Еще 4 марта, только вступив — неофициально — в должность, Лаврентий Павлович произвел перестановку в высшем звене руководства нового МВД, провел через бюро Президиума ЦК утверждение своими первыми заместителями С.Н. Круглова, с декабря 1945 г. министра внутренних дел СССР; И.А. Серова, в последние годы — заместителя Круглова; Б.З. Кобулова, отозванного из Берлина, где тот служил заместителем начальника Советской контрольной комиссии, и заместителем — И.И. Масленникова, по войскам МВД.
Две недели спустя Берия утвердил руководителей основных структурных подразделений министерства: начальником Первого главного управления (внешняя разведка) — П.В. Федотова, продолжительное время фактически возглавлявшего Комитет информации при МИД СССР; Второго (контрразведка) — B.C. Рясного; Третьего (военная контрразведка) — С.А. Гоглидзе; Четвертого (идеологический контроль) — Н.С. Сазыкина; Следственной части по особо важным делам — Л.Е. Влодзимирского; Управления правительственной охраны — С.Ф. Кузьмичева; Контрольной инспекции — Л.Ф. Райхмана. В этой же группе оказались и пониженные в должности бывшие заместители министра МГБ: Б.П. Обручников, назначенный начальником Управления кадров, и Н.П. Стаханов, возглавивший Главное управление милицией.
Представляя кандидатов на высокие должности, Берия бравировал тем, что двое из них, Кузьмичев и Райхман, чуть ли не накануне были освобождены из тюрьмы, где провели два года как соучастники Абакумова. Однако столь же вызывающим выглядело и отстранение ближайших сподвижников Абакумова — Л.Ф. Цанавы, и Игнатьева — А.А. Епишева. Тем самым была продемонстрирована беспристрастная оценка подчиненных, вне зависимости от отношения к ним обоим предшественников Лаврентия Павловича.
Затем Берия провел реорганизацию вверенного его попечению ведомства. 15 марта по его предложению Совмин утвердил включение в структуру нового МВД ранее самостоятельных учреждений — Главного управления геодезии и картографии, Управления уполномоченного по охране государственной и военной тайн в печати (Главлит, или, попросту, цензура) . Одновременно, как бы стремясь не допустить разрастания МВД, в Министерство юстиции был передан ГУЛАГ, а в промышленные и строительные министерства — восемнадцать гигантских хозяйственных управлений, применявших принудительный труд, в том числе Дальстрой, Спецстрой, Главспецнефтестрой, Гидропроект .
Тем самым Берия полностью избавлялся от того, чем занималось старое МВД, снимал с себя тяжкие и ненужные ему заботу и ответственность за выполнение планов по заготовке древесины, добычи угля и руды, сдаче в срок промышленных объектов, проектированию грандиозных каналов.
И все же завершить решение неотложных, хотя и рутинных, проблем Лаврентию Павловичу удалось лишь 19 марта, тогда, когда по его представлению Секретариат утвердил, а вернее, переутвердил в должностях министрами внутренних дел союзных республик (кроме РСФСР, где такого поста не было) прежних министров госбезопасности, а начальниками управлений МВД по автономным республикам, краям и областям РСФСР — соответствующих начальников управлений МГБ. Он оставил практически без изменений сложившееся при Игнатьеве руководство местными органами, сделав только четыре исключения. Назначил, с согласия Хрущева, председательствовавшего на Секретариате, министрами на Украину — П.Я. Мешика, бывшего заместителя начальника Первого главного управления при Совете министров СССР, и в Грузию — В.А. Какучая; начальниками управлений по Московской области — П.П. Макарова и по Ленинградской — Н.К. Богданова .
Теперь у Берия появилась наконец возможность сосредоточиться на главном. На борьбе за власть и вместе с тем на проведении, хоть и исподволь, собственной политической линии.
Практикуя начатое в марте прекращение дел и освобождение бывших сотрудников МГБ, сопровождая такие действия полной реабилитацией вчерашних заключенных и возвращением им прежних чинов и званий, Берия действовал выборочно, явно с далеко идущими планами. Дал свободу и должности на Лубянке Н.А. Эйтингону. Л.Ф. Райхману, Н.Н. Селивановскому, С.Ф. Кузьмичеву, М.И. Белкину, некоторым другим, тем, кого достаточно хорошо знал по совместной работе, на чью полную и безоговорочную поддержку мог смело рассчитывать. Однако оставил в Лефортовской тюрьме Абакумова, Власика, а 16 марта отправил туда же и М.Д. Рюмина , того самого, кто способствовал летом 1951 г. падению, казалось, всесильного Абакумова, признававшего над собой лишь Сталина, кто явился, хотя и не по своей воле, инициатором создания «дела врачей» Лечсанупра Кремля, вознесенного за это в конце 1951 г. на должность заместителя министра МГБ СССР и всего год спустя, когда он стал ненужным, отправленного в Министерство госконтроля старшим контролером.
Эти люди слишком много знали о закулисных интригах, участвовавали в них далеко не на второстепенных ролях, позволяя Берия добиться многого. Содержание их в заключении позволяло ему восстановить свое доброе имя, снять тяготевшие над ним подозрения в причастности к «делу врачей», один из которых, Я.Г. Этингер, был лично связан с ним, а также и к «мингрельскому делу».
2 апреля Берия направил Маленкову записку, где обвинил С.И. Огольцова, в прошлом заместителя Абакумова, и Л.Ф. Цанаву, сразу после войны — министра госбезопасности Белоруссии, в предумышленном убийстве известного режиссера и актера Михоэлса и просил согласия на арест и привлечение к уголовной ответственности виновных. И в тот же день он внес на рассмотрение Президиума ЦК еще один, аналогичный вопрос, основанный на этот раз не на повторном расследовании, а на «признании» Рюмина. Тот после допроса на Лубянке сообщил: «дело» двадцати восьми врачей — сотрудников и консультантов Лечсанупра Кремля, девяти членов их семей, русских, евреев и украинцев, обвиненных именно им во вредительстве, шпионаже и террористических действиях, полностью сфальсифицировано на основе явно ложных, целиком надуманных фактов, самооговоров .
3 апреля Президиуму ЦК, достаточно хорошо знакомому с методами работы МГБ, пришлось утвердить проект постановления о прекращении «дела врачей», освобождении и реабилитации привлеченных к следствию по нему. Но удалось обойти и непреложное в таких случаях указание, что отменяются прежние решения по данному вопросу, принятые им же 4 декабря 1952 г. и 9 января 1953 г.
Узкое руководство согласилось принять правила игры, предложенные Берия, по которым козлом отпущения делали только Рюмина, объявленного главным виновником беззакония. С Игнатьевым же, как министром, отвечающим за все действия подчиненных, поступили на редкость мягко, ибо он был своим. Третий пункт того же постановления потребовал от него всего лишь «объяснения о допущенных Министерством государственной безопасности грубейших нарушениях советских законов и фальсификации следственных материалов» . Правда, в тот же день, не дожидаясь ни оправданий, ни признаний вины, другим решением его освободили от обязанностей секретаря ЦК .
Добившись от соратников именно такого постановления, Берия сумел одновременно достичь двух целей: окончательно освободиться даже от весьма призрачного, чисто номинального контроля со стороны основного соперника, Маленкова, действовавшего с помощью Игнатьева, и вместе с тем предстать перед изумленной общественностью поборником справедливости, защитником безвинно страждущих, да еще придать одиозному министерству достойный, привлекательный вид.