Политическая слабость правительства и военных вождей привела их к поражению. Их части страдали от дезертирства. В попытке ослабить напряженность в отношениях между переходным федеральным правительством и исламскими судами Лига арабских государств организовала 22 июня 2006 г. встречу в Хартуме. В хартумских переговорах приняли участие три главных руководителя переходных федеральных учреждений: президент, премьер-министр и спикер парламента, однако исламские суды направили делегацию более низкого уровня. Стороны договорились:
• признать законность переходных федеральных учреждений;
• признать существование исламских судов;
• продолжить переговоры без предварительных условий;
• предать суду военных преступников;
• не предпринимать никаких провокационных или враждебных шагов и не заниматься враждебной пропагандой;
• обратиться с совместным призывом к миру;
• продолжать переговоры по вопросам безопасности и политическим вопросам [263] .
Однако вскоре после подписания 22 июня 2006 г. в Хартуме соглашения обе стороны обвинили друг друга в нарушении его положений. 10 июля 2006 г. Переходное федеральное правительство заявило, что исламские суды нарушили соглашение, начав военные действия против последнего остававшегося в Могадишо члена АРПСТ Абди Авале Кебдида [264] .
Совет безопасности ООН впервые с начала гражданской войны решил пересмотреть эмбарго на поставки оружия в эту страну с тем, чтобы «развивать сектор безопасности Сомали и институты, отвечающие за вопросы безопасности» [265] , что означало разрешение на поставки оружия переходному правительству
В письме от 24 сентября 2006 г. в Совет Безопасности шейх Шариф Шейх Ахмед от имени Верховного совета исламских судов призвал Совет Безопасности сохранить эмбарго на поставки оружия в Сомали и настоятельно призвал все стороны дать шанс хартумским переговорам. В письме также содержался обращенный к государствам-членам ИГАД настоятельный призыв прекратить вмешательства в дела Сомали в интересах одной из сторон [266] .
С июня по декабрь 2006 г. шариатские суды распространили свою власть почти на все Сомали (исключая Сомалиленд и Пунтленд). В руках правительства остались лишь Байдоа и территория вдоль эфиопской границы. На территориях, подконтрольных СИС, впервые за пятнадцать лет войны были восстановлены относительные порядок и безопасность. Сомалийские общины склонялись к признанию новой власти.
Серьезные внутренние разногласия не позволили правительству в достаточной мере укрепить свой авторитет. Кризис разразился 26 июля 2006 г., когда группа парламентариев и министров выступила с критикой стиля руководства премьер-министра Али Мохаммеда Геди. После этого ряд членов кабинета министров подали в отставку. 30 июля 2006 г. премьер-министр чудом избежал вынесения ему парламентом вотума недоверия. Однако голосование в парламенте не привело к урегулированию кризиса, и министры, входящие в состав правительства, продолжали подавать в отставку. За короткий срок правительство покинули 40 министров [267] .
5 августа 2006 г. в Байдоа с посреднической миссией прибыла делегация Эфиопии, возглавляемая министром иностранных дел Сейюмом Месфином. Кульминацией визита стало подписание меморандума о взаимопонимании в целях прекращения кризиса в переходных федеральных учреждениях. 10 августа президент Юсуф Ахмед объявил о роспуске правительства и предложил премьер-министру Геди назначить менее многочисленный, но более квалифицированный кабинет. 18 августа 2006 года премьер-министр Геди объявил состав нового совета министров.
Второй раунд мирных переговоров между обеими противоборствующими сторонами начался в Хартуме 2 сентября 2006 г. под эгидой ЛАГ. Через два дня Переходное федеральное правительство и Верховный совет исламских судов подписали соглашение, в котором они, в частности, договорились:
• воссоздать национальную армию и национальную полицию Сомали и работать над реинтеграцией сил СИС, ПФП и других вооруженных формирований после заключения соглашения о политической программе;
• придерживаться принципа мирного сосуществования в отношениях между Сомали и ее соседями;
• обсудить неурегулированные аспекты, включая политические вопросы, вопросы распределения властных полномочий и вопросы безопасности [268] .
Одновременно с фактическим поражением Переходного федерального правительства продолжился процесс дезинтеграции страны и создания новых автономий по типу Пунтленда. Члены клана сад/хабр-гедир/хавийя объявили о создании нового автономного государства со столицей в Галькаио, названного Галмуцуг, который объединяет территории Галгудуца и Муцуга. Кроме того, председатель Альянса долины реки Джуба Аден Шире «Хирале», занимавший также пост министра обороны в Переходном федеральном правительстве, предложил создать автономный район Джубаленд, включающий районы Нижней и Средней Джубы и район Гедо [269] . Однако после перехода 24 сентября 2006 г. в руки Верховного совета исламских судов города Кисмайо (столицы этого региона) этот план был забыт.
В итоге исламисты начали последнюю атаку против столицы правительства Байдоа, но вмешательство эфиопских войск сорвало наступление [270] . Поначалу помощь эфиопов союзникам ограничивалась посылкой инструкторов, артиллерийской поддержкой и посылкой боеприпасов. Но после того как исламисты объявили джихад против Эфиопии [271] , прямые боевые столкновения эфиопских войск с исламистами случались все чаще. Одновременно в конфликт втянулись и войска Пунтленда, поддержав в провинции Мудуг отряды члена АР-ПСТ Абди Авале Кебдида [272] . До этого Пунтленд оставался в стороне, несмотря на то, что президент Юсуф Ахмед был ранее лидером этой автономии. Президент мог использовать только ему лично подчиненных боевиков. Однако победоносное наступление исламистов начало напрямую угрожать и Пунтленду