Датировка захоронений летом — осенью 1941 г. не получила достаточно обоснованного подтверждения. Даже до обнаружения корпуса документов НКВД убедительные доказательства даты (весна 1940 г.) содержались в многочисленных обнаруженных на трупах документах (газетах, дневниках и др.) с последним обозначением март — май 1940 г. (т. 35, 29, 109, 111). Это подтверждается двумя сохранившимися копиями протоколов с описанием вещественных доказательств (так называемый архив Я. З. Робеля и С. Соболевского), хранящимися в Кракове.
Не пытаясь ответить на явные вопросы (соотнести с предыдущими эксгумациями на основании жетонов и т. п.), члены комиссии допускали явные передержки по другим позициям: Козьи горы изображались довоенной территорией народных гуляний, способ расстрела выстрелом в затылок представлялся как чисто немецкий, вносился элемент перевозки трупов из других лагерей с одновременным завышением количества погребенных в Катыни жертв до 11 тыс. и т. д.
Работа комиссии была закончена в спешке, выводы сделаны небрежно, без соблюдения необходимых требований и подтверждения серьезными доказательствами. Результаты были немедленно опубликованы, доложены на международной пресс-конференции, стали «советской официальной версией» Катынского дела на несколько десятилетий.
На основании материалов следствия в настоящее время можно со всей определенностью утверждать, что выводы комиссии H. H. Бурденко были звеном в цепи фальсификаций, предпринятых сталинским партийно-государственным руководством и органами НКВД для сокрытия правды о катынском злодеянии.
Предпринятая на Нюрнбергском процессе в 1946 г. попытка советского обвинения в опоре на «Сообщение Специальной комиссии…» (принимались меры и для подготовки аналогичных польских материалов) возложить вину за расстрел польских военнопленных на Германию успеха не имела. Международный военный трибунал не признал выводы этого документа достаточно обоснованными, показания подготовленных свидетелей — убедительными и не вменил в приговоре это преступление в вину немцам. Это решение советским обвинением не оспаривалось и протест не вносился, хотя в других случаях несогласия советский представитель протест вносил. Вопрос об ответственности за Катынское преступление Международный военный трибунал оставил открытым: предпочел не ставить под удар единство антигитлеровской коалиции.
В последующем представители официальной советской исторической и юридической наук некритически повторяли и популяризировали утверждение о виновности немцев в расстреле польских военнопленных, что якобы было установлено на Нюрнбергском процессе. При этом его материалы замалчивались или трактовались произвольно, фальсифицировались даже тогда, когда в конце 80-х годов были обнаружены документы НКВД СССР, свидетельствующие о прямой причастности этого органа к уничтожению польских военнопленных весной 1940 г.
В 1952 г. расследование Катынской трагедии проводила специальная комиссия Палаты представителей Конгресса США под руководством Р. Дж. Мэддена, которая провела опрос 81 свидетеля, рассмотрела сто письменных показаний свидетелей, не имевших возможности приехать, изучила вещественные доказательства. Эта комиссия также не признала достоверности выводов «Сообщения Специальной комиссии…» и обвинила в совершении преступления в Катыни СССР.
В течение нескольких десятилетий как в СССР, так и в Польской Народной Республике официально обязывала версия Специальной комиссии под руководством H. H. Бурденко. Все могущие пролить свет на Катынскую трагедию сведения (не говоря о судьбах узников других лагерей и заключенных тюрем Западной Украины и Западной Белоруссии) были засекречены.
В конце 80-х годов версия комиссии H. H. Бурденко была поставлена под сомнение учеными двух стран по инициативе польской части смешанной советско-польской комиссии по ликвидации так называемых «белых пятен» в истории отношений между двумя странами.
Научно-историческая «Экспертиза «Сообщения Специальной комиссии по установлению и расследованию обстоятельств расстрела немецко-фашистскими захватчиками в Катынском лесу военнопленных польских офицеров», произведенная профессорами Я. Мачишевским, Ч. Мадайчиком, Р. Назаревичем и М. Войчеховским» (апрель 1988 г.), была проведена на основе анализа обстоятельств заключения более 15 тыс. польских военнопленных в специальные лагеря и последующего выяснения их судеб на фоне развития советско-польских отношений. Она построена на тщательном сопоставлении основных положений «Сообщения Специальной комиссии…» и всей его системы доказательств с большим массивом накопившихся за более чем четыре десятилетия документов и материалов, вещественных доказательств, а также обширной польской и западной литературой предмета.
В экспертизе учтены материалы Нюрнбергского процесса и свидетельства представителей Польского Красного Креста — М. Водзиньского и К. Скаржиньского.
При рассмотрении обстоятельств преступления был выделен вопрос о правомерности зачисления задержанных поляков в военнопленные: направление польских офицеров в лагеря и тюрьмы продолжалось после сентября 1939 г., из Львова в декабре 1939 г. после регистрации (широко проведенной и в других областях) было вывезено около 2 тыс. офицеров, находившихся до сентября 1939 г. как в кадрах армии, так и в запасе. В экспертизе охарактеризовано полное непоследовательности, противоречий и дезинформации поведение сталинского руководства при выяснении правительством Вл. Сикорского вопроса о судьбах польских офицеров после возобновления советско-польских отношений в 1941 г.
Были изучены аргументы и выводы комиссии H. H. Бурденко относительно сроков и виновников расстрела польских военнопленных, утверждения о содержании польских офицеров до сентября 1941 г. включительно в трех лагерях (№ 1-ОН, № 2-ОН, № 3-ОН) с использованием на дорожностроительных работах, о проведении расстрелов «немецким военным учреждением, скрывающимся под условным наименованием ««штаб 537-го строительного батальона» во главе с оберст-лейтенантом Арнесом», о количестве трупов в захоронении, якобы достигавшем 11 тыс. и др.
Не являясь специалистами в области судебно-медицинской экспертизы, занимавшей существенное место в «Сообщении Специальной комиссии…», авторы польской экспертизы сосредоточили внимание на анализе подбора и показаний свидетелей. Подбор свидетелей вызвал большие нарекания: в их числе не было ни одного польского офицера из каких-либо лагерей (группа вывезенных в Павлищев Бор — Грязовец осталась в живых), не были сняты показания с сотрудников НКВД из Козельского, Старобельского и Осташковского лагерей, а также лагерей № 1-ОН, № 2-ОН, № 3-ОН, кроме никому не известного майора Ветошникова, показания которого вызвали большие сомнения.
Не внушило доверия утверждение об использовании офицеров всех рангов, в том числе отставников-инвалидов, на строительно-дорожных работах, в то время как в других офицерских лагерях (Павлищев Бор, Грязовец, Козельск-2) такой общей повинности не было, работа была добровольной. Отмечалось отсутствие вразумительного объяснения, почему офицеры весной 1940 г. выгружались на станции Гнездово (в 3 км от места казни в Катынском лесу). На основе тщательного анализа линии перемещения фронта и обстоятельств взятия г. Смоленска польская экспертиза оценила как путанную и противоречивую, «абсолютно неправдоподобную» версию о невозможности эвакуации лагерей, об их переходе в руки немцев без попыток самоосвобождения, бегства, возвращения на Родину. Само существование указанных лагерей «особого назначения», подчеркивали авторы экспертизы, не было доказано, поскольку полностью отсутствовала конкретная информация об их размещении, после войны не было попыток их продемонстрировать или представить какие-либо документы, подтверждающие их наличие.