Показания свидетелей о времени расстрела были охарактеризованы как отнюдь не вносящие ясности (август, август — сентябрь, конец сентября 1941 г.), было отмечено, что в итоговых документах комиссии H. H. Бурденко оно определялось также неоднозначно: в «Сообщении Специальной комиссии…» как осень 1941 г., в судебно-медицинской экспертизе — как время «между сентябрем — декабрем 1941 года», без достаточного обоснования любой из этих дат. Советский свидетель на Нюрнбергском процессе Б. В. Базилевский назвал сентябрь 1941 г. сроком завершения расстрелов. Польские эксперты высказали предположение: произвольное смещение времени расстрелов было вызвано наличием теплой зимней одежды на трупах, что в январе 1944 года было замечено западными корреспондентами и вызвало стремление исключить август.
Польская экспертиза установила, что оснований для версии о нахождении в могилах 11000 трупов комиссия H. H. Бурденко не имела. Было извлечено лишь 925 ранее обследованных трупов. Судя по обозначенным в «Сообщении Специальной комиссии…» размерам могил, была дана лишь общая локализация участка захоронения, могилы не вскрывались до дна. Никакие новые могилы найдены не были. Новые личные документы не были обнаружены. Таким образом, могила № 8, где эксгумация была комиссией ПКК приостановлена, не исследовалась до конца.
По мнению польских экспертов, реальных оснований для увеличения показателя количества трупов с 4151 до 11000 не было. Оно понадобилось для косвенного утверждения, что в Катынском лесу захоронены польские военнопленные, содержавшиеся не только в Козельском, но и в Старобельском и Осташковском лагерях. Было обращено внимание на то, что попытки продолжить идентификацию не предпринимались, наличие металлических жетонов на трупах — результат предпринятой ранее идентификации — было полностью проигнорировано.
Польская экспертиза 1988 г. констатировала, что детальный анализ содержащегося в «Сообщении Специальной комиссии…» утверждения о непосредственных виновниках расстрела в Катынском лесу и его рассмотрение в ходе Нюрнбергского процесса убедительно установили необоснованность версии о вине оберст-лейтенанта Ф. Аренса (а не Арнеса) и руководимого им подразделения (537-го полка связи, а не стройбата). Ф. Аренс возглавил полк лишь в ноябре 1941 г. Польская экспертиза констатировала, что в Нюрнберге не получила подтверждение и версия о возможной ответственности за массовое убийство в Катыни оперативной группы «Б». В результате, несмотря на признание в приговоре Международного трибунала Германии виновной в преступлениях в отношении пленных, Катынское дело ей инкриминировано не было.
Польские эксперты отметили применявшийся в «Сообщении Специальной комиссии…» прием — обвинение немцев в фальсифицировании свидетельских показаний и повторные допросы оставшихся в живых находившихся на месте после освобождения Смоленской области свидетелей. Однако сравнения показаний они не проводили.
Эксперты высказались по поводу вещественных доказательств и их использования.
В связи с тем, что в «Сообщении Специальной комиссии…» содержалось утверждение об изъятии, уничтожении, замене немцами найденных на трупах документов, которое было направлено на отрицание доказательности материалов, свидетельствовавших в пользу весны 1940 г. как даты расстрела, польские эксперты сформулировали мнение, что состояние эксгумированной Технической комиссией Польского Красного Креста массы трупов, их слепленность противоречат этой версии, поскольку невозможно полностью фальсифицировать документы тысяч жертв.
В «Экспертизе…» был поставлен вопрос о подлинности сохранившихся вещественных доказательств (всего было собрано 3194 документа, а также большое количество советских газет, датированных весной 1940 г., и, хотя ящики с ними были уничтожены, имеются детальные протоколы с описаниями вещдоков). Был проведен анализ ряда дневников и записей и установлена их подлинность. Эксперты признали установленной подлинность перечня фамилий идентифицированных жертв, несмотря на отдельные ошибки и фальсификации, подтвердили наличие в катынском захоронении трупов офицеров из Козельского лагеря.
Из приводимых в «Сообщении Специальной комиссии…» девяти вещественных доказательств, найденных на шести трупах из первой сотни, которые должны были подтвердить вину немцев при помощи датировки, польские эксперты однозначно отвергли неотправленную открытку. Было отмечено, что некие, якобы использованные комиссией H. H. Бурденко документы (по показаниям В. И. Прозоровского в Нюрнберге), равно как и результаты паталого-анатомических исследований, о проведении которых информировало «Сообщение Специальной комиссии…», никогда не были описаны, опубликованы или представлены польской стороне. Был поставлен вопрос о необходимости соотнести выводы судебно-медицинской экспертизы этой комиссии с выводами экспертизы Технической комиссии Польского Красного Креста.
Польская экспертиза доказательно выявила неубедительность аргументации, многочисленные пустоты, умолчания и недоговоренности, натяжки, неточности, внутренние противоречия и недостоверность выводов сообщения комиссии H. H. Бурденко. Советская часть двусторонней комиссии признала обоснованность его критики. Бесспорна состоятельность оценок этой экспертизы как подлинно научного исследования, вносящего важный вклад в выяснение судеб польских военнопленных и ставящего вопрос о необходимости выявления новых официальных советских документов, способных пролить свет на эти судьбы.
Учитывая результаты работы советско-польской комиссии по истории отношений между двумя странами (так называемых «белых пятен»), Политбюро ЦК КПСС 31 марта 1989 г. поручило Прокуратуре СССР, КГБ СССР, МВД СССР, МИД СССР и ГАУ при СМ СССР провести тщательную проверку по факту массового расстрела польских военнопленных в районе Катыни и поиск сохранившихся материалов по этому вопросу (т. 115. Л. д. 142, 155). Все перечисленные ведомства к маю 1989 г. сообщили, что новых документов по Катынскому делу не обнаружено. Весной — в начале лета того же года в Особом архиве ГАУ при СМ СССР, в фонде Главного управления по делам военнопленных и интернированных при НКВД СССР группой советских историков были найдены тщательно скрываемые документы о польских военнопленных, включая списки содержавшихся в лагерях НКВД в Старобельске, Козельске и Осташкове, которые весной 1940 г. были переданы в распоряжение управлений НКВД по Харьковской, Смоленской и Калининской областям соответственно. Кроме того, в Центральном государственном архиве Советской Армии, в фонде Управления конвойных войск НКВД СССР были найдены документы, касающиеся транспортировки польских военнопленных из перечисленных лагерей в район Харькова, Смоленска и Калинина. Обнаруженные документы однозначно свидетельствовали о причастности органов НКВД СССР к уничтожению около 15 тыс. польских военнопленных.
На основании документов Особого архива для международного отдела ЦК КПСС были составлены доклад и справка «Документальная хроника Катыни», а также подготовлена для печати статья по поручению советско-польской комиссии по истории отношений между двумя странами («белых пятен»), которые легли в основу доклада для президента СССР от 22 февраля 1990 г. (т. 115. Л. д. 151–154; т. 15. Л. д. 130–186).
Стало очевидно, что правда вышла на свет вопреки строгой секретности хранения архивных документов и «особой папки».