит понимать буквально, так называл себя любой крупный отряд в несколько сот или тысяч человек. Однако они представляли реальную силу — тем более что при крупных операциях, сулящих богатый грабеж, способны были резко возрастать за счет присоединяющихся крестьян. До поры до времени они держались в безопасной глубинке. Но как только сила сдерживающей их колчаковской власти надломилась, партизаны стали выходить на железную дорогу, полезли на ставшие беззащитными города. Проф. А. Левинсон пишет о событиях этой зимы: "Когда саранча эта спускалась с гор на города с обозами из тысячи порожних подвод, с бабами — за добычей и кровью, распаленная самогонкой и алчностью, — граждане молились о приходе красных войск, предпочитая расправу, которая поразит меньшинство, общей гибели среди партизанского погрома… Ужасна была судьба городов, подобных Кузнецку, куда Красная армия пришла слишком поздно".
С партизанами имели связь и городские эсеры, и большевики. Нельзя сказать, чтобы таежные вояки особо симпатизировали тем или другим, но партизанским вожакам льстило внимание к своим особам, к тому же делаемые им предложения открывали широкие возможности для новых грабежей, и они охотно шли на всевозможные соглашения. Иркутский Политцентр связался с аналогичными заговорами в других городах, в результате чего образовался Сибревком из эсеров, меньшевиков и земских деятелей. В декабре началось общее восстание. 14.12 после боя пал Новониколаевск (Новосибирск), 19.12 восстали шахтеры в Черемхове, 22.12 партизаны Щетинкина захватили Красноярск.
27 января Колчак добрался до Нижнеудинска — в 500 км от Иркутска. В тот же день и здесь началось восстание, власть в городе взяло Политбюро — местный орган Сибревкома. А Жанен из Иркутска распорядился не пропускать далее поезд Колчака и золотой эшелон "в видах их безопасности". Недолго думая, чехи отцепили и угнали их паровозы. Возмущенные протесты ни к чему ни привели. Колчак связался с Каппелем, чтобы силой призвать обнаглевших союзников к порядку. Выполнить этот приказ Каппель не мог. Его войска находились далеко от Нижнеудинска, пробивались через глубокие снега и отражали натиск преследующей их Красной армии. Единственное, что смог сделать Каппель, — послал генералу Я. Сыровому вызов на дуэль. Чех на это, естественно, даже не отреагировал.
Для Колчака началось "нижнеудинское сидение". Станция была объявлена «нейтральной», гарантами чего выступали те же чехословаки. Повстанцы сюда соваться опасались. Колчаку предлагали бежать, переодевшись солдатом. Он счел это несовместимым со званием Верховного Правителя России и решил нести возложенный на него крест до конца. Подобный вариант исключался и самой натурой Колчака. Мог ли он. воспитанный в лучших морских традициях — "капитан покидает корабль последним", — сбежать, бросив на погибель остатки своей армии? Обсуждался и план, погрузив часть золота на повозки, пробиваться с отрядом конвоя в Монголию — до границы было 300 км. Он также был отвергнут Колчаком, но конвою адмирал предоставил полную свободу действий. Почти все солдаты и часть офицеров покинули его. Колчак при этом поседел за одну ночь. С ним остались лишь Пепеляев, группа офицеров и Анна Васильевна Тимирева женщина, из высокой и чистой любви к Колчаку последовавшая за ним еще в 18-м, оставив мужа, и ставшая верной спутницей адмирала как в дни побед, так и в дни катастрофы.