Человеку высочайшей честности, ему трудно было понять такое вероломство. Его любимая, А. В. Тимирева, добровольно пожелала идти в тюрьму вместе с ним, старалась успокоить и поддержать — пока их не разлучили, разведя по камерам. По делу Колчака была создана следственная комиссия из меньшевика Денике, большевика Чудновского, эсеров Лукьянчикова и Алексеевского. На допросах он держался спокойно, мужественно. Свой взгляд на события в России излагал вполне открыто и определенно, отнюдь не стараясь исказить его в благоприятном для себя свете, заискивать перед новыми властями или поступаться своими идеалами.
А с 15.01 вдруг стали поступать сведения о войсках Каппеля, которые давным-давно похоронили и списали со счетов. От прежних колчаковских армий осталось немного, но это были лучшие солдаты и офицеры. Ижевцы, воткинцы, каппелевцы (впрочем, теперь так называли себя все белогвардейцы, объединившиеся вокруг главнокомандующего), часть оренбургских казаков и все примкнувшие к ним колчаковцы, не пожелавшие ни дезертировать, ни капитулировать. Отбиваясь от преследующих их войск 5-й красной армии, прорываясь через территорию сплошных партизанских краев и зоны восстаний, они упрямо шли по старому Сибирскому тракту на восток, вымирая от тифа, увязая в глубоких снегах, выдерживая жуткие морозы. Позже их подвиг назвали Ледяным Сибирским походом. Две тысячи километров через зимнюю тайгу — пешком, на санях и повозках, во вражеском окружении.
Менялась и обстановка в Иркутске. Уже с первого дня существования Политцентр вынужден был делить власть с Иркутским губкомом РКП(б). Большевикам предложили создать коалиционное правительство — они отказались. Реальная власть была в их руках — на командных постах войск и рабочих дружин были их ставленники. Соответствующим образом обрабатывались партизанские вожаки. С Политцентром считались все меньше. Невзирая на него, стали создавать свои органы власти. 19.01 был сформирован Военно-революционный комитет. Отчасти этот шаг «объяснили» необходимостью мобилизации всех сил для обороны от каппелевцев. Тут же возникла и ЧК — член следственной комиссии Чудновский оказался ее председателем, а протоколист Попов — заместителем председателя. Чехословаки предали и «демократический» Политцентр. Большевики вступили с ними в переговоры об устранении этого органа, и те согласились при единственном условии — что останутся в силе их соглашения с Политцентром о свободном выезде чехов на восток вместе с «имуществом». 21 января, оказавшись в полной изоляции, Политцентр вынужден был уступить власть ВРК. Большевикам не нужны были выигрышные коалиции — они добивались полной власти, и они ее получили. А Колчак, Пепеляев и Тимирева автоматически перешли в ведение ЧК. Участь адмирала была решена. Ленин остановился точно на том же варианте расправы, что и с царской семьей — убрать потихоньку, без лишнего шума, исподтишка. Склянскому он направил шифрограмму:
"Пошлите Смирнову шифровку. Не распространяйте никаких вестей о Колчаке, не печатайте ровно ничего, а после занятия нами Иркутска пришлите строго официальную телеграмму, что местные власти до нашего прихода поступили так и так под влиянием угрозы Каппеля и опасности белогвардейских заговоров в Иркутске. Ленин. Подпись тоже шифром. Беретесь ли сделать архинадежно?"
Каппелевцы к Иркутску действительно приближались. Главнокомандующий вел их, находясь в колоннах войск. При переправе через реку Кан сани, в которых ехал Каппель, провалились под лед. Вытащенный из воды на тридцатиградусном холоде, он мгновенно отморозил себе ноги, получил воспаление легких и сгорел в один день. 25 января Владимира Оскаровича Каппеля не стало. Армию повел его начальник штаба, 24-летний генерал Войцеховский. Любовь солдат и офицеров к погибшему командиру была так велика, что они и после его смерти продолжали именовать себя каппелевцами. И сохранили это самоназвание вплоть до последних боев на Дальнем Востоке. Их оставалось всего-то 4–5 тысяч. Больные, обмороженные, превзошедшие все пределы человеческих возможностей, они вышли на линию железной дороги и 30.01 у ст. Зима разгромили высланные против них советские войска. Вслед за этим двинулись на Иркутск, страшные в своем порыве. С ходу взяли Черемхово в 140 км от Иркутска, разогнав шахтерские дружины и расстреляв местный ревком.
В ответ на ультиматум красного командующего Зверева о сдаче Войцеховский направил свой ультиматум, обещая обойти Иркутск стороной при условиях освобождения Колчака и арестованных с ним лиц, снабжения каппелевцев продовольствием и фуражом, выплаты км контрибуции в 200 млн. руб. Одним из пунктов значилось и "прекращение пропаганды и клеветы" — люди, прошедшие сквозь смерть и готовые идти на смерть, настолько заботились о своей чести, что выставили подобное требование. Тимирева, старавшаяся хоть как-то поддержать Колчака в последние дни, сумела наладить через надзирателей обмен записками с ним. Режим ее содержания был менее строгим, доходили вести с воли. От нее Колчак узнал и о походе Войцеховского, его ультиматуме. В одной из последних записок он сообщал:
"Дорогая голубка моя, я получил твою записку, спасибо за твою ласку и заботу обо мне. Как отнестись к ультиматуму Войцеховского, не знаю, скорее думаю, что из этого ничего не выйдет или же будет ускорение неизбежного конца… Я только думаю о тебе и о твоей участи, единственно, что меня тревожит. О себе я не беспокоюсь — ибо все известно заранее…"
Он действительно старался спасти Тимиреву — запретил называть ее в протоколах "гражданской женой", прекрасно понимая, чем ей это может грозить.
По телефону от председателя РВС 5-й армии Смирнова поступили указания Ленина. И 3–4 февраля Чудновский представил в ВРК список из 18 человек для немедленного расстрела. Не желая излишне возбуждать население в сложившейся критической ситуации, ВРК оставил в списке двоих, Колчака и Пепеляева (остальных колчаковских министров расстреляли позже, в июне.) Как и предписывал Ильич, постановление мотивировалось тем, что
"обысками в городе обнаружены во многих местах склады оружия… по городу разбрасываются портреты Колчака. С другой стороны, ген. Войцеховский, отвечая на предложение сдать оружие, в одном из пунктов своего ответа упоминает о выдаче ему Колчака и его штаба. Все это заставляет признать, что в городе существует тайная организация, ставящая своей целью освобождение одного из тягчайших преступников против трудящихся — Колчака и его сподвижников…"
Тем временем Войцеховский по неисполнении ультиматума перешел в атаку, и каппелевцы прорвались к Иннокентьевской, в 7 км от Иркутска. Город был объявлен на осадном положении, подступы к нему превращены в сплошные линии обороны, предполья залиты водой и простреливались. Но белогвардейцы рвались вперед спасать своего вождя (что не очень-то согласуется с утверждениями советской литературы о непопулярности Колчака в своей армии). Началось сражение за Иркутск, редкое по своей ожесточенности. Обе стороны дрались насмерть, пленных не брали ни те ни другие. Современники упоминают, что такого жестокого боя не видели за всю войну.
В ночь на 7 февраля А. В. Колчак и В. Н. Пепеляев были расстреляны. На просьбу Колчака попрощаться с Тимиревой палачи расхохотались — им почему-то это показалось очень смешным. Адмирал встретил смерть мужественно. Идя на расстрел, пел свою любимую песню "Гори-гори, моя звезда…" На предложение завязать ему глаза отказался. И подарил Чудновскому переданную ему кем-то капсулу с цианистым калием — как христианин, он не считал для себя возможным самоубийство. Расстрел совершился в 4 часа 30 минут утра на берегу р. Ушаковки. Трупы бросили в прорубь на Ангаре. По одной из версий, Колчака столкнули под лед еще живого…