20 декабря эфиопские войска начали полномасштабное наступление против отрядов СИС. Исламистские командиры не могли противостоять их танковым колоннам, наступавшим при мощной авиа- и артиллерийской поддержке. Отряды правительства Сомали сопровождали их как мобильная пехота. Общая численность эфиопских войск достигла 30 тысяч [273] , плюс несколько тысяч в правительственных и союзных им отрядах. Им противостояли до десяти тысяч исламистов. В их отрядах работали эритрейские инструкторы, в их рядах сражалось, как утверждают западные источники, до 2 тысяч добровольцев из Эритреи [274] .
В Джоухаре исламисты попытались создать линию обороны, но были выбиты из города через несколько часов [275] . 27 декабря без боя пал Могадишо. Несомненно, отряды СИС могли бы, если не остановить эфиопские войска и отряды правительства в столице, то, по крайней мере, нанести им очень серьезные потери. Эфиопские танки стали бы легкими мишенями во время боев в городе, учитывая наличие у боевиков значительного количества гранатометов. Однако сам СИС — очень непрочное политическое образование — начал распадаться, а самое главное, в поддержке ему отказали спонсоры — местные бизнесмены. Они обвиняли СИС в развязывании войны с Эфиопией, заранее обреченной на поражение, учитывая соотношение сил. Кроме того, из-за боев в городе, без сомнения, пострадал бы их бизнес. Бизнесменов поддержали и советы старейшин различных кланов. Более того, отряды СИС вынуждены были вернуть бизнесменам взятое у них в аренду оружие [276] . Часть боевиков СИС вернулись в подразделения охраны бизнеса, еще часть перешла в клановую милицию. Наконец, бывшие спонсоры поставили исламистам требование оставить Могадишо. Отступив южнее, самые непримиримые исламисты (три тысячи бойцов и 60 «техничек») настоящее сражение дали под городом Джилиб. Они оборудовали позиции в густом мангровом лесу Дороги к городу заминировали управляемыми фугасами. Несмотря на постоянные авианалеты и огонь артиллерии, их удалось выбить лишь через сутки [277] . Порт Кисмайо был оставлен без боя.
Еще раз переломить ситуацию они попытались 5 января 2007 года у городка Рас Камбони недалеко от сомалийско-кенийской границы, бросив в бой до ста «техничек» [278] . 8-9 января в конфликт открыто вмешались США, проведя серию авиаударов по местам скопления боевиков [279] . Им удалось уничтожить нескольких видных полевых командиров. После этого отряды исламских судов рассеялись. Шейх Ахмед был арестован в Кении [280] . Через две недели США провели еще одну серию авиаударов. Роль США в этом конфликте велика. Американцы делились с эфиопами данными спутниковой разведки, предоставляли тыловую поддержку. За 2002-2005 гг. Эфиопия получила от США 16 миллиардов долларов, что вдвое превышает сумму американской помощи Эфиопии за предыдущие 11 лет [281] . В период с июня 2005 по июнь 2006 г. ЦРУ передало сомалийским военным вождям несколько сотен тысяч долларов [282] . Помощник госсекретаря США по африканским делам Джендэйи Фрезер четко объяснил позицию США в этом конфликте: «Руководство Судов экстремисты. Они террористы» [283] . В Сомали, по утверждению газеты «Нью-Йорк таймс», «действовали отряды американских коммандос» [284] . В военном плане Эфиопия достигла поставленных целей. Отряды Союза исламских судов были разгромлены. Действовавшие в Огадене повстанцы потеряли каналы снабжения. И главное, был нанесен опосредованный, но чувствительный удар сопернице Эфиопии на Африканском Роге — Эритрее, которая была союзницей Союза исламских судов.
После провозглашения победы Переходное федеральное правительство и его союзники предприняли усилия по закреплению своих успехов в Могадишо. 28 апреля Мохаммед Омар Хабеб Мохаммед «Дере» был назначен губернатором и мэром Могадишо, а Абди Хасан Авале «Кебдид» был назначен новым комиссаром полиции. Оба этих должностных лица издали указы о запрете ношения оружия, и этот шаг позволил укрепить безопасность в столице. В то же время Абдуллахи Юсуф Ахмед получил возможность избавиться от министров-оппозиционеров. 12 мая правительство вывело из своего состава заместителя премьер-министра и министра общественных работ Хусейна Айдида и министра обороны Барре Адана Шире «Хирале» [285] .
В целом разгром СИС многими в Сомали воспринимался как победа кланов дарод при поддержке эфиопов над кланами хавийя, поскольку в руководство страны воспринималось, прежде всего, через президента Абдуллахи Юсуфа Ахмеда и его ближайших помощников (дарод), а в руководстве Союза исламских судов были в основном представители хавийя. Примирение так и не состоялось. Союзники уничтожили лишь официальную власть Совета исламских судов, не уничтожив их влияние.
Разгром СИС создал «вакуум силы». Правительство не в силах было взять под контроль страну. Реальной властью вновь стали кланы. Развернулось сопротивление эфиопским войскам и переходному правительству, которое воспринималось многими сомалийцами как коллаборационистское. Основную часть этих групп сопротивления составили бывшие члены СИС. Скоординированные атаки исламских боевиков начались с марта 2007 года [286] . С другой стороны, клановые лидеры начали борьбу между собой за восстановление былого влияния. Кроме того, резко активизировались криминальные группировки. Резолюция ООН 1744 от 21 февраля 2007 г наделила полномочиями по формированию миротворческого контингента Африканский союз. Численность контингента АС планировалось довести до 8 тысяч человек. Сейчас этот контингент составляет почти 17 тысяч человек и включает подразделения Уганды, Бурунди, Кении, Сьерра-Леоне и Джибути.