Все сильнее менялся и режим правления в Чите, постепенно теряя последние черты «атаманщины» и приобретая нормальные формы государственности. Здесь прошли всеобщие выборы, и с сентября начал работу законодательный орган Временное Восточно-Забайкальское Народное собрание. Семенов отказался и от прежних сепаратистских идей, признав над собой верховное командование Врангеля. Хотя при разделяющих их расстояниях этот акт, разумеется, мог быть только политическим шагом. Кстати, их положение было в чем-то схожим. К осени 20 г. семеновские войска оказались стиснуты на относительно небольшой территории: около 300 км с севера на юг и 300–400 км с запада на восток. Эта территория вдавалась клином в территорию ДВР вдоль ветки железной дороги, отходящей от Читы на Харбин, в полосу КВЖД. Японские войска из Забайкалья постепенно выводились, а большевики в ответ не возобновляли попыток ликвидировать "читинскую пробку" вооруженной силой и всячески демонстрировали мирные устремления. Все, казалось, шло к политическому урегулированию ситуации. И Забайкалье, и Дальний Восток начали готовиться к выборам в Учредительное Собрание (а между делом предвыборная кампания дала коммунистам прекрасную возможность открытой агитации против Семенова).
В рамках этой подготовки в сентябре состоялось совещание областных правительств в Верхнеудинске. Владивостокская делегация во главе с лидером приморских коммунистов Никифоровым, включавшая и эсеров с меньшевиками, предварительно посетила Читу, где участвовала в работе Народного собрания. В это время в прямые переговоры с Никифоровым вступил ген. Войцеховский, находившийся в отставке, но сохранивший свое влияние в белой армии. Войцеховский доказывал Никифорову, что каппелевцы два года сражались за Учредительное Собрание и образование в России демократической республики. Теперь их чаяния исполняются — Учредительное Собрание созывается, и правовое, парламентское государство вскоре будет создано. Поэтому Войцеховский просил… включить каппелевцев в состав НРА. Ведь, воюя еще под знаменами Самарского КомУЧа к Уфимской Директории, они даже название носили почти такое же Народная армия. Он указывал:
"Мы готовы принять условия, на которых перешла к земской власти во Владивостоке колчаковская армия".
И настаивал на отдаче распоряжения НРА о прекращении действий против каппелевцев — воевать-то, мол, не из-за чего, и те и — другие стоят за одно и то же.
Никифоров к сентябрю уже начал избавляться от "владивостокского сепаратизма" — теперь партия нацеливала его в руководство ДВР. И знал он о планах строительства новой республики куда больше молодого генерала, поэтому откровения и предложения Войцеховского выглядели для него достаточно наивными. Два крепких корпуса, на которые действительно смогли бы опереться демократические силы ДВР, меньше всего нужны были большевикам в составе НРА. Да и вообще не забайкальские семеновцы с казачьими колебаниями настроений, а именно каппелевцы, продолжающие самоотверженно бороться за идею свобод и прав человека, выступали для коммунистов врагом номер один — учитывая и то, что они быстро завоевали себе популярность среди населения. Но прямо отказать генералу Никифоров тоже не мог — японцы еще не завершили вывод войск, и приходилось играть во взаимопонимание. Поэтому он отделался обещанием довести предложения Войцеховского до сведения правительства ДВР.
Красное руководство в это же время готовило своим противникам совсем иную участь. Уже разрабатывался и 27.09 был принят план Читинской операции. Стягивалось большое количество войск — и регулярных частей НРА, и партизанских соединений. У Семенова к сентябрю насчитывалось 18–20 тыс. штыков и сабель, 9 бронепоездов, 175 орудий. 3-й и 2-й каппелевские корпуса прикрывали белую территорию с севера и востока, располагаясь от Читы до ст. Бырка. С запада, вдоль железнодорожной магистрали Чита — Маньчжурия, держал позиции 1-й семеновский корпус. 15 октября, едва последний японский эшелон покинул пределы Забайкалья, войска Амурского фронта ДВР получили приказ о наступлении. Специально для японцев разыграли «мятеж». Части НРА переименовали в "Повстанческую армию", которая направила правительству ДВР послание:
"Мы как восставший народ, как партизаны не можем подчиниться вашему решению о перемирии и будем бороться до тех пор, пока не разгромим белых".
Нападение явилось совершенно неожиданным — казалось, все шло мирно. А для каппелевцев выглядело и бессмысленным «недоразумением». Они серьезно восприняли подготовку к Учредительному Собранию, искренне приветствовали движение к парламентаризму. И вот теперь «парламентаризм» обрушился на них. Но постепенно они оправились от неожиданности и 20.10 нанесли врагу ощутимый контрудар к северу от Читы и на центральном участке обороны. Однако силы были неравны. Многочисленные партизанские бригады и дивизии, собранные со всего Дальнего Востока и отлично вооруженные, обтекали со всех сторон, просачиваясь сквозь боевые порядки, создавая многослойную «кашу». Их подкрепляли красноармейские и народармейские полки. Сильные удары наносились под основание "семеновского выступа" с целью отрезать белые войска от границы, окружить и уничтожить. 21.10 3-й корпус Молчанова без боя оставил Читу, с большим трудом пробиваясь на юг. Легкой победы, несмотря на огромное превосходство, у НРА все равно не получилось. Каппелевцы нанесли ей еще целый ряд контрударов: 23.10 под Хараши-бири, 3.11 — под Хадабулаком, 13.11 — под Борзей.
1-й Семеновский корпус в тяжелых боях оказался расчлененным. Отдельные его части и отряды самостоятельно пробивались к границе. Другие соединения оттянулись к железнодорожной магистрали, где в районе станций Оловянная Борзя отражали натиск 1-го Забайкальского корпуса НРА. Белые войска и с востока, и с запада с боями отошли постепенно к Маньчжурской дороге, а затем стали отступать вдоль нее. Одну из главных задач Читинской операции уничтожить каппелевцев, не дать им уйти в Китай — красным выполнить так и не удалось. 21.11 сражение завершилось. Оба каппелев-ских корпуса и соединившаяся с ними часть семеновского перешли границу Маньчжурии, где были разоружены китайцами и осели в полосе КВЖД, в основном в «русском» Харбине. Какая-то часть разгромленного 1-го корпуса рассыпалась по Бурятии, Монголии и Туве в виде белопартизанских отрядов Унгерна, Бакича, Кайгородова, Казанцева и др. Другая часть перешла к красным или пополнила ряды партизан. Любопытно, что в этом числе оказались на службе большевиков именно те деятели, которые проявили себя беззакониями и насилиями во времена «атаманщины», включая даже печально знаменитых семеновских контрразведчиков. Подобные «специалисты» как будто лишь сменили хозяев, поскольку многие из них тут же оказались связаны с ЧК или Госполитохраной ДВР.
Сам атаман Семенов отправился в Приморье, где еще находились японцы и держалась коалиционная власть. Пытался добиться там поддержки, возродить Белое Движение. Но в декабре был выслан владивостокским правительством и уехал в Порт-Артур. Ну а большевики, устранив главных противников, перенесли столицу ДВР в Читу и начали наконец-то выборы в Учредительное Собрание. Без белых-то оно сподручнее. Да и результаты немножко другие…
Сразу после победы над Семеновым в Забайкалье началась волна террора. И, как ни парадоксально, он оказался направлен отнюдь не против активных участников "белого террора" — наоборот, теперь они очутились в числе тех, чьими руками осуществлялся "красный террор" — обрушившийся, как обычно, на людей, мешающих или способных помешать коммунистическому господству. В городах вовсю разошлась ГПО, вылавливая «белогвардейцев» и "контрреволюционеров".