Легко заметить, что по сравнению с аналогичным постановлением от 3 февраля 1941 г. отсутствовало, что являлось более чем существенным, малейшее упоминание о «ликвидации остатков всяких антисоветских партий и контрреволюционных формирований». Такая проблема оказалась в далеком прошлом, была предана забвению как утратившая и актуальность, и значимость. Зато появилась новая задача, порожденная конкретной ситуацией военного времени: «организация диверсий и работа в тылу противника».
Но все же самое главное отличие НКГБ 1941 и 1943 гг. заключалось в ином. Воссозданному Наркомату госбезопасности отныне категорически воспрещалось вмешиваться в деятельность армии и флота, заводить дела на военнослужащих. Ведавшее прежде этими вопросами Управление особых отделов другим решением, уже ГКО, что было далеко не случайным, выводилось из-под контроля Берия и преобразовывалось в структурную часть НКО — Главное управление военной контрразведки («СМЕРШ»). Его начальник B.C. Абакумов вместе с тем получил и должность заместителя наркома обороны, становился прямым подчиненным одного Сталина, отныне исполнял только его приказы и указания.
Новое формирование НКГБ возглавили В.Н. Меркулов — нарком, Б.З. Кобулов — его первый заместитель и М.Г. Свинелупов — замнаркома по кадрам. Начальниками управлений оставили тех же сотрудников, кто и до реорганизации занимал соответствующий пост: Первого (разведывательного) — П.М. Фитина, Второго (контрразведывательного) — П.В. Федотова, Третьего (транспортного) — С.Р. Мильштейна, Четвертого (диверсионного) — П.А. Судоплатова, Следственной части по особо важным делам — Л.Е. Влодзимирского . Только Н.С. Власик, начальник Шестого управления — «охраны активных работников партии и правительства» — довольно скоро, 21 августа, был понижен в должности, назначен заместителем начальника Управления охраны, а его место отдали А.К. Кузнецову .
Некоторое сокращение обязанностей Берия послужило основанием для того, чтобы 5 июля в очередной раз перераспределить обязанности между членами ГКО. Молотова освободили от «контроля и наблюдения за работой» Наркомтанкопрома, передав их Берия . Теперь Вячеславу Михайловичу предстояло сосредоточиться исключительно на решении все возраставших и по количеству, и по сложности задач, порождаемых уже несомненной победой, на вопросах внешней политики. Восстановив полный контроль над наркоматом, Молотов прежде всего провел кадровые перестановки, расставив на ключевые должности близких ему по взглядам людей: своего помощника С.П. Козырева назначил генеральным секретарем НКИД, заместителями — С.И. Кавтарадзе и И.М. Майского, послами в США — А.А. Громыко, в Великобритании — Ф.Т. Гусева, при правительствах союзнических стран в Лондоне — В.З. Лебедева, руководителем ТАСС — Н.Г. Пальгунова .
Освободившись от гласной, чреватой любыми неожиданностями опеки Берия над армией и флотом, Сталин не остановился на достигнутом. Он отказался от ставшего теперь ему совершенно ненужным института военных комиссаров, от менее назойливого, менее значимого, но тем не менее существовавшего надзора и со стороны партии. В самый разгар Сталинградской битвы, 9 октября 1942 г., провел через ПБ решение (указ ПВС СССР) об упразднении института военных комиссаров в армии , через три дня — и на флоте . А семь месяцев спустя пошел еще дальше — одобрил, скрепив подписью как председатель ГКО, 24 марта 1943 г. постановление «Об упразднении института заместителей командиров по политической части рот, батарей, эскадронов, эскадрилий, отдельных взводов и частичном сокращении политработников других категорий».
Столь неожиданное для многих действие объяснялось «политическим ростом бойцов Красной Армии и политическим ростом командных кадров», а также целями «дальнейшего укрепления командных кадров». В соответствии с постановлением не только упразднялся институт замполитов, но и создавался новый — начальников политотделов бригад, дивизий, корпусов, военных учебных заведений. Все это позволило незамедлительно перевести около 120 тысяч политработников на командную работу в соответствующие рода войск, а три тысячи — в «СМЕРШ» .
После всего этого уже ни у кого не было сомнений в необходимости еще одного решения. 2 июля ГКО постановил закрыть в связи с очевидной в новых условиях ненадобностью Военно-политическую академию Красной Армии имени Ленина. На ее базе создали годичные курсы переподготовки политического состава с численностью всего лишь 800 человек .
Подобные акции, как уже проведенные, так и еще готовившиеся, послужили Сталину веским и тщательно продуманным основанием для кардинального изменения руководства НКО. Опираясь на двухлетний совместный опыт работы, более близкое, нежели раньше, знакомство с генералитетом, с учетом их достоинств и недостатков, способностей и профессиональных знаний, он сделал окончательный выбор — до предела упростил организацию своего наркомата. Постановление ГКО, принятое 20 мая, было сформулировано следующим образом:
«В начале войны, когда Наркомат обороны перестраивался применительно к нуждам войны и когда во главе управлений и родов войск НКО были выдвинуты новые руководители, авторитет которых необходимо было поднять путем назначения их заместителями наркома, — было вполне понятно назначение начальников главных управлений и командующих родов войск заместителями наркома. В данный же момент, когда наркомат уже приспособился к нуждам войны, а начальники главных управлений и командующие родов войск приобрели достаточный опыт и авторитет, нет больше необходимости иметь большое количество заместителей и сохранять за начальниками главных управлений и за командующими родов войск должности заместителей наркома обороны.
Государственный комитет обороны постановляет:
1. Иметь в НКО всего двух заместителей наркома: первого заместителя — Маршала Советского Союза Жукова и заместителя по Генштабу — Маршала Советского Союза Василевского.
2. Освободить от должности заместителей наркома обороны тт. комиссара государственной безопасности II ранга Абакумова, генерал-лейтенанта артиллерии Аборенкова, Маршала Советского Союза Буденного, генерал-лейтенанта инженерных войск Воробьева, маршала артиллерии Воронова, генерал-полковника Голикова, генерал-лейтенанта Громадина, генерал-полковника авиации Жигарева, генерала армии Мерецкова, маршала авиации Новикова, генерал-полковника войск связи Пересыпкина, Маршала Советского Союза Тимошенко, генерал-полковника танковых войск Федоренко, генерал-полковника интендантской службы Хрулева, Маршала Советского Союза Шапошникова, генерал-полковника Щаденко, генерал-лейтенанта Щербакова, — с оставлением их в ныне занимаемых должностях начальников главных управлений, командующих родов войск и т. д.» .
Сложившейся ситуацией незамедлительно воспользовался Маленков, посчитавший вполне своевременным возродить курс XVIII съезда, свести до минимума вмешательство партийных органов в решение хозяйственных вопросов, пресечь их неуемное стремление прочно встать над государственными органами, всеми возможными способами и средствами руководить ими, не неся в то же время никакой ответственности в случаях провалов и невыполнения планов.
Поначалу Маленков использовал палиативный вариант перестройки, по сути повторив то решение, которое применили при реорганизации армейских парторганов. 19 января 1943 г. он провел через ПБ постановление, которое «в целях укрепления единоначалия на железнодорожном транспорте» установило, «что начальники политотделов дорог одновременно являются заместителями начальников дорог по политической части». А 18 февраля, решая все ту же задачу, еще одним постановлением ПБ аналогичным образом реорганизовало политотделы морского, речного флота и Главсевморпути .